ESBL-kantojen genotyyppien kartoitus multiplex PCR:llä
Seittenranta-Vekkeli, Sofia (2012)
Seittenranta-Vekkeli, Sofia
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2012
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2012060611997
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2012060611997
Tiivistelmä
ESBL (extended spectrum β-lactamases) entsyymien tuotto aiheuttaa Enterobacteriaceae-heimon bakteereissa antibioottiresistenssiä laajakirjoisia β-laktaamiantibiootteja kohtaan. ESBL-löydösten määrä on jatkuvasti kasvanut 2000-luvun alusta. Plasmidivälitteisiä ESBL-geenejä tunnetaan satoja, näistä yleisimmät kuuluvat CTX-M-geeniryhmään.
Opinnäytetyöni tarkoituksena oli kartoittaa ESBL-kannoilla esiintyviä laajakirjoisia β-laktamaasigeenejä ja saada yleiskuva siitä, millaisia geenejä ja geeniyhdistelmiä Helsingin ja Uudenmaan sairaanhoitopiirin (HUS) alueella ESBL-kannoissa ilmenee tutkittuna ajanjaksona. Vertasin myös saatuja genotyyppejä kantojen antibioottiherkkyysmääritysten tuloksiin. Keräsin aineiston kolmen viikon aikana ESBLVi-tutkimuspyynnöllä HUSLAB:n bakteriologian laboratorioon tulleista näytteistä. Kannat oli tunnistettu antibioottikiekkoherkkyysmääritysten perusteella ESBL-entsyymin tuottajiksi tai kolmannen polven kefalosporiineille resistenteiksi. Analysoin kantojen genotyypit käyttäen perinteistä PCR-menetelmää neljällä multiplex-alukepariseoksella ja yhdellä simplex-alukeparilla. Käytetyt alukkeet tunnistivat kaikki yleisimmät ESBL-geenit. Antibioottiherkkyysmääritysten tulokset saatiin kiekkoherkkyysmenetelmällä määritettyinä estorenkaan halkaisijoina.
Analysoin tulokset ESBL Escherichia coli kantojen osalta (n=33). Tulosten perusteella suurimmalla osalla (90,9 %, n=30) tutkittuja ESBL E. coli kantoja oli jokin CTX-M-geeniperheen geeni joko yksin tai yhdessä jonkin muun ESBL-geenin kanssa. Eniten esiintyi CTX-M-1-ryhmän geenejä (78,8 %, n=26). Kaikki havaitut geenit kuuluivat viiteen eri geeniryhmään (blaTEM, blaCTX-M-1, blaCTX-M-9, blaOXA-1 ja blaCIT) ja esiintyivät yhdeksänä eri yhdistelmänä. Havaittu genotyyppien jakauma vastasi muissa tutkimuksissa saatuja jakaumia. Vertailin toisiinsa E. colin osalta blaCTX-M-1 ja blaCTX-M-9 geeniryhmien antibioottiherkkyyksiä. Tulosteni perusteella ryhmien välillä oli eroja antibioottiherkkyyksissä keftatsidiimin, β-laktaami-β-laktamaasi-inhibiittori-yhdistelmien ja tobramysiinin osalta. Tutkitut CTX-M-9-ryhmän kannat olivat in vitro herkempiä edellä mainittuja antibiootteja kohtaan. Myös muissa tutkimuksissa oli havaittu vastaavia eroja.
Opinnäytetyöni tarkoituksena oli kartoittaa ESBL-kannoilla esiintyviä laajakirjoisia β-laktamaasigeenejä ja saada yleiskuva siitä, millaisia geenejä ja geeniyhdistelmiä Helsingin ja Uudenmaan sairaanhoitopiirin (HUS) alueella ESBL-kannoissa ilmenee tutkittuna ajanjaksona. Vertasin myös saatuja genotyyppejä kantojen antibioottiherkkyysmääritysten tuloksiin. Keräsin aineiston kolmen viikon aikana ESBLVi-tutkimuspyynnöllä HUSLAB:n bakteriologian laboratorioon tulleista näytteistä. Kannat oli tunnistettu antibioottikiekkoherkkyysmääritysten perusteella ESBL-entsyymin tuottajiksi tai kolmannen polven kefalosporiineille resistenteiksi. Analysoin kantojen genotyypit käyttäen perinteistä PCR-menetelmää neljällä multiplex-alukepariseoksella ja yhdellä simplex-alukeparilla. Käytetyt alukkeet tunnistivat kaikki yleisimmät ESBL-geenit. Antibioottiherkkyysmääritysten tulokset saatiin kiekkoherkkyysmenetelmällä määritettyinä estorenkaan halkaisijoina.
Analysoin tulokset ESBL Escherichia coli kantojen osalta (n=33). Tulosten perusteella suurimmalla osalla (90,9 %, n=30) tutkittuja ESBL E. coli kantoja oli jokin CTX-M-geeniperheen geeni joko yksin tai yhdessä jonkin muun ESBL-geenin kanssa. Eniten esiintyi CTX-M-1-ryhmän geenejä (78,8 %, n=26). Kaikki havaitut geenit kuuluivat viiteen eri geeniryhmään (blaTEM, blaCTX-M-1, blaCTX-M-9, blaOXA-1 ja blaCIT) ja esiintyivät yhdeksänä eri yhdistelmänä. Havaittu genotyyppien jakauma vastasi muissa tutkimuksissa saatuja jakaumia. Vertailin toisiinsa E. colin osalta blaCTX-M-1 ja blaCTX-M-9 geeniryhmien antibioottiherkkyyksiä. Tulosteni perusteella ryhmien välillä oli eroja antibioottiherkkyyksissä keftatsidiimin, β-laktaami-β-laktamaasi-inhibiittori-yhdistelmien ja tobramysiinin osalta. Tutkitut CTX-M-9-ryhmän kannat olivat in vitro herkempiä edellä mainittuja antibiootteja kohtaan. Myös muissa tutkimuksissa oli havaittu vastaavia eroja.