Rihmasienten tunnistus Vitek ® MS-laitteella

Abstract

Dermatofyytit ja homeet eli rihmasienet aiheuttavat pinnallisia sieni-infektioita ihon ja kynsien sarveisaineessa. Tämän lisäksi homeet aiheuttavat myös syviä, invasoivia ja jopa kuolemaan johtavia infektioita immuunipuutteisilla potilailla. Diagnosoinnin nopeudella on suuri merkitys hoidon onnistumisessa. Sieniä tunnistetaan makroskooppisesti viljellyiltä maljoilta, joista tehdään tarvittaessa jatkoviljelmiä. Makroskooppisen tunnistuksen lisäksi apuna käytetään tarvittaessa värjäyksiä ja mikroskopointia. Nämä käytössä olevat rihmasienten tunnistusmenetelmät toimivat opinnäytetyön referenssi-menetelmänä.

Tämän opinnäytetyön tavoitteena oli tuottaa tietoa Fimlab laboratoriot Oy:n Tampereen mikrobiologian yksikölle Biomeriéuxin Vitek MS Mould –reagenssipakkauksen esikäsittelymenetelmän toimivuudesta ja siitä, nopeuttaako sen käyttö rihmasienten tunnistusta niin, että se kannattaa ottaa käyttöön uutena tutkimusmenetelmänä. Tutkimusotoksen tavoitteena oli sata analysoitua näytettä. Tarkoituksena oli koestaa uusi rihmasienille tarkoitettu reagenssipakkaus VITEK MALDI-TOF massaspektrometrille.

Tässä opinnäytetyönä tehdyssä tutkimuksessa koestettiin uusi Biomeriéuxin rihmasienille tarkoitettu esikäsittelymenetelmän reagenssipakkaus VITEK ® MS MALDI TOF-laitteelle. Fimlab Laboratoriot Oy:n mikrobiologian sienilaboratoriossa oli varattu potilasnäytteitä tätä tutkimusta varten. Näytteet käsiteltiin reagenssipakkauksen avulla ja analysointi suoritettiin VITEK ® MS-laitteella. Näitä analyysituloksia verrattiin referenssimenetelmillä saatuihin tuloksiin ja niiden yhteneväisyyttä tutkittiin Excel-taulukkolaskentaohjelmaa apuna käyttäen.

Tutkimuksessa oli mukana 68 rihmasieninäytettä, joista tulokset saatiin 49 näytteelle eli 72 prosentille kokonaisnäytemäärästä. 49:stä onnistuneesti analysoidusta näytteestä 42 näytteen tutkimustulokset VITEK ® MS-laitteella ja käytössä olevilla sienidiagnostiikan menetelmillä olivat yhteneväiset. Tulokset olivat siis 86 prosenttisesti yhteneväisiä. Tutkimuksessa havaittiin myös, että rihmasienten kasvunvaihe vaikuttaa VI-TEK ® MS-laitteella tehtyjen analyysien onnistumiseen.

Dermatophytes and molds cause superficial fungal infections in the skin- and nail keratin. Molds can also cause severe deep invasive infections for patients with immune deprivation. Filamentous fungi are identified macroscopically from cultures and microscopically with the help of staining methods.

The objective of this study was to provide information for Fimlab Laboratoriot Oy about the functionality of the Biomeriéux Vitek ® MS Mold reagent kit pre-treatment method. The study intended to examine whether the method hastens the identification of filamentous fungi to such an extent that it could be adopted as a worthy new research method.

In this study a new Biomérieux preprocessing method for filamentous fungi was validated for VITEK ® MS MALDI TOF mass spectrometer. Samples were processed with a preprocessing reagent kit and VITEK ® MS was used for analysis. Analyzation results were compared to results gained with the reference methods.

There were 68 samples in the study, all of them containing a growing filamentous fungi. Test results were obtained for 49 samples, which equals to 72 percent of the samples. Out of 49 successfully mass spectrometry analysed samples, 42 had indentical results with the reference methods. Therefore 86 percent of the results were identical. In this study it was also noticed, that the filamentous fungis stage of growth influences the success rate of the analyses performed with VITEK MS.