WSI-skannereiden vertailu sekä toimivuuden testaaminen kliinisillä näytteillä
Kinnunen, Lassi; Moilanen, Tuomas (2014)
Kinnunen, Lassi
Moilanen, Tuomas
Oulun ammattikorkeakoulu
2014
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2014111915960
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2014111915960
Tiivistelmä
WSI-skanneri skannaa näytelasilla olevat kudospalat näkökenttä kerrallaan ja yhdistää saadut kuvat yhtenäiseksi digitaaliseksi lasiksi, joka on täydellinen kopio alkuperäisestä näytelasista. Syntynyttä digitaalista lasia voidaan tarkastella tarkoitukseen soveltuvilla katseluohjelmistoilla, joilla digitaalinen lasi käyttäytyy kuin mikroskoopilla katsottaessa. Katseluohjelmistolla digitaalisen lasin suurennosta voi vaihdella vapaasti ja koko kudosaluetta pystyy tarkastelemaan ilman rajoituksia. WSI-skannerit käyttävät laitevalmistajasta riippuen eri tekniikoita skannauksen toteuttamiseen, mistä johtuen niiden toimivuus ja skannaustulokset poikkeavat toisistaan suuresti.
Opinnäytetyön tavoitteena oli vertailla eri laitevalmistajien WSI-skannereita ja selvittää niiden toimivuutta kliinisillä näytteillä. Opinnäytetyön tilaajana oli Oulun yliopistollisen sairaalan patologian osasto, joka suunnittelee siirtävänsä osan histologisten leikkeiden tarkastelusta digitaaliseen muotoon. Digitaalisessa muodossa histologisten näytteiden lähettäminen on riskitöntä ja nopeampaa kuin alkuperäisten näytelasien lähettäminen. WSI-skannerit luovat pohjan tehokkaalle telepatologialle.
Testijaksojen ajaksi patologian osasto hankki koekäyttöön yhteensä kolmen eri laitevalmistajan WSI-skannereita. Skannereiden ominaisuuksia selvitettiin ja vertailtiin patologian osaston potilasnäytteistä koostetuilla testilaseilla. Skannereilla suoritettavat testit suunniteltiin patologian osaston toiveiden ja vaatimusten mukaisesti vastaamaan skannerin tulevaa käyttöympäristöä. Jokaiselle skannerille pidettiin perehdytysjakso, jonka jälkeen varsinaiset testit suoritettiin kahden viikon aikana.
Opinnäytetyön tuloksena saatiin vertailukelpoisia numeerisia arvoja eri skannereiden suorituskyvystä sekä tietoa skannereiden ominaisuuksista ja soveltuvuudesta eri käyttöympäristöihin. Numeeristen arvojen perusteella skannereita pystyttiin laittamaan paremmuusjärjestykseen tiedostokoon, skannaukseen kuluvan ajan ja skannausvirheiden perusteella.
Testijaksojen aikana kaikilla testeissä mukana olleilla WSI-skannereilla havaittiin eriasteisia puutteita kudostunnistuksessa, skannattaessa paljon rasvaista kudosta sisältäviä näytelaseja sekä heikosti värjäytyneitä immunovärjättyjä näytelaseja. Testeissä huomattiin, että skannaukseen kuluvaan aikaan ja kudostunnistuksen onnistumiseen voitiin vaikuttaa suuresti asianmukaisilla skannausprofiileilla. Myös kudospalasten lukumäärällä todettiin olevan vaikutusta skannausaikaan ja skannauslaatuun.
Opinnäytetyön tavoitteena oli vertailla eri laitevalmistajien WSI-skannereita ja selvittää niiden toimivuutta kliinisillä näytteillä. Opinnäytetyön tilaajana oli Oulun yliopistollisen sairaalan patologian osasto, joka suunnittelee siirtävänsä osan histologisten leikkeiden tarkastelusta digitaaliseen muotoon. Digitaalisessa muodossa histologisten näytteiden lähettäminen on riskitöntä ja nopeampaa kuin alkuperäisten näytelasien lähettäminen. WSI-skannerit luovat pohjan tehokkaalle telepatologialle.
Testijaksojen ajaksi patologian osasto hankki koekäyttöön yhteensä kolmen eri laitevalmistajan WSI-skannereita. Skannereiden ominaisuuksia selvitettiin ja vertailtiin patologian osaston potilasnäytteistä koostetuilla testilaseilla. Skannereilla suoritettavat testit suunniteltiin patologian osaston toiveiden ja vaatimusten mukaisesti vastaamaan skannerin tulevaa käyttöympäristöä. Jokaiselle skannerille pidettiin perehdytysjakso, jonka jälkeen varsinaiset testit suoritettiin kahden viikon aikana.
Opinnäytetyön tuloksena saatiin vertailukelpoisia numeerisia arvoja eri skannereiden suorituskyvystä sekä tietoa skannereiden ominaisuuksista ja soveltuvuudesta eri käyttöympäristöihin. Numeeristen arvojen perusteella skannereita pystyttiin laittamaan paremmuusjärjestykseen tiedostokoon, skannaukseen kuluvan ajan ja skannausvirheiden perusteella.
Testijaksojen aikana kaikilla testeissä mukana olleilla WSI-skannereilla havaittiin eriasteisia puutteita kudostunnistuksessa, skannattaessa paljon rasvaista kudosta sisältäviä näytelaseja sekä heikosti värjäytyneitä immunovärjättyjä näytelaseja. Testeissä huomattiin, että skannaukseen kuluvaan aikaan ja kudostunnistuksen onnistumiseen voitiin vaikuttaa suuresti asianmukaisilla skannausprofiileilla. Myös kudospalasten lukumäärällä todettiin olevan vaikutusta skannausaikaan ja skannauslaatuun.