Karbapenemaasin tuottajien osoittaminen PCR-menetelmällä : Amplidiag® CarbaR+MCR ja Seegene Allplex™ Entero-DR -testien tuloksien vertailu
Forsblom, Saana; Kankaanpää, Milla (2020)
Forsblom, Saana
Kankaanpää, Milla
2020
All rights reserved. This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2020102921826
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2020102921826
Tiivistelmä
Beetalaktaamiryhmän antibiootteja, kuten karbapeneemejä, käytetään gramnegatiivisten bakteerien aiheuttamien infektioiden hoitoon. Beetalaktaamiantibiootteja pilkkovaa entsyymiä kutsutaan karbapenemaasiksi ja entsyymiä tuottavaa bakteeria taas karbapenemaasintuottajaksi. Karbapeneemiresistenssiä on raportoitu kasvavalla tahdilla 1990-luvulta lähtien. Suomessa esiintyvät karbapeneemiresistenssitapaukset liittyvät yleensä ulkomaalaiseen sairaalahoitoon tai ulkomailta saapuvien potilaiden sairaalasiirtoon. Karbapenemaasia tuottavissa enterobakteereissa kolistiiniresistenssin ilmeneminen on kasvussa Euroopassa. Polymyksiiniluokan antibiootteihin kuuluvaa kolistiinia käytetään gramnegatiivisten bakteereiden aiheuttamien infektioiden hoitoon sekä ”viimeisen keinon” antibioottina multiresistenttien infektioiden hoidossa. Kolistiiniresistenssi liikkuu bakteerista toiseen plasmidivälitteisesti mcr-geenien avulla.
Opinnäytetyön tarkoituksena oli verrata Amplidiag® CarbaR+MCR -testin tuloksia Paavo Hannuksen Pro Gradu -tutkielmassa käytetyn Seegene Allplex™ Entero-DR- testin tuloksiin. Testien suurin ero on VRE-geenien ja mcr-geenien tunnistuksessa. Amplidiag® CarbaR+MCR -testi tunnistaa mcr-geenien eri variantit, kun taas Seegene Allplex™ Entero-DR -testi tunnistaa VRE-geenien eri variantit. Tarkoituksena oli osoittaa tunnistavatko testit samat karbapenemaasia tuottavat geenit vai oliko tuloksissa eroavaisuuksia. Tarkoituksena oli myös selvittää, löytyykö kannoista kolistiiniresistenssiä aiheuttavia mcr-geenejä. Tavoitteena oli tuottaa vertailukelpoisia ja luotettavia tuloksia.
Tutkittavia näytekantoja oli yhteensä 75. Näistä 22 oli karbapenemaasia tuottavia enterobakteerikantoja, jotka olivat samoja THL:n kantoja kuin Hannuksen käyttämät. Loput 53 näytettä olivat positiivisia ja negatiivisia potilaiden veriviljelynäytteitä. Tulokset saatiin 21:stä karbapenemaasia tuottavasta enterobakteerikannasta sekä 12:sta veriviljelynäytteestä. Näytteet tulee laimentaa 1:100, sillä veri inhiboi reaktiota voimakkaasti.
Testit tunnistivat samat karbapenemaasia tuottavat enterobakteerigeenivariantit eikä tuloksissa ollut eroavaisuuksia. Amplidiag® CarbaR+MCR -testi tunnisti kahdesta GES-kannasta toisen, mutta toista GES-kantaa testi ei tunnistanut. Näin ollen väärää negatiivista tulosta voidaan pitää mahdollisena. Jatkotutkimusaiheena voisi olla kasvattaa testimääriä, jotta voitaisiin poissulkea tai varmistaa väärien negatiivisten testitulosten mahdollisuus.
Opinnäytetyön tarkoituksena oli verrata Amplidiag® CarbaR+MCR -testin tuloksia Paavo Hannuksen Pro Gradu -tutkielmassa käytetyn Seegene Allplex™ Entero-DR- testin tuloksiin. Testien suurin ero on VRE-geenien ja mcr-geenien tunnistuksessa. Amplidiag® CarbaR+MCR -testi tunnistaa mcr-geenien eri variantit, kun taas Seegene Allplex™ Entero-DR -testi tunnistaa VRE-geenien eri variantit. Tarkoituksena oli osoittaa tunnistavatko testit samat karbapenemaasia tuottavat geenit vai oliko tuloksissa eroavaisuuksia. Tarkoituksena oli myös selvittää, löytyykö kannoista kolistiiniresistenssiä aiheuttavia mcr-geenejä. Tavoitteena oli tuottaa vertailukelpoisia ja luotettavia tuloksia.
Tutkittavia näytekantoja oli yhteensä 75. Näistä 22 oli karbapenemaasia tuottavia enterobakteerikantoja, jotka olivat samoja THL:n kantoja kuin Hannuksen käyttämät. Loput 53 näytettä olivat positiivisia ja negatiivisia potilaiden veriviljelynäytteitä. Tulokset saatiin 21:stä karbapenemaasia tuottavasta enterobakteerikannasta sekä 12:sta veriviljelynäytteestä. Näytteet tulee laimentaa 1:100, sillä veri inhiboi reaktiota voimakkaasti.
Testit tunnistivat samat karbapenemaasia tuottavat enterobakteerigeenivariantit eikä tuloksissa ollut eroavaisuuksia. Amplidiag® CarbaR+MCR -testi tunnisti kahdesta GES-kannasta toisen, mutta toista GES-kantaa testi ei tunnistanut. Näin ollen väärää negatiivista tulosta voidaan pitää mahdollisena. Jatkotutkimusaiheena voisi olla kasvattaa testimääriä, jotta voitaisiin poissulkea tai varmistaa väärien negatiivisten testitulosten mahdollisuus.