Stool Samples DNA Extraction : Parkinson’s Disease
Gashi, Albina (2017)
Gashi, Albina
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2017
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2017120419511
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2017120419511
Tiivistelmä
Opinnäytetyön aiheena oli DNA:n eristäminen ulostenäytteistä henkilöiltä, joilla on riski sairastua Parkinsonin tautiin. Opinnäytetyö tehtiin Helsingin yliopiston biotekniikan instituutissa DNA-sekvensointi- ja genomiikkalaboratoriossa. Tämä opinnäytetyö on osana Helsingin yliopiston Parkinsonin taudin tutkimusta. Opinnäytetyön prioriteetti oli DNA:n eristäminen ulostenäytteistä ja yhteenvedon tekeminen datan tuloksista.
Helsingin yliopisto on kerännyt 745 ulostenäytettä. Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli satunnaistaa ulostenäytteet ensin ja sitten eristää DNA:ta. Eristetyt DNA:n näytteet mitattiin NanoDrop-spektrofotometrilaitteella, jotta saatiin selvitettyä näytteiden DNA-pitoisuutta. DNA:n eristys tehtiin tunnetun protokollan mukaan. Opinnäytetyön teoreettinen osa sisältää tietoa Parkinsonin taudista ja materiaalien käsittelystä.
Tutkimusta varten on kerätty 745 kappaletta ulostenäytteitä, joita näytteet jaettiin satunnaisesti 23 kappaleen eriin DNA:n eristämistä varten. Kullekin erille lisätiin yksi nollanäyte kontaminaatiokontrollia varten, yhteensä 24 näytettä per eristys erä.
NanoDrop-spektrofotometrin tuloksen perusteella alin tulos oli 0,61 ng/µL ja korkein tulos oli 26,6 µg/µL. Eristettyjen DNA-näytteiden tutkimukset jatkuvat käyttäen PCR-monistusta, ja näytteet sekvensoidaan, prosessoidaan bioinformatiikan avulla ja analysoidaan tilastollisin menetelmin.
Helsingin yliopisto on kerännyt 745 ulostenäytettä. Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli satunnaistaa ulostenäytteet ensin ja sitten eristää DNA:ta. Eristetyt DNA:n näytteet mitattiin NanoDrop-spektrofotometrilaitteella, jotta saatiin selvitettyä näytteiden DNA-pitoisuutta. DNA:n eristys tehtiin tunnetun protokollan mukaan. Opinnäytetyön teoreettinen osa sisältää tietoa Parkinsonin taudista ja materiaalien käsittelystä.
Tutkimusta varten on kerätty 745 kappaletta ulostenäytteitä, joita näytteet jaettiin satunnaisesti 23 kappaleen eriin DNA:n eristämistä varten. Kullekin erille lisätiin yksi nollanäyte kontaminaatiokontrollia varten, yhteensä 24 näytettä per eristys erä.
NanoDrop-spektrofotometrin tuloksen perusteella alin tulos oli 0,61 ng/µL ja korkein tulos oli 26,6 µg/µL. Eristettyjen DNA-näytteiden tutkimukset jatkuvat käyttäen PCR-monistusta, ja näytteet sekvensoidaan, prosessoidaan bioinformatiikan avulla ja analysoidaan tilastollisin menetelmin.