Actinobacillus pleuropneumoniaen serotyyppien 1,7,12 ja 3,6,8 PCR-menetelmien validointi

Abstract

Työ suoritettiin Eviran Seinäjoen toimipisteessä heidän käyttöönsä. Työn tarkoitus oli pystyttää ja validoida toimivat multiplex-PCR -menetelmät Actinobacillus pleuropneumoniae -bakteerin serotyypeille 1,7,12 ja 3,6,8. Työssä tutustutaan kyseisen bakteerin ominaisuuksiin ja serotyyppeihin, sen aiheuttamaan tautiin sekä sen hoitamiseen ja kontrolloimiseen käytettäviä keinoja. Perehdytään myös PCR:n perusteisiin, reagensseihin sekä käyttötarkoituksiin ja -sovelluksiin, PCR:ää hyödynnetään muun muassa patogeenien DNA:n havaitsemiseen näytteestä. PCR tulosten lukemisessa hyödynnettiin agaroosielektroforeesi-ajolaitetta, jolla PCR tuotteet saadaan eroteltua toisistaan. Työssä kuvataan tapahtunut validointi, perehdytään ongelmiin ja esitetään näille saadut ratkaisut. Lopuksi esitetään menetelmän kuvaus ja työn kulku, mitä tehtiin ja miten tehtiin, sekä saatuja tyypitystuloksia validoituja menetelmiä käytettäessä. Validoinnissa onnistuttiin ja menetelmä saatiin käyttöön työnantajalle. Ylimääräisiä tuotteita kuitenkin esiintyi, mutta näiden ei kuitenkaan katsottu häiritsevän tulosten lukua ja tyypittämistä, koska ne eivät olleet päällekkäin haluttujen tuotteiden kanssa ja esiintyivät vain tietyillä serotyypeillä. Työn aikana valmistetut validointiraportit ovat liitteinä 1 ja 2.

Thesis was made at and for Evira Seinäjoki regional office. The objective was to set up and validate multiplex-PCR method to detect serotypes 1,7,12 and serotypes 3,6,8 of Actinobacillus pleuropneumoniae. This thesis includes basic information of Actinobacillus pleuropneumoniae, APPs serotypes, the disease APP causes, controlling spreading of APP and the methods to treat the disease APP causes. Thesis includes also basics of PCR, reagents in PCR and some applications of PCR, for example detection of a pathogen DNA from a sample. How to read PCR-results has also been told. Validation process has been presented, and some problems that occurred during project are explained more deeply. Validation reports have been added as appendices 1 and 2.