Homogeeninen fluoresenssiin perustuva filamenttifaagin tiitterimääritys
Nissinen, Miia (2011)
Nissinen, Miia
Turun ammattikorkeakoulu
2011
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201105168204
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201105168204
Tiivistelmä
Opinnäytetyö tehtiin Turun yliopiston biotekniikan osastolla kehitetyn uuden leimateknologian sovellusten tutkimiseen. Leimateknologia perustuu ajatukseen, että leimamolekyyli koostuu kahdesta osasta, jotka ainoastaan fyysisesti yhteen tuotuina muodostavat aktiivisen leiman. Tämä mahdollistaa erittäin herkkien homogeenisten määritysten kehittämisen. Menetelmä soveltuu erityisen hyvin nukleiinihappojen pitoisuusmäärityksiin. Uutta leimateknologiaa pyrittiinkin soveltamaan filamenttifaagien pitoisuuden mittaukseen. Faagien yksinauhainen-DNA-genomi toimii templaattina, jota mitataan ja jonka pitoisuuden avulla näytteen faagimäärä voidaan päätellä
Opinnäytetyön molemmat osat leimattiin erikseen ja puhdistettiin HPLC -tekniikan avulla. Menetelmälle määritettiin sopivat olosuhteet, ja mitattiin menetelmän herkkyyttä. Ohessa kokeiltiin jo käytössä olevia työläitä aikaisempia faagipitoisuuksien määrtiysmenetelmiä.
Menetelmän herkkyys määriteltiin riittävän pieneksi mahdollistaen menetelmän hyödyntämisen faagipitoisuuksien analysointiin faafinäyttötekniikan yhteydessä. Huomattiin kuitenkin, että suurissa templaattipitoisuuksissa signaali ei enää kasva lineaarisesti. Taustasignaalin muodostumisessa huomattiin eroja koetinpitoisuuksia nostettaessa. Huomattiin kasvatusmediumin olevan haittana suurina pitoisuuksina mittauksissa.
Opinnäytetyön molemmat osat leimattiin erikseen ja puhdistettiin HPLC -tekniikan avulla. Menetelmälle määritettiin sopivat olosuhteet, ja mitattiin menetelmän herkkyyttä. Ohessa kokeiltiin jo käytössä olevia työläitä aikaisempia faagipitoisuuksien määrtiysmenetelmiä.
Menetelmän herkkyys määriteltiin riittävän pieneksi mahdollistaen menetelmän hyödyntämisen faagipitoisuuksien analysointiin faafinäyttötekniikan yhteydessä. Huomattiin kuitenkin, että suurissa templaattipitoisuuksissa signaali ei enää kasva lineaarisesti. Taustasignaalin muodostumisessa huomattiin eroja koetinpitoisuuksia nostettaessa. Huomattiin kasvatusmediumin olevan haittana suurina pitoisuuksina mittauksissa.