Validering av det mikrobiella identifierings- och resistensbestämningssystemet Vitek® 2

Abstract

Syftet med detta examensarbete var att validera det mikrobiella identifierings- och resistensbestämningssystemet Vitek® 2 genom att jämföra dess identifiering och resistensbestämning med rutinmetoderna API 20 E™, lappdiffusionsmetod och E-test®. Identifieringen utfördes med kända bakteriestammar från kvalitetskontrollprover och med stammar av Klebsiella pneumoniae- och Klebsiella oxytoca från patientprov. För resistensbestämning användes Vitek® 2 -systemets resistensbestämningskort AST-P580 och AST-P629, med vilka stafylokocker från både kvalitetskontrollstammar och patientprov undersöktes. Syftet var också att jämföra de två resistensbestämningskorten med varandra för att undersöka om AST-P629 -kortet kan tas i bruk i stället för AST-P580 -kortet på Nordlabs laboratorium för klinisk mikrobiologi. Undersökningen utfördes på Nordlabs laboratorium för klinisk mikrobiologi vid Karleby centralsjukhus och genomfördes genom att använda kända bakteriestammar för kvalitetskontroll och tidigare tagna och sparade patientprov. Valideringen visar att Vitek® 2 identifierar 92 % av de undersökta kända kontrollstammarna korrekt. Vid identifiering av K. pneumoniae och K. oxytoca överensstämmer resultaten från Vitek® 2 och rutinmetoden API 20 E™ till 90 %. Resistensbestämningsresultatet från Vitek 2 och rutinmetoderna stämmer överens till 86,7 %. Vid jämförelse av resistens-bestämningskorten AST-P580 och AST-P629 överensstämmer resultaten i 90 % av fallen.

Opinnäytetyön tarkoituksena oli validoida mikrobiologisen Vitek® 2 -analysaattorin tunnistus- ja herkkyysmääritysjärjestelmä, vertaamalla sen määrityksiä käyttämällä rutiinimenetelmiä API 20 E™tä, kiekkomenetelmää ja E-test®iä. Tunnistukset suoritettiin tunnettujen bakteerikantojen laaduntarkkailunäytteistä sekä Klebsiella pneumoniae ja Klebsiella oxytoca -kantojen avulla potilasnäytteistä. Herkkyysmäärityksissä käytettiin Vitek® 2 -järjestelmän herkkyysmäärityskortteja AST-P580 ja AST-P629, joilla tutkittiin stafylokokit sekä laaduntarkkailukannoista että potilasnäytteistä. Tarkoituksena oli myös vertailla herkkyysmäärityskortteja keskenään, jotta nähtäisiin, voidaanko AST-P629-kortti ottaa käyttöön AST-P580-kortin tilalle Nordlabin kliinisen mikrobiologian laboratoriossa. Opinnäytetyö tehtiin Nordlabin kliinisen mikrobiologian laboratoriossa Kokkolan keskussairaalassa ja suoritettiin käyttämällä tunnettuja laaduntarkkailubakteerikantoja sekä aiemmin otettuja ja tallennettuja potilasnäytteitä. Validointi osoittaa että Vitek® 2 tunnistaa 92 % tutkituista tunnetuista kontrollikannoista oikein. K. pneumoniae- ja K. oxytoca -kantojen tunnistuksessa tuloksille saatiin 90 %:n yhdenmukaisuus Vitek® 2 -analysaattorin ja API 20 E™ rutiinimenetelmän välillä. Herkkyysmääritystulos Vitek® 2 -analysaattorin ja rutiinimenetelmien välillä täsmäävät 86,7 %:ia tapauksista. Verrattaessa herkkyysmäärityskortteja AST-P580 ja AST-P629 toisiinsa saadaan 90 %:n yhden-mukaisuus.

The purpose of this thesis was to validate the microbial identification and antimicrobial susceptibility testing system Vitek® 2 through comparison between its identification and antimicrobial susceptibility testing and the routine methods API 20 E™, disk diffusion method and E-test®. The identification was performed by using known bacterial strains from quality control specimens and strains of Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca from patient specimens. For antimicrobial susceptibility testing with Vitek® 2, the antimicrobial susceptibility testing cards AST-P580 and AST-P629 were used to analyze staphylococci from both quality control strains and patient specimens. Another aim was to compare the two antimicrobial susceptibility testing cards with each other to examine whether the AST-P629 card can replace the AST-P580 card at the Nordlab laboratory for clinical microbiology. The study was executed at the Nordlab laboratory for clinical microbiology at Kokkola Central Hospital and was carried out by using known bacterial strains used for quality control and earlier collected and stored patient specimens. The validation shows that Vitek® 2 identifies 92 % of the examined known control strains correctly. There is a concordance in the identification of K. pneumoniae and K. oxytoca strains in 90 % of the cases using Vitek® 2 and the routine method API 20 E™. The results of the antimicrobial susceptibility testing with Vitek® 2 and the routine methods is in concordance in 86,7 % of the cases. In the comparison between the two antimicrobial susceptibility testing cards AST-P580 and AST-P629, the concordance is 90 %.