Karbapenemaasin tuottajien osoittaminen PCR-menetelmällä : Amplidiag® CarbaR+MCR ja Seegene Allplex™ Entero-DR -testien tuloksien vertailu

Abstract

Beetalaktaamiryhmän antibiootteja, kuten karbapeneemejä, käytetään gramnegatiivisten bakteerien aiheuttamien infektioiden hoitoon. Beetalaktaamiantibiootteja pilkkovaa entsyymiä kutsutaan karbapenemaasiksi ja entsyymiä tuottavaa bakteeria taas karbapenemaasintuottajaksi. Karbapeneemiresistenssiä on raportoitu kasvavalla tahdilla 1990-luvulta lähtien. Suomessa esiintyvät karbapeneemiresistenssitapaukset liittyvät yleensä ulkomaalaiseen sairaalahoitoon tai ulkomailta saapuvien potilaiden sairaalasiirtoon. Karbapenemaasia tuottavissa enterobakteereissa kolistiiniresistenssin ilmeneminen on kasvussa Euroopassa. Polymyksiiniluokan antibiootteihin kuuluvaa kolistiinia käytetään gramnegatiivisten bakteereiden aiheuttamien infektioiden hoitoon sekä ”viimeisen keinon” antibioottina multiresistenttien infektioiden hoidossa. Kolistiiniresistenssi liikkuu bakteerista toiseen plasmidivälitteisesti mcr-geenien avulla.

Opinnäytetyön tarkoituksena oli verrata Amplidiag® CarbaR+MCR -testin tuloksia Paavo Hannuksen Pro Gradu -tutkielmassa käytetyn Seegene Allplex™ Entero-DR- testin tuloksiin. Testien suurin ero on VRE-geenien ja mcr-geenien tunnistuksessa. Amplidiag® CarbaR+MCR -testi tunnistaa mcr-geenien eri variantit, kun taas Seegene Allplex™ Entero-DR -testi tunnistaa VRE-geenien eri variantit. Tarkoituksena oli osoittaa tunnistavatko testit samat karbapenemaasia tuottavat geenit vai oliko tuloksissa eroavaisuuksia. Tarkoituksena oli myös selvittää, löytyykö kannoista kolistiiniresistenssiä aiheuttavia mcr-geenejä. Tavoitteena oli tuottaa vertailukelpoisia ja luotettavia tuloksia.

Tutkittavia näytekantoja oli yhteensä 75. Näistä 22 oli karbapenemaasia tuottavia enterobakteerikantoja, jotka olivat samoja THL:n kantoja kuin Hannuksen käyttämät. Loput 53 näytettä olivat positiivisia ja negatiivisia potilaiden veriviljelynäytteitä. Tulokset saatiin 21:stä karbapenemaasia tuottavasta enterobakteerikannasta sekä 12:sta veriviljelynäytteestä. Näytteet tulee laimentaa 1:100, sillä veri inhiboi reaktiota voimakkaasti.

Testit tunnistivat samat karbapenemaasia tuottavat enterobakteerigeenivariantit eikä tuloksissa ollut eroavaisuuksia. Amplidiag® CarbaR+MCR -testi tunnisti kahdesta GES-kannasta toisen, mutta toista GES-kantaa testi ei tunnistanut. Näin ollen väärää negatiivista tulosta voidaan pitää mahdollisena. Jatkotutkimusaiheena voisi olla kasvattaa testimääriä, jotta voitaisiin poissulkea tai varmistaa väärien negatiivisten testitulosten mahdollisuus.

Carbapenems belong to the Beta-Lactam class of antibiotics used to treat infections caused by gram-negative bacteria. Carbapenemase is the enzyme that breaks down Beta-Lactam antibiotics. Colistin resistance in carbapenemase-producing Enterobacteriaceae is increasing in Europe. Colistin belongs to the polymyxin class of antibiotics used to treat infections caused by gram-negative bacteria. Colistin is also used against multidrug-resistant infections as a “last chance” antibiotic.

The purpose of this study was to compare the results between the Amplidiag® CarbaR+MCR -test and the Seegene Allplex™ Entero-DR -test used by Paavo Hannus in his master’s thesis. The purpose was to determine if the tests detect the same carbapenemase-producing genes from the same samples and if the test results had any differences. The tests detect approximately the same gene variants, but they differ in the detection of VRE (vancomysin-resistant Enterococci) -genes and MCR (mobilized colistin resistance) -genes.

The study included an experimental part in which the same carbapenemase-producing Enterobacteriaceae samples were tested with the Amplidiag® CarbaR+MCR -test. The results were then compared to Hannus’ results from the Seegene Allplex™ Entero-DR -test. Different tables and charts were used to compare the results.

It was found out that the tests detect the same carbapenemase-producing Enterobacteriaceae variants and the results did not vary. As a follow-up study the test quantities should be increased to determine or out rule the chance of false negatives or positives.