Coxsackievirus A9- kantojen muuntuminen : VP1- ja 3D geenien sekvensointi rekombinaatioiden tunnistamiseksi

Abstract

Työn tarkoitus oli tutkia aivokalvontulehdusta aiheuttavan enteroviruksen (coxsackievirus A9; CAV9) sekvenssejä ja tehdä havaintoja CAV9-viruksen evoluutiosta ja rekombinaatiotapahtumista. Työssä tutkittiin erityisesti sellaisia geenialueita (VP1 ja 3D), joissa muutoksia oletetaan tapahtuvan. Työssä sekvensoitiin virus-RNA:n VP1- että 3D-alueita, jotka oli ensin muutettu DNA-muotoon RT-PCR-reaktiossa ja sitten puhdistettu agaroosigeeliltä. RT-PCR optimoitiin ennen varsinaisten näytteiden analysointia. Työssä tuotettiin yhteensä 160 kpl VP1- ja Y kpl 3D-sekvenssejä.

The purpose of this thesis was to study the sequences of an Enterovirus (coxsackievirus A9; CAV9) which causes meningitis, and discover its evolution and recombination transactions. Especially those genes (VP1 and 3D) were studied where changes were expected. The VP1 and 3D areas of virus RNA’s were sequenced after they had been converted to DNA format first by RT-PCR reaction and then by purification off agarose gel. The RT-PCR reaction was first optimized before actual samples were analyzed. In all, 160 VP1 and 3D sequence’s were produced in this thesis project.