Alkiobiopsian DNA-eristysmenetelmän vaikutus allele dropout -ilmiöön
Juppi, Hanna-Kaarina (2016)
Juppi, Hanna-Kaarina
Tampereen ammattikorkeakoulu
2016
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201701271723
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201701271723
Tiivistelmä
Lapsettomuus ja lasten saantiin liittyvät vaikeudet ovat yleistyvä ongelma ympäri maailman. Tehokkain hoitomuoto on koeputkihedelmöitys (IVF). Koeputkihedelmöityshoito mahdollistaa myös alkiodiagnostiikan, jossa perinnöllistä tautia kantavien potilaiden alkiot tutkitaan tarkoituksena vähentää riskiä saada sairas lapsi.
Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli tutkia alkiodiagnostiikan merkittävää ongelmaa, allele dropout-ilmiötä (ADO). Allele dropout on ilmiö, jossa vain toinen tutkittavan geenin alleeleista monistuu polymeraasiketjureaktiossa (PCR). Monistumisvirhe voi aiheuttaa pahimmillaan virheellisen diagnoosin. Allele dropoutia esiintyy analyyseissa, joissa lähdemateriaalia on hyvin vähän. Sen syiksi on esitetty esimerkiksi epäonnistunutta solujen hajotusta, DNA:n eheyteen vaikuttavia tekijöitä ja polymeraasiketjureaktion epäoptimaalisia olosuhteita. Menetelmien kehittämisen tavoitteena on vähentää ilmiön esiintyvyyttä ja täten parantaa alkiodiagnostiikan luotettavuutta.
Tässä opinnäytetyössä verrattiin vakiintunutta solujen hajottamis- ja DNA:n eristystyötapaa Ovumian tutkimaan muokattuun menetelmään. Tutkittujen menetelmien vaikutusta allele dropoutiin ja PCR:n onnistumiseen arvioitiin. Työssä käytettiin menettelytapoja, jotka ovat osittain salassa pidettäviä. Täten niiden yksityiskohdat on poistettu julkaistavasta versiosta. Tulokseksi saatiin tilastollisesti merkitsevästi alempi allele dropout käytettäessä Ovumian metodia standardimenetelmään verrattuna. Työssä tutkittu muokattu menetelmä voi toimia jatkokehityksen kohteena esimerkiksi tuotekehitykselle.
Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli tutkia alkiodiagnostiikan merkittävää ongelmaa, allele dropout-ilmiötä (ADO). Allele dropout on ilmiö, jossa vain toinen tutkittavan geenin alleeleista monistuu polymeraasiketjureaktiossa (PCR). Monistumisvirhe voi aiheuttaa pahimmillaan virheellisen diagnoosin. Allele dropoutia esiintyy analyyseissa, joissa lähdemateriaalia on hyvin vähän. Sen syiksi on esitetty esimerkiksi epäonnistunutta solujen hajotusta, DNA:n eheyteen vaikuttavia tekijöitä ja polymeraasiketjureaktion epäoptimaalisia olosuhteita. Menetelmien kehittämisen tavoitteena on vähentää ilmiön esiintyvyyttä ja täten parantaa alkiodiagnostiikan luotettavuutta.
Tässä opinnäytetyössä verrattiin vakiintunutta solujen hajottamis- ja DNA:n eristystyötapaa Ovumian tutkimaan muokattuun menetelmään. Tutkittujen menetelmien vaikutusta allele dropoutiin ja PCR:n onnistumiseen arvioitiin. Työssä käytettiin menettelytapoja, jotka ovat osittain salassa pidettäviä. Täten niiden yksityiskohdat on poistettu julkaistavasta versiosta. Tulokseksi saatiin tilastollisesti merkitsevästi alempi allele dropout käytettäessä Ovumian metodia standardimenetelmään verrattuna. Työssä tutkittu muokattu menetelmä voi toimia jatkokehityksen kohteena esimerkiksi tuotekehitykselle.