Mikrobinäytetestipakkauksen kehitysprosessi Bioname Oy:lle
Helling, Annika; Korpela, Kaisa (2024)
2024
All rights reserved. This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2024102526829
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2024102526829
Tiivistelmä
Opinnäytetyö tehtiin toimeksiantona Bioname Oy:lle. Tavoitteena oli löytää parhaiten ihon mikrobiston pyyhkäisynäytteenottoon soveltuva näytteenottotikku sekä menetelmä, jolla mitata DNA-konsentraatio.
Työ toteutettiin vertailemalla kahta erilaista näytteenottotikkua ja kahta eri mittausmenetelmää keskenään. Vertailtavina tikkuina olivat Isohelix DNA Buccal Swab -tikut ja Premium Topz -tikut. Tutkittavat näytteet otettiin toistettavasti kaikilla tikuilla. Näytteistä eristettiin DNA, jonka jälkeen konsentraatiot mitattiin käyttämällä Qubit-fluorometriä ja spektrofotometrisellä menetelmällä toimivaa NanoDropia. Tuloksia havainnollistamaan tehtiin vielä PCR ja elektroforeesiajo.
Mittausmenetelmien osalta tutkimuksen tulokset tukivat laitteiden valmistajan kertomaa niiden ominaisuuksista ja eroista. Qubit erottaa DNA:n mahdollisista kontaminanteista NanoDropia tehokkaammin, mutta NanoDrop mittasi suuremmat DNA-konsentraatiot. Näytteenottotikkujen osalta Qubitin tuloksia vertaillessa ero DNA-saannissa ei ollut merkittävä. NanoDropin tuloksissa Isohelix DNA Buccal Swab- tikkujen DNA-saanti oli selvästi Premium Topz -tikkuja suurempi.
Saatuja tuloksia haittasi ennen PCR-vaihetta tapahtunut kontaminaatio, joka näkyi eristysvaiheen negatiivisen kontrollin tuloksissa. Kontaminaation todennäköisimmäksi syyksi osoittautui negatiivisena kontrollina toimineen Premium Topz -tikun puutteellinen sterilointi.
Työ toteutettiin vertailemalla kahta erilaista näytteenottotikkua ja kahta eri mittausmenetelmää keskenään. Vertailtavina tikkuina olivat Isohelix DNA Buccal Swab -tikut ja Premium Topz -tikut. Tutkittavat näytteet otettiin toistettavasti kaikilla tikuilla. Näytteistä eristettiin DNA, jonka jälkeen konsentraatiot mitattiin käyttämällä Qubit-fluorometriä ja spektrofotometrisellä menetelmällä toimivaa NanoDropia. Tuloksia havainnollistamaan tehtiin vielä PCR ja elektroforeesiajo.
Mittausmenetelmien osalta tutkimuksen tulokset tukivat laitteiden valmistajan kertomaa niiden ominaisuuksista ja eroista. Qubit erottaa DNA:n mahdollisista kontaminanteista NanoDropia tehokkaammin, mutta NanoDrop mittasi suuremmat DNA-konsentraatiot. Näytteenottotikkujen osalta Qubitin tuloksia vertaillessa ero DNA-saannissa ei ollut merkittävä. NanoDropin tuloksissa Isohelix DNA Buccal Swab- tikkujen DNA-saanti oli selvästi Premium Topz -tikkuja suurempi.
Saatuja tuloksia haittasi ennen PCR-vaihetta tapahtunut kontaminaatio, joka näkyi eristysvaiheen negatiivisen kontrollin tuloksissa. Kontaminaation todennäköisimmäksi syyksi osoittautui negatiivisena kontrollina toimineen Premium Topz -tikun puutteellinen sterilointi.