Fluoresenssi in situ hybridisaatioon perustuvan pikadiagnostisentestin kokeilu

Abstract

Saimme Keski-Suomen keskussairaalan mikrobiologian laboratoriosta tehtäväksi testata fluoresenssi in situ hybridisaatioon perustuvan pikatestin toimivuutta positiivisilla veriviljelynäytteillä. Nykykäytäntö on, että positiivisesta veriviljelynäytteestä tehdään ensin gramvärjäys ja sen jälkeen tarvittavat viljelyt lämpökaapissa, jotta veriviljelypositiivisuuden aiheuttajamikrobi saadaan selville. Viljelyt ovat aikaa vieviä ja ennen viljelytuloksen valmistumista potilas saa empiiristä lääkehoitoa. Fluoresenssi in situ hybridisaatioon perustuvalla testillä on mahdollista gramvärjäystuloksen ohjaamana tehdä nopea ja tarkka alustava identifiointi mikrobista. Tavoitteenamme on osoittaa, että fluoresenssi in situ hybridisaatioon perustuvaa seaFAST® Sepsis -kittiä voidaan käyttää luotettavasti mikrobien identifiointiin. Testissä fluoresoivalla merkkiaineella leimatut, kullekin mikrobille spesifisetDNAkoettimet sitoutuvat mikrobien sisältämään rRNA:han ja muodostunut hybridi voidaan havaita fluoresenssimikroskopiaa käyttäen. Hybridisaation suorittamiseen käytämme työssämme uutta seaWAVE® -uunia. Tutkimuksemme on kokeellinen tutkimus. seaFAST® Sepsis -testiä ei ole testattu aiemmin Suomessa. Tutkimuksen edetessä neuvottelimme aina seuraavista vaiheista työelämän toimeksiantajiemme mikrobiologi Antti Nissisen ja ylilääkäri Jaakko Uksilan kanssa. Tutkimamme näytteet eivät fluoresoineet, joten tämän tutkimuksen perusteella seaFAST® sepsis -kitti ei vielä sovellu rutiinikäyttöön Keski-Suomen keskussairaalan mikrobiologian laboratoriossa.

The microbiology laboratory of Central Finland Central Hospital assigned us to test the functionality of a quick diagnostic test based on fluorescence in situ hybridization with positive blood culture samples. The current practice is that the positive bloodculture sample is first Gram stained, and after that, the required cultures are done inthe incubator, in order to identify the micro-organism causing the positivity of the blood culture. Cultures take time, and before the culture result is completed, the patient receives empirical medical treatment. With the fluorescence in situ hybridization test it is possible, based on the result of Gram staining, to make a rapid and accurate preliminary identification of the micro-organism. Our aim was to prove that the seaFAST® Sepsis kit, based on fluorescence in situ hybridization, can be reliably used to identify micro-organisms. In the test, the microbe-specific DNA probes, labelled with a fluorescent marker, attach to the rRNA of micro-organisms, and the formed hybrid can be detected using fluorescence microscopy. In our work we used the new seaWAVE® hybridization oven. Our study was experimental. The seaFAST® Sepsis test has not been tested in Finland before. As the research proceeded, we always agreed on the next phases with our assigners, microbiologist Antti Nissinen and chief physician Jaakko Uksila. The samples which we examined did not show fluorescence. On the grounds of this study, the seaFAST® Sepsis kit is not yet applicable to routine use in the microbiology laboratory of Central Finland Central Hospital.