Dermatofyytti-PCR-menetelmän verifiointi

Abstract

Dermatofyytit aiheuttavat valtaosan ihon, hiusten ja kynsien sieni-infektioista. Sieniviljely on tutkimuksena tarkka, mutta aikaa vievä ja siihen liittyy korkea väärän negatiivisen vastauksen riski. Pintasieninäytteiden nukleiinihappotutkimuksella pystytään osoittamaan sienten nukleiinihappoa suoraan näytteestä sieniviljelyä nopeammin ja herkemmin. Tässä opinnäytetyössä pintasienien PCR-tutkimus suoritettiin Seegenen NovaplexTM Dermatophyte Assay -menetelmällä.

Opinnäytetyön tarkoituksena on verifioida dermatofyytti-PCR-tutkimus mikrobiologian laboratorion käyttöön. PCR-tutkimusta verrataan nyt käytössä olevaan viljelyyn ja suoraan värjäykseen perustuvaan menetelmään. Opinnäytetyössä selvitetään myös, kuinka PCR-tutkimuksen käyttö vaikuttaa vastausviiveeseen pintasieninäytteiden diagnostiikassa. Käytetty tutkimusmenetelmä on kvantitatiivinen ja tulosten analysointi tapahtui IBM SPSS Statistics Data Editor -ohjelmaa käyttäen.

Tässä tutkimuksessa näytteistä 86,1% (n=68) oli värjäyspositiivisia, viljelypositiivisia oli 65,8% (n=52) ja PCR-tutkimuksessa positiivisia näytteitä oli 79,7% (n=63). Kun dermatofyytti-PCR-tutkimusta verrattiin sieniviljelyyn, oli PCR-tutkimuksen herkkyys 84,6% ja tarkkuus 29,6%. PCR-tutkimuksen herkkyys oli 84,7% ja tarkkuus 71,4%, kun vertailu tehtiin sekä sieniviljelyyn että -värjäykseen. PCR-tulos saatiin tässä tutkimuksessa keskimäärin 10,0 vuorokaudessa, kun viljelytuloksen osalta vastaus saatiin 23,2 vuorokaudessa. Ero PCR-tutkimukseen ja viljelyyn kuluneessa ajassa on tilastollisesti erittäin merkitsevä (p= <,001).

Dermatofyytti-PCR parantaa saatujen tulosten perusteella pintasieninäytteiden diagnostiikkaa, koska tutkimus on viljelyyn verrattuna herkempi, tarkempi ja nopeampi. Tämän tutkimuksen perusteella dermatofyytti-PCR-tutkimus soveltuu pintasienidiagnostiikkaan Fimlab mikrobiologian sienilaboratoriossa. Jatkotutkimusaiheena voisi selvittää asiakaskokemuksia PCR-menetelmän tuomista hyödyistä pintasienidiagnostiikassa ja mahdollistaako uusi menetelmä esimerkiksi suurempien näytemäärien käsittelyn viljelymenetelmään verrattuna.

Dermatophytes cause infections of the skin, hair and nail. Fungal culture is a specific technique but time consuming and there is a risk of false negative result. Polymerase chain reaction techniques provide a faster and more sensitive diagnostic approach. The purpose of this thesis was to verify Seegene Novaplex TM Dermatophyte Assay. PCR approach was compared to the fungal culture and microscopy. The purpose of this study was also to clarify how PCR method affects to the response delay. The quantitative data were analyzed using IBM SPSS Statistics Data Editor.

In this study 86,1% (n=68) of the samples were positive by microscopy, 65,8% (n=52) by culture and 79,7% (n=63) by PCR. Sensitivity of the PCR was 84,6% and specificity 29,6% when the method was compared to the culture. When the comparison was made with culture and microscopy the sensitivity was 84,7% and the specificity 71,4%. In this study the results from PCR were ready on average in 10,0 per day and by culture in 23,2 per day. The difference in time used between PCR and culture was statistically very significant (p= <,001).

The findings indicate that PCR method of the dermatophytes is more sensitive, specific and faster than fungal culture. The PCR method suits well in diagnosis of the dermatophytes in Fimlab Laboratoriot Oy. Further research is required to clarify the customer experience of the PCR method, and also, to clarify how the new method affects the work flow in laboratory.