Illumigenestä GenomEraan : Clostridium difficile – analyysimenetelmien vertailu

Abstract

Clostridium difficile on itiöitä muodostava suolistobakteeri, jonka jotkin kannat tuottavat toksiineja. Yleisimmät toksiini muodot ovat A ja B. C. difficilen aiheuttamia tauteja esiintyy maailmanlaajuisesti ja ne aiheuttavat vaikeita epidemioita. Vuonna 2014 Terveyden ja hyvinvoinninlaitos ilmoitti, että toksiinipositiivisia tapauksia löydettiin noin 5000 kappaletta. C. difficilen aiheuttamien tautitapausten määrä on pysynyt tasaisena, vaikka niiden määrä on laskenut viimeiset viisi vuotta. Ensisijaisena hoitona tautitapauksissa käytetään antibioottikuurin lopettamista tai vaihtamista toiseen. Tauti voi olla joissain tapauksissa hengenvaarallinen.

Opinnäytetyön tarkoituksena oli selvittää kahden C.difficile analyysimenetelmän herkkyyttä ja tarkkuutta mikrobiologian laboratoriossa. Menetelmiä verrattiin toisiinsa 147 kappaleella kliinisiä näytteitä.

C. difficilen diagnosointi perustuu kliiniseen kuvaan, ulostenäytteen toksiinien/toksiinigeenien osoitukseen tai viljelyyn. Vertailimme kahta nukleiinihappomenetelmää: Illumigenea ja GenomEraa. Illumigenessä käytetään LAMP-tekniikkaan, jossa DNA:n monistus tapahtuu vakiolämpötilassa. GenomEra on PCR-tekniikkaan perustuva DNA:n monistusmenetelmä.

Tuloksemme osoittivat, että molemmat menetelmät olivat spesifisiä ja herkkiä C.difficilen mittaamiseen.

Clostridium difficile is a spore-forming intestinal bacterium which generates toxins. C.difficile infections cause serious epidemics worldwide. The CDI can lead to death. National Institute for Health and Welfare informed about 5000 toxin positive cases in 2014. The number has remained even for last five years.

The purpose of the dissertation was to study spesifity and sensitivity of two C.difficile analyzemethods.

Clostridium difficile laboratory diagnostics are based on a clinical picture. We became acquainted with the Illumigene and GenomEra methods. Both methods are based on the nucleic acid methods. Illumigene replaced GenomEra in the microbiology laboratory. Functionality was examined from the point of view of the research results.

The main results were that both methods were highly specific and sensitive for measuring C.difficile.