Akuutin gastroenteriitin aiheuttajavirusten tunnistaminen multiplex-PCR -menetelmällä

Abstract

TIIVISTELMÄ

Tampereen ammattikorkeakoulu Bioanalyytikkokoulutus

KOSKINEN SIRU, LUOMA LINDA & SAARI HANNA: Akuutin gastroenteriitin aiheuttajavirusten tunnistaminen multiplex-PCR -menetelmällä

Opinnäytetyö 64 sivua, joista liitteitä 3 sivua Lokakuu 2016

Akuutti gastroenteriitti, eli oksenteluna ja ripulina ilmenevä suoliston limakalvon tulehdus, on merkittävä maailmanlaajuinen terveysongelma. Virusperäiset gastroenteriitit ovat erittäin tartuntavaarallisia ja niiden aiheuttamat varotoimet kuluttavat terveydenhuollon resursseja, minkä vuoksi niiden mahdollisimman nopea diagnosoiminen potilailla on erityisen tärkeää.

Opinnäytetyössä käsiteltävä multiplex-PCR -menetelmä mahdollistaa useiden eri virusten tunnistamisen samanaikaisesti yhdellä testillä. Tarkoituksena oli vertailla kolmea eri multiplex-PCR -tunnistusmenetelmää toisiinsa. Vertailussa tutkittavia viruksia olivat adeno-, astro-, noro-, sapo- ja rotavirus.

Opinnäytetyön tilaajana toimi Fimlab Laboratoriot Oy:n mikrobiologian yksikkö, jossa opinnäytetyön kokeellinen osuus suoritettiin 5.-9.10.2015. Opinnäytetyö oli kokeellinen, kvantitatiivinen ja vertaileva tutkimus, jonka tehtävänä oli vertailla multiplex-PCR -tunnistusmenetelmien toimintaa sekä soveltuvuutta laboratorion rutiinikäyttöön. Tavoitteena oli tuottaa Fimlab Laboratoriot Oy:lle luotettavaa vertailutietoa, jonka pohjalta valita molekyylibiologian yksikön käyttöön parhaiten sopiva menetelmä.

Tutkimuksessa olivat mukana R-Biopharmin RIDA®GENE Viral Stool Panel 1, Fast-Track Diagnosticsin FTD Viral gastroenteritis ja Seegenen Allplex™ Gastrointestinal Infection Full Panel tunnistusmenetelmät. Näistä käytettävyydeltään parhaiten Fimlab Laboratoriot Oy:lle sopi Seegenen Allplex™ GI-Virus Assay. RIDA®GENE Viral Stool Panel 1 puolestaan ei ollut validoitu Fimlab Laboratoriot Oy:n tämänhetkiselle laitteistolle, mikä näkyi poikkeavina tuloksina. Muuten menetelmissä ei ollut tulosten suhteen eroja.

Opinnäytetyön otoskoko osoittautui muiden kuin norovirusten kohdalla vähäiseksi, minkä vuoksi jatkotutkimuksia pitäisi tehdä suuremmalla näytemäärällä. Myös, mikäli Fimlab Laboratoriot Oy päätyy valitsemaan RIDA®GENE Viral Stool Panel 1 -menetelmän rutiinidiagnostiikkaansa, kyseinen menetelmä tulisi validoida ja koestaa uudelleen.

ABSTRACT

Tampereen ammattikorkeakoulu Tampere University of Applied Sciences Degree Programme in Biomedical Laboratory Science

KOSKINEN SIRU, LUOMA LINDA & SAARI HANNA: The Use of Multiplex-PCR-Assay in the Diagnosis of Viral Gastroenteritis

Bachelor's thesis 64 pages, appendices 3 pages October 2016

Viral gastroenteritis is a significant global risk affecting the lives of millions annually. It is highly contagious and the precautions taken to avoid its spreading cause a great strain on the healthcare industry. Therefore diagnosing and treating the disease quickly is critical.

The purpose of this study was to compare the Multiplex-PCR -assays of R-Biopharm, Fast-Track Diagnostics and Seegene. The aim was to produce verifiable results for Fimlab Laboratories Ltd so they can choose the most suitable assay for them.

The study is structured in two parts: a survey on viral gastroenteritis, and a detailed report of the comparison of the assays. The comparison was made by using 94 different stool samples.

In terms of usability, the Allplex™ GI-Virus Assay from Seegene could be considered as the best choice. The assay from R-Biopharm was found to be unvalidated to the current equipment used in Fimlab Laboratories Ltd. This caused a deviation in otherwise similar test results between the assays.

The amount of positive samples can be considered insufficient and hence more research with a bigger sample size would be beneficial. It would also be advisable to validate and test the assay of R-Biopharm again, if Fimlab Laboratories Ltd chooses it.