Munasarjasyöpäpotilaiden tuorekudosnäytteiden sopivuus MLPA-analyysiin : perustuen geeneihin BRCA1 & BRCA2
Hynnä, Amanda (2019)
Hynnä, Amanda
2019
All rights reserved. This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2019121126068
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2019121126068
Tiivistelmä
Munasarja- ja rintasyöpä ovat kaksi yleisimpää syöpätapausta kaiken ikäisten naisten keskuudessa, minkä taustalla on mahdollisesti vaikuttavana tekijänä BRCA1 tai BRCA2-geenivirhe, eli mutaatio. Kasvunrajoittajageenit sijaitsevat 17. ja 13. kromosomissa, ja niiden tuottamat proteiinit osallistuvat DNA:n virheiden korjaukseen. On arvioitu, että 5-10 prosenttia munasarja- ja rintasyövistä johtuu perinnöllisestä alttiudesta. BRCA1-geenivirheen kantajalla on 25-50% riski sairastua munasarjasyöpään, kun taas BRAC2-geenivirheestä riski sairastua on 10-20%. Kun BRCA-geenimutaation kantajilla on 60-85%:n rintasyöpäriski.
Tämän opinnäytetyön tarkoitus oli selvittää, soveltuvatko tuorekudosnäytteet MLPA-analyysin, sillä tuorekudosnäytteet mahdollistavat laadukkaan kasvaingenomin analyysin. Opinnäytetyö tehtiin Turun yliopistollisen keskussairaalan Lääketieteellisen genetiikan laboratoriolle. Opinnäytetyön tavoitteena oli tukea muita tutkimusmenetelmiä munasarja- ja rintasyöpägeenien havainnoimisessa ja laajentaa Lääketieteellisen genetiikan laboratorion tutkimusvalikoimaa ja parantaa potilaan hoidon tasoa.
Tutkimus toteutettiin keväällä 2019 Lääketieteellisen genetiikan laboratorion tiloissa. Yhteensä 45 valmiiksi eristettyä DNA-näytettä valittiin indikaation ja aikaisempien tutkimustulosten perusteella laboratorion näytevalikoimasta. Näytteet ovat vuodelta 2018, ja niille kaikille on aikaisemmin tehty uuden sukupolven sekvensointi. Uuden sukupolven sekvensoinnista saadut tuloksien analyysit oli jäänyt normaaleiksi, toisin sanoen pistemutaatiota ei ollut todettu. Valitut näytteet siis ovat lähtökohtaisesti sellaisia, joista voisi löytyä kopiolukumuutos. Näytteille tehtiin kopiolukumuutoksiin ja koettimiin perustuva MLPA-tutkimus. MLPA-menetelmästä saadut tulokset analysoitiin SoftGenetics:n kehittämällä Genemarker-ohjelmalla.
Tulokset kertovat, että tuorekudosnäytteet teknisesti soveltuvat MLPA-analyysiin. Saatu positiivinen MLPAtulos on kuitenkin aina varmistettava muulla menetelmällä. Näin ei ole mahdollista, että MLPA:lla yksinään pystyttäisiin vastaamaan syöpädiagnostiikasta. Ovarian- and breast cancer are two of the most common cancer cases among women of all ages, due to a mutation in the BRCA1 or BRCA2 gene. The growth-limiting genes are located on chromosomes 17 and 13, and the proteins they produce are involved in repairing DNA aberrations. It is estimated that 5-10% of ovarian- and breastcancers are due to genetic propensity. The Carrier of BRCA1-gene mutation has 25-50% risk of developing ovarian cancer, whereas the carrier, who has BRCA2-gene mutation has a risk of 10-20%. While carrier of BRCA-gene mutation has 60-85% risk of developing breast cancer.
The purpose of this Thesis is to research suitability of fresh tissue samples in MLPA-analysis, because fresh tissue samples enable to quality analysis of tumorgenome`s. The Thesis is made for Finland´s Southwest Hospital Medical genetics laboratory. This Bachelor’s Thesis aims to contribute other researches of ovarian- and breast cancer genes observation and expand Medical genetics laboratory`s study selection and improve quality of patient care.
The research was carried out in the laboratory of the medical genetics department in spring 2019. Forty-five pre-extracted DNA-samples were selected by their indication and earlier research results from the laboratory`s sample archive. The samples were from year 2018 and had already been analyzed once using Next-Generation Sequencing. Analysis of results from Next-Generation Sequencing had remained normal, in the other words, no point mutation had been found. Thus, the selected samples are in principle, those that could have variations in the copy number. The samples were researched by MLPA-method, which is based on variations of coby number and probes. The results of the MLPA-method were analyzed using the Genemarker software developed by SoftGenetics.
The results show that fresh tissue samples are suitable in MLPA-analysis technically. However, the received positive MLPA-results always have to be verified by other research method. Therefore it`s not possible to use MLPA-method by itself for diagnose cancer.
Tämän opinnäytetyön tarkoitus oli selvittää, soveltuvatko tuorekudosnäytteet MLPA-analyysin, sillä tuorekudosnäytteet mahdollistavat laadukkaan kasvaingenomin analyysin. Opinnäytetyö tehtiin Turun yliopistollisen keskussairaalan Lääketieteellisen genetiikan laboratoriolle. Opinnäytetyön tavoitteena oli tukea muita tutkimusmenetelmiä munasarja- ja rintasyöpägeenien havainnoimisessa ja laajentaa Lääketieteellisen genetiikan laboratorion tutkimusvalikoimaa ja parantaa potilaan hoidon tasoa.
Tutkimus toteutettiin keväällä 2019 Lääketieteellisen genetiikan laboratorion tiloissa. Yhteensä 45 valmiiksi eristettyä DNA-näytettä valittiin indikaation ja aikaisempien tutkimustulosten perusteella laboratorion näytevalikoimasta. Näytteet ovat vuodelta 2018, ja niille kaikille on aikaisemmin tehty uuden sukupolven sekvensointi. Uuden sukupolven sekvensoinnista saadut tuloksien analyysit oli jäänyt normaaleiksi, toisin sanoen pistemutaatiota ei ollut todettu. Valitut näytteet siis ovat lähtökohtaisesti sellaisia, joista voisi löytyä kopiolukumuutos. Näytteille tehtiin kopiolukumuutoksiin ja koettimiin perustuva MLPA-tutkimus. MLPA-menetelmästä saadut tulokset analysoitiin SoftGenetics:n kehittämällä Genemarker-ohjelmalla.
Tulokset kertovat, että tuorekudosnäytteet teknisesti soveltuvat MLPA-analyysiin. Saatu positiivinen MLPAtulos on kuitenkin aina varmistettava muulla menetelmällä. Näin ei ole mahdollista, että MLPA:lla yksinään pystyttäisiin vastaamaan syöpädiagnostiikasta.
The purpose of this Thesis is to research suitability of fresh tissue samples in MLPA-analysis, because fresh tissue samples enable to quality analysis of tumorgenome`s. The Thesis is made for Finland´s Southwest Hospital Medical genetics laboratory. This Bachelor’s Thesis aims to contribute other researches of ovarian- and breast cancer genes observation and expand Medical genetics laboratory`s study selection and improve quality of patient care.
The research was carried out in the laboratory of the medical genetics department in spring 2019. Forty-five pre-extracted DNA-samples were selected by their indication and earlier research results from the laboratory`s sample archive. The samples were from year 2018 and had already been analyzed once using Next-Generation Sequencing. Analysis of results from Next-Generation Sequencing had remained normal, in the other words, no point mutation had been found. Thus, the selected samples are in principle, those that could have variations in the copy number. The samples were researched by MLPA-method, which is based on variations of coby number and probes. The results of the MLPA-method were analyzed using the Genemarker software developed by SoftGenetics.
The results show that fresh tissue samples are suitable in MLPA-analysis technically. However, the received positive MLPA-results always have to be verified by other research method. Therefore it`s not possible to use MLPA-method by itself for diagnose cancer.