DNA-eristysmenetelmän optimointi vauvojen ulostenäytteille
Kunnasranta, Heidi; Lehto, Meri (2013)
Kunnasranta, Heidi
Lehto, Meri
Turun ammattikorkeakoulu
2013
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2013112618359
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2013112618359
Tiivistelmä
Ihmisen normaalimikrobisto vaikuttaa monella tavalla terveyteen ja hyvinvointiin. Valtaosa normaalimikrobistosta sijaitsee suolistossa. Normaalimikrobiston kehitys alkaa heti lapsen synnyttyä. Normaalimikrobiston tutkimuksessa käytetään nykyään yleisesti moleekyylibiologisia analyysimenetelmiä, joita edeltää bakteeri-DNA:n eristys. Eristysmenetelmiä on monenlaisia ja aikaisempien tutkimuksien perusteella eri menetelmät antavat ristiriitaisia tuloksia, jolloin jotkin bakteerilajit ylikorostuvat ja toiset jäävät huomaamatta.
Tämä opinnäytetyö tehtiin Turun yliopiston lääketieteellisen mikrobiologian ja immunologian laitoksella suolistomikrobiston terveysvaikutuksia tutkivassa projektissa. Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli optimoida bakteeri-DNA-eristysmenetelmä 2,5 kuukauden ikäisten vauvojen ulostenäytteille. Tavoitteena oli edistää lasten kehitystä tutkivaa FinnBrain-projektia ja kehittää Turun yliopiston suolistomikrobistoon liittyvää tutkimusta. DNA-eristysmenetelmän optimoinnilla taattiin näytteiden kelpoisuus jatkotutkimuksia varten.
Työssä testattiin kolmea kaupallista kittiä yhdistettynä erilaisiin esikäsittelyihin. Kitit olivat Qiagen, GenoXtract (automaatilla) ja MoBio. Bead beating eli näytteen homogenointi helmillä testattiin kolmilla eri helmillä ja eri homogenointiohjelmilla. Korkeimmat DNA-pitoisuudet tuotti GenoXract-automaattilaitteen kitti ja lasihelmikäsittely homogenointiasetuksilla 1000rpm/3min. Eristystuotteet olivat myös riittävän puhtaita. Jatkotutkimuskelpoisuus tarkistettiin geelielektroforeesilla ja PCR-menetelmällä. Tulosten perusteella GenoXtract yhditettynä lasihelmikäsittelyyn valikoitui parhaaksi menetelmäksi.
Tämä opinnäytetyö tehtiin Turun yliopiston lääketieteellisen mikrobiologian ja immunologian laitoksella suolistomikrobiston terveysvaikutuksia tutkivassa projektissa. Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli optimoida bakteeri-DNA-eristysmenetelmä 2,5 kuukauden ikäisten vauvojen ulostenäytteille. Tavoitteena oli edistää lasten kehitystä tutkivaa FinnBrain-projektia ja kehittää Turun yliopiston suolistomikrobistoon liittyvää tutkimusta. DNA-eristysmenetelmän optimoinnilla taattiin näytteiden kelpoisuus jatkotutkimuksia varten.
Työssä testattiin kolmea kaupallista kittiä yhdistettynä erilaisiin esikäsittelyihin. Kitit olivat Qiagen, GenoXtract (automaatilla) ja MoBio. Bead beating eli näytteen homogenointi helmillä testattiin kolmilla eri helmillä ja eri homogenointiohjelmilla. Korkeimmat DNA-pitoisuudet tuotti GenoXract-automaattilaitteen kitti ja lasihelmikäsittely homogenointiasetuksilla 1000rpm/3min. Eristystuotteet olivat myös riittävän puhtaita. Jatkotutkimuskelpoisuus tarkistettiin geelielektroforeesilla ja PCR-menetelmällä. Tulosten perusteella GenoXtract yhditettynä lasihelmikäsittelyyn valikoitui parhaaksi menetelmäksi.