Näytesekaannusten detektointi THL Biopankin DNA-näyteprosessoinnista
Männikkö, Lotta (2017)
Männikkö, Lotta
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2017
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2017112117589
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2017112117589
Tiivistelmä
Opinnäytetyön tarkoituksena oli selvittää Terveyden ja Hyvinvoinninlaitoksen Biopankin DNA-näyteprosessoinnissa tapahtuvien näytesekaannuksien määrää, eli kuinka iso osuus näytteistä sekoittuu verinäytteiden vastaanoton, DNA-eristyksen ja DNA-laimennoksen välillä. Biopankissa käsiteltyjen näytteiden tulisi täyttää korkeat laatukriteerit ja olisi hyvin tärkeää ettei näytesekaannuksia pääsisi tapahtumaan. Yksi opinnäytetyön tavoite oli myös pystyttää menetelmä, jossa jo suoraan verinäytteelle voitiin tehdä PCR, ilman erillistä DNA-eristystä, jolloin sisääntullut verinäyte saadaan analyysiin mukaan. Opinnäytetyö suoritettiin THL Biopankin näytehallinnan laboratoriotiloissa Biomedicum tutkimuskeskuksessa keväällä 2017.
Tutkittavina näytteinä toimivat sisääntulleesta verinäytteestä kerätty veriliuskanäyte, verinäytteestä eristetty DNA-liuos, sekä DNA-liuoksesta tehty laimennos. Näytteet ajettiin Minisatelliitti PCR-protokollan mukaisesti monistaen näytteenantajalle yksilöllistä D1S80- minisatelliittilokusta. Työssä pipetoitiin rinnakkain agaroosigeelille (AGE) saman yksilön DNA-liuoksista saadut PCR-tuotteet ja kolmea näytevyöhykettä tarkasteltiin ajon jälkeen geeliltä. Saman yksilön kolmen näytevyöhykkeen tuli olla identtiset, näytesekaannusta olisi tapahtunut mikäli vyöhykkeiden välillä olisi havaittu poikkeamia.
Tulkittavia tuloksia saatiin yhteensä 235 näytteestä, joista 24 oli hepariinia sisältäviä verinäytteitä. Myös verinäytteille onnistuttiin tekemään suoraan PCR, ilman erillistä DNA-eristystä.Tutkittujen näytteiden joukosta ei havaittu näytesekaannuksia. Menetelmää päästiin myös testaamaan asiakkaan reklamoimille näytteille, joiden joukosta tunnistettiin näytesekaannustapaus.
D1S80- minisatelliitilokuksen monistamiseen perustuva yksilöntunnistusmenetelmä osoittautui hyväksi alustavaksi analyysiksi näytesekaannustapauksia tutkittaessa, mutta menetelmä vaatisi aina esimerkiksi ID-PCR (6-plex) varmistusanalyysin tulosten luotettavuuden takaamiseksi.
Tutkittavina näytteinä toimivat sisääntulleesta verinäytteestä kerätty veriliuskanäyte, verinäytteestä eristetty DNA-liuos, sekä DNA-liuoksesta tehty laimennos. Näytteet ajettiin Minisatelliitti PCR-protokollan mukaisesti monistaen näytteenantajalle yksilöllistä D1S80- minisatelliittilokusta. Työssä pipetoitiin rinnakkain agaroosigeelille (AGE) saman yksilön DNA-liuoksista saadut PCR-tuotteet ja kolmea näytevyöhykettä tarkasteltiin ajon jälkeen geeliltä. Saman yksilön kolmen näytevyöhykkeen tuli olla identtiset, näytesekaannusta olisi tapahtunut mikäli vyöhykkeiden välillä olisi havaittu poikkeamia.
Tulkittavia tuloksia saatiin yhteensä 235 näytteestä, joista 24 oli hepariinia sisältäviä verinäytteitä. Myös verinäytteille onnistuttiin tekemään suoraan PCR, ilman erillistä DNA-eristystä.Tutkittujen näytteiden joukosta ei havaittu näytesekaannuksia. Menetelmää päästiin myös testaamaan asiakkaan reklamoimille näytteille, joiden joukosta tunnistettiin näytesekaannustapaus.
D1S80- minisatelliitilokuksen monistamiseen perustuva yksilöntunnistusmenetelmä osoittautui hyväksi alustavaksi analyysiksi näytesekaannustapauksia tutkittaessa, mutta menetelmä vaatisi aina esimerkiksi ID-PCR (6-plex) varmistusanalyysin tulosten luotettavuuden takaamiseksi.