LIMS-järjestelmän asentaminen ja käynnistäminen Turun AMK:n bioalojen laboratoriossa

Abstract

Opinnäytetyön tavoitteena oli asentaa ja käynnistää laboratorion tiedonhallintajärjestelmä (LIMS) Turun ammattikorkeakoulun bioalojen laboratorioon, sekä ohjelmoida järjestelmään pipetinkalibrointiohjelma ja ottaa se opetuskäyttöön. Opinnäytetyö tehtiin pääasiassa Turun ammattikorkeakoululla Lemminkäisenkadun toimipisteessä ja siihen sisältyi koulutuksia Software Point Oy:llä.

Käytettäväksi LIMS-järjestelmäksi valittiin Software Point Oy:n tarjoama Sapphire LIMS. Järjestelmä asennettiin ja siihen ohjelmoitiin pipetinkalibrointiohjelma. Tämän jälkeen järjestelmään lisättiin kaikki laboratorion pipetit.

Seuraavaksi hankittiin sarjaporttipalvelin ja se asennettiin AMK:n verkkoon toimimaan tiedonvälittäjänä vaa'an ja LIMS-järjestelmän välillä. Pipettien kalibroinnissa tarvitaan vaakaa. Lopuksi testattiin ohjelman toimivuus ja tehtiin käyttöohje.

Ohjelman käyttö koulutettiin kaikille laboratoriotöiden opettajille, minkä jälkeen kalibrointiohjelmaa ja käyttöohjetta testattiin opiskelijaryhmällä. Ohjelmasta ja käyttöohjeesta kerättiin palautetta, jonka perusteella hiottiin käyttöohje lopulliseen muotoon. Ohjelma todettiin hyväksi ja se otettiin opetuskäyttöön laboratoriokursseilla.

Luodun järjestelmän avulla koko kalibrointiprosessi nopeutuu ja tämän lisäksi tulokset arkistoituvat automaattisesti LIMSiin. Ohjelmaa käyttäneiltä opiskelijaryhmiltä on saatu positiivista palautetta kalibrointien helpottumisen ja nopeutumisen johdosta.

Pipetinkalibrointiohjelman ohjelmointi ja vaa'an asentaminen kommunikoimaan LIMSin kanssa oli huomattavasti ennakoitua haastavampaa ja vaati odotettua enemmän konsultointia Software Pointilta. Järjestelmä on kuitenkin ollut toimiva ja saanut positiivista palautetta. Tämän johdosta järjestelmään on tulevaisuudessa tarkoitus lisätä resurssien puitteissa muitakin laboratoriolaitteita.

The objective of this thesis was to install and implement a Laboratory Information Management System (LIMS) in the biotechnology laboratory of Turku University of Applied Sciences and to program a pipette calibration program into the LIMS and implement it for educational use. The thesis project was primarily carried out at TUAS, Lemminkäisenkatu unit and it included training periods at Software Point Oy.

Sapphire LIMS, provided by Software Point, was selected as the LIMS. The system was installed and a pipette calibration program was programmed into it. The paper pipette register was transferred into the LIMS. Serial to Ethernet converter was purchased and installed to serve as a communicator between the balance, used to execute the pipette calibrations, and the LIMS. The pipette calibration program was tested and operating instructions were compiled.

The pipette calibration program and the instructions were tested by a student group and feedback was collected. The instructions were improved according to the feedback. Laboratory teachers were instructed in the use of the pipette calibration program. The program was found beneficial and introduced for use in the laboratory teaching.

The pipette calibration program shortens the over 30 minute pipette calibration procedure to less than 10 minutes. In addition the results of calibrations are automatically archived in the LIMS, thus replacing the need for a paper pipette register. Positive feedback has been received from the student groups that have been using the calibration program as it speeds up and facilitates the calibration procedure.

The programming of the pipette calibration program and the installation of the balance to communicate with the LIMS was more challenging and required more consultation by Software Point than estimated. Still, as the program has been functional and has received positive feedback, there are - within he limits of resources - future plans to connect other laboratory devices to the system.