Theseus käyttökatko ma 22.4. klo 12 alkaen. Katko jatkuu 22.4. klo 15 asti ja on koko Theseuksen laajuinen. Lisäksi töiden käsittely ja syöttö on estetty ti 23.4. ainakin klo 12 asti. Theseus service break from Mon 22.4. at 12:00. The break will last until 15:00 on Mon 22.4. and is Theseus-wide. In addition, processing and uploading of work will be blocked until at least 12:00 on Tue 23.4.
Salaatti- ja tupakkanäytteiden homogenisointimenetelmien vertailu DNA-puhdistukseen magneettipartikkeliprosessorilla
Bertula, Kia (2012)
Bertula, Kia
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2012
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2012061012364
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2012061012364
Tiivistelmä
Magneettipartikkelitekniikkaan perustuvat magneettipartikkeliprosessorit on kehitetty erilaisten molekyylien kuten nukleiinihappojen puhdistuksen automatisointiin. Magneettipartikkeliprosessorit eristävät korkeasaantoista, puhdasta ja laadukasta DNA:ta ja RNA:ta erilaisista näytemateriaaleista.
Työn tavoitteena oli vertailla erilaisia menetelmiä salaatti- ja tupakkanäytteiden homogenisoimiseksi DNA:n eristämiseen magneettipartikkeliprosessorilla. Homogenisointimenetelmiksi valittiin mortteli ja survin, Talboys-kuulamylly, Pellet Pestle -mikrosentrifugiputkisekoittaja, Ulta-Turrax-koeputkisekoittaja ja Ribolyser-homogenisaattori. Lisäksi homogenisointimenetelmillä testattiin neljää erilaista homogenisointiolosuhdetta: näytteen homogenisointia sellaisenaan, homogenisointia lyysispuskurissa, homogenisointia nestetypessä jäädytettynä ja kahden viimeiseksi mainitun yhdistelmätekniikkaa.
Eristetyn DNA:n määrää, puhtautta ja laatua arvioitiin absorbanssimittauksilla, agaroosigeelielektroforeesilla ja PCR:llä.
Tuloksien perusteella korkeasaantoisimmat, puhtaimmat, laadukkaimmat ja toistettavimmat lopputuotteet saatiin eristettyä morttelilla, Ribolyser-homogenisaattorilla ja Talboys-kuulamyllyllä. Homogenisointiolosuhteista parhaimmaksi osoittautui tuloksien perusteella näytteen homogenisoiminen lyysispuskurissa. Talboys-kuulamyllyn todettiin olevan työssä käytetyistä homogenisointimenetelmistä ainoa varteen otettava vaihtoehto, jos halutaan homogenisoida paljon näytteitä samanaikaisesti. Morttelin taas todettiin olevan erityisen hyvä vaihtoehto, jos näytteitä on lukumäärällisesti vähän tai ne voidaan homogenisoida yhdessä.
Työssä saatiin laaja kuva erilaisten homogenisointimenetelmien ja –olosuhteiden ominaisuuksista ja käytettävyyksistä salaatti- ja tupakkanäytteille. Työn avulla pystytään suosittelemaan ja neuvomaan asiakkaita löytämään juuri heidän tarkoituksiinsa sopiva homogenisointimenetelmä kasvinäytteille, jota aikaisemmin ei ole pystytty tekemään.
Työn tavoitteena oli vertailla erilaisia menetelmiä salaatti- ja tupakkanäytteiden homogenisoimiseksi DNA:n eristämiseen magneettipartikkeliprosessorilla. Homogenisointimenetelmiksi valittiin mortteli ja survin, Talboys-kuulamylly, Pellet Pestle -mikrosentrifugiputkisekoittaja, Ulta-Turrax-koeputkisekoittaja ja Ribolyser-homogenisaattori. Lisäksi homogenisointimenetelmillä testattiin neljää erilaista homogenisointiolosuhdetta: näytteen homogenisointia sellaisenaan, homogenisointia lyysispuskurissa, homogenisointia nestetypessä jäädytettynä ja kahden viimeiseksi mainitun yhdistelmätekniikkaa.
Eristetyn DNA:n määrää, puhtautta ja laatua arvioitiin absorbanssimittauksilla, agaroosigeelielektroforeesilla ja PCR:llä.
Tuloksien perusteella korkeasaantoisimmat, puhtaimmat, laadukkaimmat ja toistettavimmat lopputuotteet saatiin eristettyä morttelilla, Ribolyser-homogenisaattorilla ja Talboys-kuulamyllyllä. Homogenisointiolosuhteista parhaimmaksi osoittautui tuloksien perusteella näytteen homogenisoiminen lyysispuskurissa. Talboys-kuulamyllyn todettiin olevan työssä käytetyistä homogenisointimenetelmistä ainoa varteen otettava vaihtoehto, jos halutaan homogenisoida paljon näytteitä samanaikaisesti. Morttelin taas todettiin olevan erityisen hyvä vaihtoehto, jos näytteitä on lukumäärällisesti vähän tai ne voidaan homogenisoida yhdessä.
Työssä saatiin laaja kuva erilaisten homogenisointimenetelmien ja –olosuhteiden ominaisuuksista ja käytettävyyksistä salaatti- ja tupakkanäytteille. Työn avulla pystytään suosittelemaan ja neuvomaan asiakkaita löytämään juuri heidän tarkoituksiinsa sopiva homogenisointimenetelmä kasvinäytteille, jota aikaisemmin ei ole pystytty tekemään.