EGFR-mutaatiokitin verifiointi

Abstract

Epidermaalinen kasvutekijäreseptori (EGFR) välittää solunulkoisia viestejä solun sisäosiin, osallistuen solujen kasvun ja lisääntymisen säätelyyn. Se esiintyy useissa solutyypeissä. Ei-pienisoluisessa keuhkosyövässä on havaittu useita EGFR-geenin virheitä, jotka kohdistuvat reseptorin tyrosiinikinaasidomeeniin. Geenivirheiden vaikutuksesta EGFR yliaktivoituu johtaen kasvusignaalien moninkertaistumiseen ja lopulta solun muuntumiseen syöpäsoluksi.

Geenitekninen kehitys on mahdollistanut syöpäkudokseen kohdistuvien täsmälääkkeiden valmistamisen. Mutaatiotestauksella voidaan määrittää keuhkosyöpäkudoksessa mahdollisesti esiintyvät EGFR:n geenivirheet. Tuloksen perusteella potilaalle voidaan määrätä täsmälääkityksenä ns. tyrosiinikinaasiestäjiä, jotka vaikuttavat elimistössä suoraan solujen virheellisen EGFR:n toimintaan ja hillitsevät sitä kautta pahanlaatuista kasvua.

Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli testata AmoyDx:n EGFR-mutaatiokitin soveltuvuutta käytössä olevan ja markkinoilta poistuvan kitin tilalle. Kitin testaus suoritettiin ajamalla mutaatiostatukseltaan tunnettuja näytteitä reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR:llä (qPCR). qPCR-ajojen tulokset analysoitiin ja niitä verrattiin aikaisempiin tuloksiin.

Työn keskeiset tulokset osoittivat, että AmoyDx:n kitti soveltuu EGFR-mutaatiotutkimuksiin. Yhteensä analysoitiin 24 potilasnäytettä (N=24), joista 23:sta saatiin aiempaa vastaava tulos. Yhden näytteen tulos jäi hieman uuden kitin ohjeistettujen raja-arvojen ulkopuolelle. Standardireaktioiden tulosten perusteella voitiin päätellä, että kaikki kitin mutaatioreagenssit toimivat hyvin. Kaiken kaikkiaan opinnäytetyön tavoitteet saavutettiin ja menetelmästä kirjoitettiin työohje.

Epidermal growth factor receptor (EGFR) mediates extracellular signals to internal parts of the cell, participating in regulation of the cell’s growth and proliferation. It is expressed in several cell types. Various EGFR gene mutations have been detected in non-small cell cancer. Mutations affect the tyrosine kinase domain of the receptor. This leads to overactive EGFR and multiplication of the growth signals. Ultimately, the cell converts itself to a cancer cell.

Development of genetic technologies has enabled manufacturing of targeted drugs. By mutation testing it is possible to determine existing EGFR mutations in lung cancer tissue. On the basis of the results patient can start a tyrosine kinase inhibitor medication. It affects, as a targeted drug directly to the function of the mutated EGFR in cells and inhibits malignant growth.

The purpose of this work was to verify the feasibility of the AmoyDx EGFR29 Mutations Detection kit in replacing currently used kit. Testing of the kit was done by running the known patient samples with real-time quantitative PCR (qPCR). Results of the qPCR were analyzed and compared to the earlier results.

The key results indicated that AmoyDx kit apply for the EGFR mutation studies. Total of 24 samples (N=24) was analyzed. 23 of them gave comparable results with the earlier studies. One sample was determined as negative based on the limits defined by the kit’s instruction manual. Results from standards suggested that all reagents included in the kit worked well. Altogether, the set goals for the thesis were achieved and a work instruction was written.