Fusarium-sienen määrittäminen vilja-aineistosta Q-PCR menetelmällä
Harhio, Säde (2013)
Harhio, Säde
Turun ammattikorkeakoulu
2013
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201303143333
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201303143333
Tiivistelmä
Fusarium on homesienisuku, johon kuuluvia lajeja esiintyy monilla kasvilajeilla, kuten viljoilla. Viljoille Fusarium-sienet aiheuttavat erilaisia tauteja ja osa lajeista tuottaa myös mykotoksiineja eli sienimyrkkyjä. Toksiinit ovat ihmisille haitallisia ja niille on tämän takia määritetty EU:ssa korkein sallittu pitoisuus. Yksi yleisimmistä Fusarium-sienten tuottamista mykotoksiineista on deoksinivalenoli (DON). Fusarium-sienet ovat enenevissä määrin ongelma osittain johtuen niille suotuisista ilmasto-olosuhteista etenkin sateisina kesinä.
Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli sisäänajaa ja testata menetelmä Fusarium-sienen määrittämiseen viljoissa Bio-Radin iCycler laitteella. Työ tehtiin Boreal Kasvinjalostus Oy:lle alustavaksi menetelmäksi olemassaolevien vilja-lajikkeiden Fusarium-kestävyyteen liittyvissä tutkimuksissa. Työssä käytettiin aikaisemmissa tutkimuksissa käytettyjä Fusarium graminearum ja Fusarium culmorum -lajispesifisiä alukkeita ja koettimia. Työssä hyödynnettiin hydrolyysiin perustuvaa TaqMan-koetinta. Tutkittavat jauhonäytteet olivat peräisin MTT:ltä, jossa niiden DON-pitoisuus mitattiin kemiallisesti. Näytteet valikoitiin niiden DON-pitoisuuden perusteella. Jokainen näyte sisälsi DON-toksiinia pitoisuuden ollessa välillä 28 - 2600 µg/kg.
Kokeissa mitattiin onnistuneesti Fusarium graminearum -lajin pitoisuuksia kaurassa, ohrassa ja vehnässä. Tarkoituksena oli myös tarkastella Fusarium-DNA-pitoisuuden ja DON-toksiinin korrelaatiota. Kokeissa havaittiin positiivinen korrelaatio DON-pitoisuuden ja Fusarium graminearum-DNA-pitoisuuden välillä. Menetelmää on mahdollista käyttää alustavissa Fusarium-kestävyyteen liittyvissä tutkimuksissa, mutta menetelmän ollessa verrattain hidas ja hintava on tarve tehokkaammalle menetelmälle.
Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli sisäänajaa ja testata menetelmä Fusarium-sienen määrittämiseen viljoissa Bio-Radin iCycler laitteella. Työ tehtiin Boreal Kasvinjalostus Oy:lle alustavaksi menetelmäksi olemassaolevien vilja-lajikkeiden Fusarium-kestävyyteen liittyvissä tutkimuksissa. Työssä käytettiin aikaisemmissa tutkimuksissa käytettyjä Fusarium graminearum ja Fusarium culmorum -lajispesifisiä alukkeita ja koettimia. Työssä hyödynnettiin hydrolyysiin perustuvaa TaqMan-koetinta. Tutkittavat jauhonäytteet olivat peräisin MTT:ltä, jossa niiden DON-pitoisuus mitattiin kemiallisesti. Näytteet valikoitiin niiden DON-pitoisuuden perusteella. Jokainen näyte sisälsi DON-toksiinia pitoisuuden ollessa välillä 28 - 2600 µg/kg.
Kokeissa mitattiin onnistuneesti Fusarium graminearum -lajin pitoisuuksia kaurassa, ohrassa ja vehnässä. Tarkoituksena oli myös tarkastella Fusarium-DNA-pitoisuuden ja DON-toksiinin korrelaatiota. Kokeissa havaittiin positiivinen korrelaatio DON-pitoisuuden ja Fusarium graminearum-DNA-pitoisuuden välillä. Menetelmää on mahdollista käyttää alustavissa Fusarium-kestävyyteen liittyvissä tutkimuksissa, mutta menetelmän ollessa verrattain hidas ja hintava on tarve tehokkaammalle menetelmälle.