MALDI-TOF MS -menetelmän soveltuvuus Brachyspira-diagnostiikkaan ja Brachyspira-PCR-testien käyttöönoton validointi
Mähönen, Marianna (2015)
Mähönen, Marianna
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2015
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2015120118767
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2015120118767
Tiivistelmä
Opinnäytetyöhön liittyvä Brachyspira hyodysenteriae -bakteeri aiheuttaa sioille sikadysenteriaa, joka on tärkeä sikojen sairaus. Muista Brachyspira-lajeista myös B. pilosicoli ja mahdollisesti myös eräät B. intermedia -kannat voivat aiheuttaa sioilla eriasteisia suolistotulehduksia. Kaikkia näitä kolmea Brachyspira-lajia diagnosoidaan eintarviketurvallisuusvirasto Eviran eläintautibakteriologian tutkimusyksikössä.
Opinnäytetyö tehtiin Elintarviketurvallisuusvirasto Eviran eläintautibakteriologian tutkimusyksikön Helsingin laboratoriojaostossa. Työssä selvitettiin MALDI-TOF MS (Matriisiavusteinen laserdesorptio/ionisaatio-lentoaika-massaspektrometria) -menetelmän soveltuvuutta osaksi Eviran Brachyspira-diagnostiikkaa. Työ tehtiin käyttäen kaikkia kolmea Brachyspira-diagnostiikassa tutkittavaa Brachyspira-lajia. Käytettävät kannat oli varmistettu PCR (polymeraasiketjureaktio) -testeillä. Lisäksi validoitiin Brachyspira-menetelmään liittyvien PCR-testien pystyttäminen Eviran Helsingin eläintautibakteriologian laboratorioon. Validointi tapahtui vertaamalla Helsingissä tehtyjen Brachyspira-PCR-testien tuloksia Seinäjoella saatuihin tuloksiin.
Käytössä olevaan Brachyspira-menetelmään liittyvien PCR-testien pystyttäminen onnistui erinomaisesti, sillä Helsingin laboratoriojaostossa saadut tulokset olivat kaikki yhteneviä Seinäjoen laboratoriojaoston tulosten kanssa. Työssä kävi ilmi, että MALDI-TOF MS -menetelmää ei voida vielä käyttää Brachyspira-diagnostiikan osana, sillä saadut Brachyspira-bakteerien lajitunnistukset eivät olleet riittävän luotettavia. B. pilosicoli tunnistui tutkittavista Brachyspira-lajeista parhaiten. B. intermedia -kannat sekoittuvat muiden Brachyspira-lajien kanssa, eikä luotettavaa tunnistustulosta saatu. Tulevaisuudessa MALDI-TOF MS -menetelmän soveltumista Brachyspira-lajien tunnistamiseen voidaan mahdollisesti parantaa lisäämällä laitteen kirjastoon löydettyjä uusia Brachyspira-lajeja ja potilasnäytteistä eristettyjä paikallisia Brachyspira-kantoja.
Opinnäytetyö tehtiin Elintarviketurvallisuusvirasto Eviran eläintautibakteriologian tutkimusyksikön Helsingin laboratoriojaostossa. Työssä selvitettiin MALDI-TOF MS (Matriisiavusteinen laserdesorptio/ionisaatio-lentoaika-massaspektrometria) -menetelmän soveltuvuutta osaksi Eviran Brachyspira-diagnostiikkaa. Työ tehtiin käyttäen kaikkia kolmea Brachyspira-diagnostiikassa tutkittavaa Brachyspira-lajia. Käytettävät kannat oli varmistettu PCR (polymeraasiketjureaktio) -testeillä. Lisäksi validoitiin Brachyspira-menetelmään liittyvien PCR-testien pystyttäminen Eviran Helsingin eläintautibakteriologian laboratorioon. Validointi tapahtui vertaamalla Helsingissä tehtyjen Brachyspira-PCR-testien tuloksia Seinäjoella saatuihin tuloksiin.
Käytössä olevaan Brachyspira-menetelmään liittyvien PCR-testien pystyttäminen onnistui erinomaisesti, sillä Helsingin laboratoriojaostossa saadut tulokset olivat kaikki yhteneviä Seinäjoen laboratoriojaoston tulosten kanssa. Työssä kävi ilmi, että MALDI-TOF MS -menetelmää ei voida vielä käyttää Brachyspira-diagnostiikan osana, sillä saadut Brachyspira-bakteerien lajitunnistukset eivät olleet riittävän luotettavia. B. pilosicoli tunnistui tutkittavista Brachyspira-lajeista parhaiten. B. intermedia -kannat sekoittuvat muiden Brachyspira-lajien kanssa, eikä luotettavaa tunnistustulosta saatu. Tulevaisuudessa MALDI-TOF MS -menetelmän soveltumista Brachyspira-lajien tunnistamiseen voidaan mahdollisesti parantaa lisäämällä laitteen kirjastoon löydettyjä uusia Brachyspira-lajeja ja potilasnäytteistä eristettyjä paikallisia Brachyspira-kantoja.