Isolation and identification of rainbow trout spoiling microbiota
Virta, Susanna (2009)
Virta, Susanna
Turun ammattikorkeakoulu
2009
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201001201416
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201001201416
Tiivistelmä
Kalat ovat helposti pilaantuvia. Kaloja pakataan vakuumiin ja suojakaasupakkauksiin säilyvyyden lisäämiseksi. Suojakaasuun ja vakuumiin pakkaaminen sekä kylmäsäilytys estävät mesofiilisten ja aerobisten bakteerien kasvua, jotka tavallisesti vallitsevat kirjolohen elimistössä. Kuitenkin psykrofiiliset ja anaerobiset bakteerit voivat lisääntyä vakuumipakkauksissa. Vakuumipakkauksissa myös patogeeniset bakteerit voivat lisääntyä, koska bakteerien välistä kilpailua on vähemmän. Tämän opinnäytetyön tavoitteena oli selvittää vakuumipakatun pilaantuneen kirjolohen mikrobifloora. Työ on osa Turun yliopiston Funktionaalisten elintarvikkeiden kehittämiskeskuksen tutkimusta, jonka tarkoituksena on lisätä vakuumipakatun kirjolohen säilyvyyttä kaupallisilla maitohappobakteereilla.
Työn tarkoituksena oli eristää pilaantuneen kirjolohen sisältämät bakteerit ja tunnistaa ne sekvenoimalla. Työ suoritettiin Funktionaalisten elintarvikkeiden kehittämiskeskuksen tiloissa. Kirjolohet haettiin Jokisen Eväät Oy:stä ja niitä säilytettiin jääkaapissa (4 °C). Kirjolohinäytteet otettiin kaloista viimeisenä käyttöpäivänä sekä 3 ja 6 päivää viimeisen käyttöpäivän jälkeen. Kirjolohisuspensionäytteet levitettiin 11 erilaiseen kasvatusmaljaan pintalevitysmenetelmällä. Kasvaneita pesäkkeitä eristettiin 10 kappaletta kultakin maljalta. PCR suoritettiin eristettyihin pesäkkeisiin DNA:n lisäämiseksi. DNA-määrät mitattiin geelielektroforeesilla. Varsinainen sekvenointi puhdistetuista DNA-näytteistä suoritettiin Biotekniikan keskuksessa.
Suurin osa sekvensseistä täsmäsi vain alle 95 % bakteerien tietopankin sekvensseihin. Tuloksista voidaan kuitenkin päätellä, että Brochothrix thermosphacta, maitohappobakteerit ja Enterobacteriaceae dominoivat pilaantuneen kirjolohen bakteerikantaa. Yhtään Listeria monocytogenes -bakteeria ei näytteistä sekvenoitu. Yksi Bacillus -suvun bakteeri kuitenkin löydettiin. Bacillus cereus aiheuttaa ruokamyrkytyksiä.
Työn tarkoituksena oli eristää pilaantuneen kirjolohen sisältämät bakteerit ja tunnistaa ne sekvenoimalla. Työ suoritettiin Funktionaalisten elintarvikkeiden kehittämiskeskuksen tiloissa. Kirjolohet haettiin Jokisen Eväät Oy:stä ja niitä säilytettiin jääkaapissa (4 °C). Kirjolohinäytteet otettiin kaloista viimeisenä käyttöpäivänä sekä 3 ja 6 päivää viimeisen käyttöpäivän jälkeen. Kirjolohisuspensionäytteet levitettiin 11 erilaiseen kasvatusmaljaan pintalevitysmenetelmällä. Kasvaneita pesäkkeitä eristettiin 10 kappaletta kultakin maljalta. PCR suoritettiin eristettyihin pesäkkeisiin DNA:n lisäämiseksi. DNA-määrät mitattiin geelielektroforeesilla. Varsinainen sekvenointi puhdistetuista DNA-näytteistä suoritettiin Biotekniikan keskuksessa.
Suurin osa sekvensseistä täsmäsi vain alle 95 % bakteerien tietopankin sekvensseihin. Tuloksista voidaan kuitenkin päätellä, että Brochothrix thermosphacta, maitohappobakteerit ja Enterobacteriaceae dominoivat pilaantuneen kirjolohen bakteerikantaa. Yhtään Listeria monocytogenes -bakteeria ei näytteistä sekvenoitu. Yksi Bacillus -suvun bakteeri kuitenkin löydettiin. Bacillus cereus aiheuttaa ruokamyrkytyksiä.