Vankomysiiniresistenttien enterokokkien vanA/B-geenien tunnistusmäärityksen verifiointi GeneXpert® -analysaattorilla
Kokkonen, Susanne; Latvamäki, Meri (2021)
Kokkonen, Susanne
Latvamäki, Meri
2021
All rights reserved. This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-202204286415
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-202204286415
Tiivistelmä
Enterokokit ovat ihmisen suoliston normaaliin mikrobistoon kuuluvia bakteereja. Opportunistipatogeeneina ne voivat aiheuttaa erilaisia infektioita elimistön vastustuskyvyn alennuttua. Ne ovat moniresistenttejä ja usein ainoa antibiootti niiden aiheuttamien infektioiden hoitoon on vankomysiini. Jos myös vankomysiiniä kohtaan on kehittynyt vastustuskyky, on kyseessä VRE, eli vankomysiiniresistentti enterokokkikanta. VRE:n tärkeimpiä aiheuttajia ovat resistenssityypit VanA ja VanB.
Opinnäytetyön tarkoituksena oli verifioida vanA- ja vanB -geenien tunnistamiseen käytettävä Xpert vanA/vanB -molekyylitesti Cepheidin GeneXpert® -analysaattorille. Tutkimusmenetelmän verifioinnilla varmistetaan laboratorion kyky täyttää uuden menetelmän suorituskykyvaatimukset ja tuottaa sitä käyttäen luotettavia ja toistettavia, sekä vertailukelpoisia tuloksia verrattuna vakiomenetelmällä saataviin tuloksiin. Menetelmän verifiointi on suoritettava hyväksytysti ennen kuin se voidaan ottaa käyttöön rutiinidiagnostiikassa. Opinnäytetyössä verifiointi rajattiin tutkimaan menetelmän herkkyys, tarkkuus ja toistettavuus.
Opinnäytetyö toteutettiin yhteistyössä toimeksiantajan, Seinäjoen keskussairaalan kliinisen kemian ja mikrobiologian toimintayksikön kanssa, kliinisen mikrobiologian laboratoriossa. 38 näytteestä tehtiin rinnakkaismäärityksinä herkkyysmääritykset ja PCR-testaus GeneXpert® -analysaattorilla, jolla määritettiin myös menetelmän toistettavuus. Tulokset analysoitiin kvantitatiivisesti ja menetelmien tuloksia verrattiin keskenään, sekä GeneXpert®:in tuloksia myös referenssilaboratorion ilmoittamiin tietoihin. Toistettavuusajojen tuloksista laskettiin keskihajonta ja CV%.
Xpert vanA/vanB -molekyylitesti soveltuu VRE:n tunnistamiseen rutiinidiagnostiikassa herkkyyden, tarkkuuden, sekä toistettavuuden puolesta. Menetelmällä saatavat tulokset vastaavat rinnakkaistuloksia ja toistettavuuden vaihtelu on suhteellisen pientä. Menetelmän käyttöönoton myötä Seinäjoen keskussairaala pystyy nopeuttamaan VRE-infektioiden diagnosointia ja oikean lääkityksen aloittamista potilaille.
Opinnäytetyön tarkoituksena oli verifioida vanA- ja vanB -geenien tunnistamiseen käytettävä Xpert vanA/vanB -molekyylitesti Cepheidin GeneXpert® -analysaattorille. Tutkimusmenetelmän verifioinnilla varmistetaan laboratorion kyky täyttää uuden menetelmän suorituskykyvaatimukset ja tuottaa sitä käyttäen luotettavia ja toistettavia, sekä vertailukelpoisia tuloksia verrattuna vakiomenetelmällä saataviin tuloksiin. Menetelmän verifiointi on suoritettava hyväksytysti ennen kuin se voidaan ottaa käyttöön rutiinidiagnostiikassa. Opinnäytetyössä verifiointi rajattiin tutkimaan menetelmän herkkyys, tarkkuus ja toistettavuus.
Opinnäytetyö toteutettiin yhteistyössä toimeksiantajan, Seinäjoen keskussairaalan kliinisen kemian ja mikrobiologian toimintayksikön kanssa, kliinisen mikrobiologian laboratoriossa. 38 näytteestä tehtiin rinnakkaismäärityksinä herkkyysmääritykset ja PCR-testaus GeneXpert® -analysaattorilla, jolla määritettiin myös menetelmän toistettavuus. Tulokset analysoitiin kvantitatiivisesti ja menetelmien tuloksia verrattiin keskenään, sekä GeneXpert®:in tuloksia myös referenssilaboratorion ilmoittamiin tietoihin. Toistettavuusajojen tuloksista laskettiin keskihajonta ja CV%.
Xpert vanA/vanB -molekyylitesti soveltuu VRE:n tunnistamiseen rutiinidiagnostiikassa herkkyyden, tarkkuuden, sekä toistettavuuden puolesta. Menetelmällä saatavat tulokset vastaavat rinnakkaistuloksia ja toistettavuuden vaihtelu on suhteellisen pientä. Menetelmän käyttöönoton myötä Seinäjoen keskussairaala pystyy nopeuttamaan VRE-infektioiden diagnosointia ja oikean lääkityksen aloittamista potilaille.