Reaaliaikaisen PCR-menetelmän kehittäminen : työohje laktoosi-intoleranssiin vaikuttavan pistemutaation genotyypitykseen
Haromo, Elina; Tepsa, Heta-Elisa (2018)
Haromo, Elina
Tepsa, Heta-Elisa
Tampereen ammattikorkeakoulu
2018
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2018111517233
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2018111517233
Tiivistelmä
Ajan saatossa ihmiselle kehittynyt laktoosinsietokyky on seurausta yhden emäksen kohdalla tapahtuneesta geenimutaatiosta. Maailmanlaajuisesti tarkasteltaessa laktoosi-intoleranssin esiintyvyydessä on suuria alueellisia eroja. Laktoosin sietokykyyn vaikuttavan geenimutaation esiintyvyys on yleisempää alueilla, joilla lehmänmaito on ollut merkittävä ravinnonlähde. Afrikassa ja Aasiassa on kansoja, joiden keskuudessa jopa 90 %:lla on edelleen laktoosi-intoleranssi, kun taas esimerkiksi Suomessa vastaava luku on vain n. 18 %.
DNA-tutkimukset ovat nykyisin perusterveydenhuollon rutiinitutkimuksia ja niitä hyödynnetään esimerkiksi laktoosi-intoleranssia tutkittaessa. Reaaliaikaiseen polymeraasiketjureaktioon perustuvat menetelmät ovat tällä hetkellä keskeinen käytössä oleva DNAtutkimuksen muoto kliinisessä laboratorioanalytiikassa. Tämän opinnäytetyön tavoitteena on monipuolistaa bioanalytiikan koulutusohjelman molekyylibiologian opetusmenetelmiä Tampereen ammattikorkeakoulussa ja mahdollistaa RT-PCR-menetelmien hyödyntäminen bioanalyytikoiden koulutuksessa Applied Biosystems StepOnePlusTM Realtime PCR Systems -analysaattorilla. Opinnäytetyön tarkoituksena on uuden menetelmän pystyttäminen sekä työohjeen tuottaminen laktoosi-intoleranssiin vaikuttavan pistemutaation tutkimiseksi bioanalyytikko-opiskelijoiden molekyylibiologian kurssin käyttöön. Opinnäytetyön osana tuotetaan myös käyttöohje Applied Biosystems StepOnePlusTM Real-time PCR-analysaattorille.
Opinnäytetyön kirjallisen osion tehtävänä on antaa teoriatietoa laboratoriotöiden tueksi. Kirjallinen osio antaa perustiedot DNA:n rakenteesta sekä-, DNA-replikaatiosta ja siinä käsitellään geeneihin ja mutaatioihin liittyviä ilmiöitä. Kirjallisessa osiossa perehdytään laktoosi-intoleranssiin sekä käsitellään reaaliaikaisen PCR:n periaatteita. Lisäksi avataan koestusprosessia, joka oli edellytyksenä työ- ja käyttöohjeen laadinnalle. Toimeksiantajan kanssa on sovittu, että työ- ja käyttöohjetta ei julkaista Theseuksessa.
Opinnäytetyön tavoite saavutettiin ja onnistuttiin luomaan uusi menetelmä sekä opetuskäytössä toimivat ohjeet työn suorittamiseksi. Tämä opinnäytetyö mahdollistaa jatkotutkimusaiheita uusille opinnäytetöille. Menetelmässä käytettävien DNA- ja eagenssikonsentraatioiden tarkempi optimointi voi toimia suorana jatkotutkimusaiheena tälle opinnäytetyölle.
DNA-tutkimukset ovat nykyisin perusterveydenhuollon rutiinitutkimuksia ja niitä hyödynnetään esimerkiksi laktoosi-intoleranssia tutkittaessa. Reaaliaikaiseen polymeraasiketjureaktioon perustuvat menetelmät ovat tällä hetkellä keskeinen käytössä oleva DNAtutkimuksen muoto kliinisessä laboratorioanalytiikassa. Tämän opinnäytetyön tavoitteena on monipuolistaa bioanalytiikan koulutusohjelman molekyylibiologian opetusmenetelmiä Tampereen ammattikorkeakoulussa ja mahdollistaa RT-PCR-menetelmien hyödyntäminen bioanalyytikoiden koulutuksessa Applied Biosystems StepOnePlusTM Realtime PCR Systems -analysaattorilla. Opinnäytetyön tarkoituksena on uuden menetelmän pystyttäminen sekä työohjeen tuottaminen laktoosi-intoleranssiin vaikuttavan pistemutaation tutkimiseksi bioanalyytikko-opiskelijoiden molekyylibiologian kurssin käyttöön. Opinnäytetyön osana tuotetaan myös käyttöohje Applied Biosystems StepOnePlusTM Real-time PCR-analysaattorille.
Opinnäytetyön kirjallisen osion tehtävänä on antaa teoriatietoa laboratoriotöiden tueksi. Kirjallinen osio antaa perustiedot DNA:n rakenteesta sekä-, DNA-replikaatiosta ja siinä käsitellään geeneihin ja mutaatioihin liittyviä ilmiöitä. Kirjallisessa osiossa perehdytään laktoosi-intoleranssiin sekä käsitellään reaaliaikaisen PCR:n periaatteita. Lisäksi avataan koestusprosessia, joka oli edellytyksenä työ- ja käyttöohjeen laadinnalle. Toimeksiantajan kanssa on sovittu, että työ- ja käyttöohjetta ei julkaista Theseuksessa.
Opinnäytetyön tavoite saavutettiin ja onnistuttiin luomaan uusi menetelmä sekä opetuskäytössä toimivat ohjeet työn suorittamiseksi. Tämä opinnäytetyö mahdollistaa jatkotutkimusaiheita uusille opinnäytetöille. Menetelmässä käytettävien DNA- ja eagenssikonsentraatioiden tarkempi optimointi voi toimia suorana jatkotutkimusaiheena tälle opinnäytetyölle.