Veriviljelynäytteiden analysointi MALDI-TOF-menetelmällä : Bakteerien tunnistus lyhennetyillä kasvatusajoilla
Raitio, Heidi; Mikkonen, Pia (2014)
Raitio, Heidi
Mikkonen, Pia
Tampereen ammattikorkeakoulu
2014
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2014111715827
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2014111715827
Tiivistelmä
MALDI-TOF on menetelmä, jolla voidaan luokitella mikro-organismeja taksonomisesti niiden proteiiniprofiilin mukaan. Opinnäytetyön tavoite oli testata MALDI-TOF-menetelmään perustuvaa VITEK® MS-laitteen soveltuvuutta veriviljelylöydösten tunnistamiseen lyhyillä inkubaatioajoilla. Tavoitteena oli tuottaa tietoa MALDI-TOF-menetelmästä ja sen hyödyntämisestä veriviljelytutkimuksessa. Perimmäinen tavoite oli nopeuttaa veriviljelydiagnostiikkaa. Opinnäytetyön käytännön osuus toteutettiin Fimlab Laboratoriot Oy:n mikrobiologian laboratoriossa.
Tarkoitus oli testata MALDI-TOF- menetelmän kykyä tunnistaa aerobibakteereja entistä lyhyemmillä kasvatusajoilla. Testauksesta rajattiin pois muut mikrobit, kuten hiivat. Normaalisti näytteitä inkuboidaan 18-24 tuntia ennen MALDI-TOF-analyysiä. Testauksessa inkubaatioaikaa lyhennettiin kahteen, neljään ja kuuteen tuntiin. Inkubaatioajan lyhentämisen vaikutusta testattiin menetelmän toimintaan. Tutkimuskysymyksessä pyrittiin selvittämään, voidaanko kasvavien veriviljelyiden bakteerit tunnistaa luotettavasti suositusaikaa lyhyemmillä kasvatusajoilla. Opinnäytetyö on kvantitatiivinen ja kokeellinen. Testauksessa analysoitiin 100 positiivista veriviljelynäytettä, jotka oli kerätty etukäteen testausta varten.
Suurin osa näytteistä oli 1-3 viikkoa vanhoja, mistä johtuen kovin hyviä tunnistustuloksia ei saatu valittujen aikapisteiden kohdalla. Selkeä ero oli kuitenkin tuoreiden ja vanhojen näytteiden välillä. Tuorenäytteitä oli testauksessa vähän, mutta ne saatiin tunnistettua paremmin kuin vanhat näytteet. Johtopäätöksenä todettiin, että kasvatusajan lyhentämisen vaikutusta menetelmän toimivuuteen ei voi testata vanhoilla näytteillä. Vanhoissa näytteissä bakteerit olivat huonossa kasvuvaiheessa tai alkaneet jo kuolla. Tulosten perusteella voidaan kuitenkin arvella, että lyhyempää inkubaatioaikaa voitaisiin käyttää nopeasti kasvaville bakteerilajeille. Jatkotutkimuksena ehdotettiin testauksen toistamista tuoreilla veriviljelynäytteillä.
Tarkoitus oli testata MALDI-TOF- menetelmän kykyä tunnistaa aerobibakteereja entistä lyhyemmillä kasvatusajoilla. Testauksesta rajattiin pois muut mikrobit, kuten hiivat. Normaalisti näytteitä inkuboidaan 18-24 tuntia ennen MALDI-TOF-analyysiä. Testauksessa inkubaatioaikaa lyhennettiin kahteen, neljään ja kuuteen tuntiin. Inkubaatioajan lyhentämisen vaikutusta testattiin menetelmän toimintaan. Tutkimuskysymyksessä pyrittiin selvittämään, voidaanko kasvavien veriviljelyiden bakteerit tunnistaa luotettavasti suositusaikaa lyhyemmillä kasvatusajoilla. Opinnäytetyö on kvantitatiivinen ja kokeellinen. Testauksessa analysoitiin 100 positiivista veriviljelynäytettä, jotka oli kerätty etukäteen testausta varten.
Suurin osa näytteistä oli 1-3 viikkoa vanhoja, mistä johtuen kovin hyviä tunnistustuloksia ei saatu valittujen aikapisteiden kohdalla. Selkeä ero oli kuitenkin tuoreiden ja vanhojen näytteiden välillä. Tuorenäytteitä oli testauksessa vähän, mutta ne saatiin tunnistettua paremmin kuin vanhat näytteet. Johtopäätöksenä todettiin, että kasvatusajan lyhentämisen vaikutusta menetelmän toimivuuteen ei voi testata vanhoilla näytteillä. Vanhoissa näytteissä bakteerit olivat huonossa kasvuvaiheessa tai alkaneet jo kuolla. Tulosten perusteella voidaan kuitenkin arvella, että lyhyempää inkubaatioaikaa voitaisiin käyttää nopeasti kasvaville bakteerilajeille. Jatkotutkimuksena ehdotettiin testauksen toistamista tuoreilla veriviljelynäytteillä.