DNA-oligonukleotidituotannon MALDI-TOF-laadunvalvonnan automatisointi
Selin, Maiju (2014)
Selin, Maiju
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2014
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2014100814566
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2014100814566
Tiivistelmä
Tämä opinnäytetyö tehtiin yhteistyössä DNA-oligonukleotideja valmistavan Oligomer Oy:n kanssa. Yrityksen valmistamat DNA-oligonukleotidit ovat lyhyitä, yleisimmin luonnollisista emäksistä muodostuvia, synteettisiä DNA-molekyylejä. Opinnäytetyön tarkoituksena oli automatisoida DNA-oligonukleotidituotannon MALDI-TOF-massa-analyysiin perustuva laadunvalvonta. Ensimmäisenä tavoitteena oli luoda pipetointirobottia ohjaava metodi, jonka avulla matriisi ja laadunvalvontanäytteet saataisiin pipetoitua automatisoidusti näytelevylle. Toisena tavoitteena oli tutkia, pystyykö MALDI-TOF-laitteen ohjelmistoversiolla luomaan metodia, jonka avulla laadunvalvontanäytteet voitaisiin analysoida automaattisesti.
Pipetointirobotin ohjelmointi matriisin ja laadunvalvontanäytteiden pipetoinnille näytelevylle onnistui hyvin. Lisäksi MALDI-TOF-laitteelle saatiin luotua metodi, jonka avulla laadunvalvontanäytteet voitiin mitata ohjelmoidusti ja saatu mittausdata tallennettua tiedostoon.
Massa-analyysin optimaalisen automatisoinnin esteeksi muodostui kuitenkin näytepisaran epätasainen kuivumismuoto, jonka takia lasersäteen osuminen pisaran näytealueelle oli sattumanvaraista ja automaattinen analyysi antoi hylättyjä taustaspektrejä. Luotua metodia voitiin kuitenkin hyödyntää esimerkiksi suurien laadunvalvontanäytemäärien massa-analyyseissa.
Pipetointirobotin ohjelmointi matriisin ja laadunvalvontanäytteiden pipetoinnille näytelevylle onnistui hyvin. Lisäksi MALDI-TOF-laitteelle saatiin luotua metodi, jonka avulla laadunvalvontanäytteet voitiin mitata ohjelmoidusti ja saatu mittausdata tallennettua tiedostoon.
Massa-analyysin optimaalisen automatisoinnin esteeksi muodostui kuitenkin näytepisaran epätasainen kuivumismuoto, jonka takia lasersäteen osuminen pisaran näytealueelle oli sattumanvaraista ja automaattinen analyysi antoi hylättyjä taustaspektrejä. Luotua metodia voitiin kuitenkin hyödyntää esimerkiksi suurien laadunvalvontanäytemäärien massa-analyyseissa.