Öljy-yhdisteillä pilaantuneen maan mikrobiston analysointi DNA-menetelmillä
Puttonen, Hanna (2009)
Puttonen, Hanna
Lahden ammattikorkeakoulu
2009
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-200906214012
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-200906214012
Tiivistelmä
Tämä opinnäytetyö on osa Helsingin yliopiston TELMI-nimistä hankekokonaisuutta, joka koostuu Suomen luonnonvarainsäätiön rahoittamasta projektista ”Ympäristömyrkkyjä hajottavien eliöiden jalostaminen tehostetun luonnonvalinnan avulla” sekä Marjatta ja Eino Kollin säätiön tukemasta ”Puunsuoja-aineilla pilaantuneen maan puhdistaminen maaperän bakteerien avulla” -nimisestä hankkeesta.
Opinnäytetyössä pyrittiin analysoimaan dieselin vaikutusta humusvoittoisen metsämaan mikrobistoon DNA-menetelmiä käyttäen. Puolet maanäytteistä oli otettu dieselillä saastuneesta kohdasta ja toinen puoli puhtaasta kohdasta. Osaan maanäytteistä lisättiin dieseliä ja osaan jätettiin tekemättä lisäys vertailun vuoksi. Työssä käytettiin kahta eri aikapistettä, kokeen aloituspäivä sekä kahdeksan viikon kuluttua tästä. Näiden kahden ajankohdan väliltä koetettiin löytää eroavaisuuksia.
Käytännön suoritukseen kuului DNA:n eristys maanäytteestä, DNA:n monistaminen polymeraasiketjureaktion avulla, agaroosigeeliajo molemmista edellisistä saaduista tuotteista sekä denaturoitu gradienttigeelielektroforeesi eli DGGE, jossa eri mikrobiryhmät saadaan eroteltua toisistaan. DGGE-geeliä tarkastellen pystyttiin tekemään johtopäätöksiä dieselin vaikutuksesta mikrobeihin ajankohdittain ja käsittelyittäin.
Käytetyillä menetelmillä ei pystytty vastaamaan tutkimuskysymykseen. Koska tutkittavat näytteet sisälsivät runsaasti fragmentteja, oli tulosten käsittely hankalaa ja aikaa vievää. Rinnakkaisnäytteiden väliset erot olivat melko suuria, mistä johtuen ei juurikaan pystytty tekemään vertailuja eri käsittelyjen ja aikapisteiden välillä. DGGE-geelien tulkinta kannattaisi tehdä siihen suunnitellun tietokoneohjelman avulla. Spesifien alukkeiden käyttö olisi pienentänyt fragmenttien määrää, jolloin DGGE-geelien tulkinta olisi helpompaa.
Opinnäytetyössä pyrittiin analysoimaan dieselin vaikutusta humusvoittoisen metsämaan mikrobistoon DNA-menetelmiä käyttäen. Puolet maanäytteistä oli otettu dieselillä saastuneesta kohdasta ja toinen puoli puhtaasta kohdasta. Osaan maanäytteistä lisättiin dieseliä ja osaan jätettiin tekemättä lisäys vertailun vuoksi. Työssä käytettiin kahta eri aikapistettä, kokeen aloituspäivä sekä kahdeksan viikon kuluttua tästä. Näiden kahden ajankohdan väliltä koetettiin löytää eroavaisuuksia.
Käytännön suoritukseen kuului DNA:n eristys maanäytteestä, DNA:n monistaminen polymeraasiketjureaktion avulla, agaroosigeeliajo molemmista edellisistä saaduista tuotteista sekä denaturoitu gradienttigeelielektroforeesi eli DGGE, jossa eri mikrobiryhmät saadaan eroteltua toisistaan. DGGE-geeliä tarkastellen pystyttiin tekemään johtopäätöksiä dieselin vaikutuksesta mikrobeihin ajankohdittain ja käsittelyittäin.
Käytetyillä menetelmillä ei pystytty vastaamaan tutkimuskysymykseen. Koska tutkittavat näytteet sisälsivät runsaasti fragmentteja, oli tulosten käsittely hankalaa ja aikaa vievää. Rinnakkaisnäytteiden väliset erot olivat melko suuria, mistä johtuen ei juurikaan pystytty tekemään vertailuja eri käsittelyjen ja aikapisteiden välillä. DGGE-geelien tulkinta kannattaisi tehdä siihen suunnitellun tietokoneohjelman avulla. Spesifien alukkeiden käyttö olisi pienentänyt fragmenttien määrää, jolloin DGGE-geelien tulkinta olisi helpompaa.