PCR- ja viljelymenetelmä ulosteen salmonellabakteerin diagnostiikassa : Kirjallisuuskatsaus

Abstract

PCR-menetelmä on laajalle levinnyt menetelmä ulosteen bakteeriperäisten infektioiden diagnostiikassa. Se korvaa aiempia ulosteen viljelytutkimuksia tietyissä laboratorioissa. Opinnäytetyön tarkoituksena oli selvittää PCR- ja viljelymenetelmän hyötyjä ja mahdollisia haittoja ulosteen salmonellabakteerin diagnostiikassa sekä verrata näitä kahta menetelmää keskenään. Opinnäytetyön tavoitteena oli kehittää tietoisuutta ulosteen bakteerien, erityisesti salmonellan, uusista diagnostiikkatavoista ja selvittää PCR-testauksen yleisyyttä kansainvälisesti.

Opinnäytetyön menetelmänä käytettiin kuvailevaa kirjallisuuskatsausta. Aineiston hakuun käytettiin Biological Science Data base-, Medline EBSCO-, PubMed- sekä Science Direct- tietokantoja. Hakusanoilla löytyi yhteensä 367 tulosta, joista 10 vastasi koko tekstin perusteella tutkimuskysymyksiin ja valikoitui aineistoksi.

PCR-menetelmän tärkeimpiä hyötyjä olivat sen nopeus ja kustannustehokkuus. Siinä on nopea läpimenoaika sekä herkkyys verrattuna viljelyyn. Viljely on salmonellabakteerin diagnostiikassa standarditesti. Sen spesifisyys on 100 %, jos patogeeniä ei ole. Suurimmaksi haitaksi viljelyssä koitui sen hitaus. Tuloksen saamiseen tarvitaan vähintään 24 tuntia.

Johtopäätöksenä voidaan todeta, että PCR-testaus on toimiva osa salmonella-bakteerin diagnostiikkaa, mutta sitä olisi hyvä käyttää yhdessä viljelyn kanssa. PCR:llä saadut positiiviset tulokset tulisi varmistaa jatkoviljelyllä.

The PCR method is a widespread method for diagnosing bacterial infections of faeces. It replaces previous stool culture studies in certain laboratories. The purpose of the thesis was to investigate the benefits and possible disadvantages of the PCR and culture method in the diagnosis of faecal salmonella bacteria and to compare these two methods with each other. The aim of the thesis was to develop awareness of new diagnostic methods for faecal bacteria, especially salmonella, and to investigate the prevalence of PCR testing internationally.

The method used in the thesis was a descriptive literature review. The Biological Science Data Base, Medline EBSCO, PubMed and Science Direct databases were used to search for the data. A total of 367 results were found with the search terms, of which 10 answered the research questions based on the entire text and were selected as material.

The main benefits of the PCR method were its speed and cost-effectiveness. It has a fast turnaround time and sensitivity compared to cultivation. Culture is a standard test in the diagnostics of salmonella bacteria. Its specificity is 100 % if is no pathogen. The main disadvantage in cultivation was its slowness. At least 24 hours are required to get the result.

In conclusion, it can be stated that PCR testing is a functional part of the diagnostics of salmonella bacteria, but it should be used in combination with culture. Positive results obtained by PCR should be confirmed by further cultivation.