Bakteriofagi R1-RT:n reseptorin tunnistaminen Yersinia enterocolitica O:3:sta
Itkonen, Sofia (2015)
Itkonen, Sofia
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2015
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2015112618039
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2015112618039
Tiivistelmä
Työn tavoitteena oli selvittää, mitä rakennetta bakteriofagi R1-RT käyttää tarttuessaan bakteeri-isäntäänsä, Yersinia enterocolitica O:3:een.
Käytännössä tutkimuksn kohteena olivat CatMu-transposonikirjastosta eristetyt faagille R1-RT resistentit mutantit, joiden CatMu-insertiokohdan tunnistamiseen käytettiin satunnaista PCR:ää. Toinen käytetyistä alukkeista oli CatMu:lle spesifinen ja toinen sattumanvarainen. Monistuneet PCR-fragmentit puhdistettiin ja sekvensoitiin. Bioinformatiikan työkaluja käyttäen paikallistettiin löydetyt sekvenssit, eli insertiokohdat.
Yleisin ja täten luotettavin hakutulos oli geeni Y11_04441, joka koodaa ulkomembraanin proteiinia OmpF. OmpF on lähes identtinen niissä kannoissa, joita faagi R1-RT infektoi, ja erilainen niissä, joita ei infektoi. Tämä tukee ajatusta tuloksen oikeellisuudesta. Lisäksi faagi R1-RT infektoi nimenomaan huoneenlämmössä, mistä johtuu sen nimikin. Tämänkin osalta OmpF on oikeantyyppinen osuma, sillä sitä Y. enterocolitica ei juurikaan tuota huoneenlämpöä korkeammissa lämpötiloissa, eikä faagi voi infektoida bakteeria ilman oikean reseptorin löytämistä.
Työssä siis saavutettiin sille asetettu tavoite. Tällä tuloksella edistettiin Yersinia-tutkimusryhmän yleisluontoisia tavoitteita mallintaa bakteerien taudinaiheuttamiskykyä, eli patogeenisyyttä yersinia-bakteerien avulla, ja myös ryhmän uutta tavoitetta mallintaa bakteriofagien toimintaa siinä määrin, että niitä voidaan turvallisesti alkaa käyttää antibioottien korvikkeena bakteerisairauksien torjunnassa.
Käytännössä tutkimuksn kohteena olivat CatMu-transposonikirjastosta eristetyt faagille R1-RT resistentit mutantit, joiden CatMu-insertiokohdan tunnistamiseen käytettiin satunnaista PCR:ää. Toinen käytetyistä alukkeista oli CatMu:lle spesifinen ja toinen sattumanvarainen. Monistuneet PCR-fragmentit puhdistettiin ja sekvensoitiin. Bioinformatiikan työkaluja käyttäen paikallistettiin löydetyt sekvenssit, eli insertiokohdat.
Yleisin ja täten luotettavin hakutulos oli geeni Y11_04441, joka koodaa ulkomembraanin proteiinia OmpF. OmpF on lähes identtinen niissä kannoissa, joita faagi R1-RT infektoi, ja erilainen niissä, joita ei infektoi. Tämä tukee ajatusta tuloksen oikeellisuudesta. Lisäksi faagi R1-RT infektoi nimenomaan huoneenlämmössä, mistä johtuu sen nimikin. Tämänkin osalta OmpF on oikeantyyppinen osuma, sillä sitä Y. enterocolitica ei juurikaan tuota huoneenlämpöä korkeammissa lämpötiloissa, eikä faagi voi infektoida bakteeria ilman oikean reseptorin löytämistä.
Työssä siis saavutettiin sille asetettu tavoite. Tällä tuloksella edistettiin Yersinia-tutkimusryhmän yleisluontoisia tavoitteita mallintaa bakteerien taudinaiheuttamiskykyä, eli patogeenisyyttä yersinia-bakteerien avulla, ja myös ryhmän uutta tavoitetta mallintaa bakteriofagien toimintaa siinä määrin, että niitä voidaan turvallisesti alkaa käyttää antibioottien korvikkeena bakteerisairauksien torjunnassa.