Hyppää sisältöön
    • Suomeksi
    • På svenska
    • In English
  • Suomi
  • Svenska
  • English
  • Kirjaudu
Hakuohjeet
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.
Näytä viite 
  •   Ammattikorkeakoulut
  • Turun ammattikorkeakoulu
  • Opinnäytetyöt (Avoin kokoelma)
  • Näytä viite
  •   Ammattikorkeakoulut
  • Turun ammattikorkeakoulu
  • Opinnäytetyöt (Avoin kokoelma)
  • Näytä viite

Enterovirusten tyypitys RT-qPCR-menetelmällä

Jaakkola, Mikael (2015)

Avaa tiedosto
Jaakkola_Mikael.pdf (734.1Kt)
Lataukset: 


Jaakkola, Mikael
Turun ammattikorkeakoulu
2015
All rights reserved
Näytä kaikki kuvailutiedot
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201505188636
Tiivistelmä
Työn tarkoituksena oli optimoida toimiva ja herkkä RT-qPCR-menetelmä enterovirusten tyypittämiseksi monistamalla enterovirusgenomin VP1-aluetta. Optimoinnissa käytettiin näytteinä plasmidiin kloonattuja virusgenomeja ja virus-RNA:ta, jotka oli eristetty tunnetuista virustyypeistä.
Tutkimuksessa testattiin eri valmistajien kaupallisia qPCR-reaktiosarjoja, joiden herkkyyttä ja toimivuutta testattiin sekä perinteisellä PCR- että qPCR-laitteella. RT-qPCR-menetelmään siirryttäessä testattiin myös eri valmistajien RT-entsyymien herkkyyttä. Reaktiosarjojen herkkyys määritettiin Cp-arvojen perusteella ja tarkistamalla tuotteet agaroosigeelielektroforeesilla (AGE). Kehitettyä optimaalista RT-qPCR-menetelmää verrattiin erittäin herkkään diagnostiseen ENRI-menetelmään. Optimoidun menetelmän toimivuus testattiin tuntemattomia enterovirus-RNA-näytteitä käyttäen.
Tutkimuksessa havaittiin merkittäviä eroja eri valmistajien qPCR-reaktiosarjojen välillä ja löydettiin selkeästi parhaiten toimiva reaktiosarja, joka tuotti 100 kopion herkkyyden, kun näytteenä käytettiin virus-plasmidia.. Tuntemattomista näytteistä tällä menetelmällä monistettiin VP1-alue 9/19 (47 %) tuntemattomasta enterovirusnäytteestä.
 
Kokoelmat
  • Opinnäytetyöt (Avoin kokoelma)
Ammattikorkeakoulujen opinnäytetyöt ja julkaisut
Yhteydenotto | Tietoa käyttöoikeuksista | Tietosuojailmoitus | Saavutettavuusseloste
 

Selaa kokoelmaa

NimekkeetTekijätJulkaisuajatKoulutusalatAsiasanatUusimmatKokoelmat

Henkilökunnalle

Ammattikorkeakoulujen opinnäytetyöt ja julkaisut
Yhteydenotto | Tietoa käyttöoikeuksista | Tietosuojailmoitus | Saavutettavuusseloste