Optimization of siRNA transfection for breast and glioma cancer cell cultures

Abstract

RNA silencing technology and methods based thereupon are important in today’s medical biotechnology. Small interfering RNA (siRNA) high-throughput screening has a variety of possibilities in pharmaceutical development, for instance in finding the site of the effect for a certain drug, and confirming its effect and working mechanism. There are various commercial products available for the transfection of siRNA molecules into cell lines of interest. Transfection of primary and stem cells, on the other hand, has been found difficult and careful optimization of the methods and reagents used is always needed. The purpose of this thesis was to optimize the conditions of siRNA transfection for two cancer stem cell cultures and for three other cancer cell lines that have been found hard-to-transfect. Out of eight different commercially available transfection reagents, there were two possible candidates for use as common chemical transfection reagents, SiLentFect (Bio-Rad) and HiPerFect HTS (Qiagen). For transfection of two cancer stem cell cultures and for one hard-to-transfect cell line, Nucleofection technology was found an efficient method.

RNA-hiljentämiseen pohjautuvat menetelmät ovat tärkeitä työkaluja biolääketieteellisessä tutkimuksessa. siRNA-tehoseulontateknologialla on monia mahdollisuuksia lääkekehityksessä esimerkiksi lääkkeiden vaikutuskohteiden löytämisessä, varmistamisessa ja lääkkeiden vaikutusmekanismien tutkimuksessa. SiRNA-molekyylien transfektioon solulinjoihin on olemassa monia kaupallisia reagensseja. Etenkin primäärisolujen transfektio on usein kuitenkin vaikeaa ja vaatii yksittäisille solutyypeille optimoituja menetelmiä. Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli optimoida siRNA-transfektio-olosuhteet kahdelle valitulle rinta- ja aivosyöpäprimäärisolulinjalle sekä kolmelle muuten vaikeasti transfektoituvalle solulinjalle. Kahdeksasta kaupallisesta transfektioreagenssista kahden, SiLentFect (Bio-Rad) ja HiPerFect (Qiagen), todettiin toimivan toivotun mukaisesti ja näitä reagensseja voitaisiin käyttää yleisesti transfektioissa. Nukleofektointi todettiin toimivaksi transfektiometodiksi primäärisolulinjoille ja vaikeasti transfektoitavalle solulinjalle.