Perunan virustestausmenetelmän kehittäminen
Saarela, Miro (2016)
Saarela, Miro
Oulun ammattikorkeakoulu
2016
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201605178156
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201605178156
Tiivistelmä
Luonnonvarakeskuksessa käytössä olevassa menetelmässä ELISA-testissä tehtäviin virusanalyyseihin käytetään lehti- tai versomateriaalia. Mukulanäytteet idätetään kasvihuoneessa, ja itujen annetaan kasvaa taimiksi. Opinnäytetyön tavoitteina oli tutkia, voitaisiinko analyysejä nopeuttaa käyttämällä testaukseen versomateriaalin sijaan pimeässä kasvatettuja ituja, miten mukuloiden esikäsittely vaikuttaa pimeässä itämiseen ja onko itutestaus yhtä luotettava menetelmä kuin versoista tehtävä testaus. Muita työn tavoitteita olivat perunan Y-, A-, M-, S- ja X-virusten toteamisrajojen määritys ELISA-testaukseen, luotettavan näytelaimennossuhteen tutkiminen, uuden monileimalukijan käyttöönotto sekä aiempien virus- ja bakteerianalyysitulosten kokoaminen yhteen
Mukuloille tehtiin erilaisia esikäsittelyitä, jonka jälkeen mukuloita idätettiin pimeässä. Vertailuna käytettiin mainittua käytössä olevaa kasvihuonekasvatusta. Itujen ja versojen kasvua seurattiin ja lopuksi niistä tehtiin Y-virustestaus. Toteamisrajojen määritystä varten tehtiin virusinokulointi isäntäkasveihin, joista virus myöhemmin puhdistettiin. Puhdistetun viruksen pitoisuus määritettiin ja viruksesta tehtiin standardikäyrä ELISA-testiin, jonka jälkeen laskettiin viruksen toteamisrajat. Luotettavaa Y-virusnäytelaimennossuhdetta etsittiin laimentamalla positiiviseksi tiedettyä näytettä ELISA-testiin.
Käytössä olevalla kasvihuonekasvatuksella saatiin nopeammin riittävä määrä kasvimateriaalia virustestaukseen kuin pimeäidätyksellä. Korkeampi gibberelliinihappopitoisuus mukuloiden esikäsittelyssä nopeutti pimeässä itämistä enemmän kuin matalampi pitoisuus. Mukuloiden halkaisu ennen gibberelliinihappokäsittelyä nopeutti itujen kasvua kokonaisina käsiteltyihin mukuloihin verrattuna. Itutestauksen luotettavuuden tutkiminen ei onnistunut, koska käytössä olleissa mukuloissa ei ollut tarpeeksi virusta. Ainoastaan X-virusta saatiin lisättyä isäntäkasveissa, joten se oli ainoa virus, josta määritettiin toteamisrajat. Y-virusnäytelaimennossuhdetta tutkittaessa kyseistä näytettä voitiin laimentaa yli 1000-kertaisesti niin, että virus oli vielä havaittavissa testauksessa. ELISA-testissä käytettävä uusi monileimalukija otettiin käyttöön ja sille tehtiin käyttöohjeet. Aiempien virus- ja bakteeritulosten kokoaminen yhteen saatiin valmiiksi suunnitelman mukaisesti.
Opinnäytetyö tehtiin Luonnonvarakeskuksen agrobiotekniikkatiimissä molekyylibiologian laboratoriossa Oulussa.
Mukuloille tehtiin erilaisia esikäsittelyitä, jonka jälkeen mukuloita idätettiin pimeässä. Vertailuna käytettiin mainittua käytössä olevaa kasvihuonekasvatusta. Itujen ja versojen kasvua seurattiin ja lopuksi niistä tehtiin Y-virustestaus. Toteamisrajojen määritystä varten tehtiin virusinokulointi isäntäkasveihin, joista virus myöhemmin puhdistettiin. Puhdistetun viruksen pitoisuus määritettiin ja viruksesta tehtiin standardikäyrä ELISA-testiin, jonka jälkeen laskettiin viruksen toteamisrajat. Luotettavaa Y-virusnäytelaimennossuhdetta etsittiin laimentamalla positiiviseksi tiedettyä näytettä ELISA-testiin.
Käytössä olevalla kasvihuonekasvatuksella saatiin nopeammin riittävä määrä kasvimateriaalia virustestaukseen kuin pimeäidätyksellä. Korkeampi gibberelliinihappopitoisuus mukuloiden esikäsittelyssä nopeutti pimeässä itämistä enemmän kuin matalampi pitoisuus. Mukuloiden halkaisu ennen gibberelliinihappokäsittelyä nopeutti itujen kasvua kokonaisina käsiteltyihin mukuloihin verrattuna. Itutestauksen luotettavuuden tutkiminen ei onnistunut, koska käytössä olleissa mukuloissa ei ollut tarpeeksi virusta. Ainoastaan X-virusta saatiin lisättyä isäntäkasveissa, joten se oli ainoa virus, josta määritettiin toteamisrajat. Y-virusnäytelaimennossuhdetta tutkittaessa kyseistä näytettä voitiin laimentaa yli 1000-kertaisesti niin, että virus oli vielä havaittavissa testauksessa. ELISA-testissä käytettävä uusi monileimalukija otettiin käyttöön ja sille tehtiin käyttöohjeet. Aiempien virus- ja bakteeritulosten kokoaminen yhteen saatiin valmiiksi suunnitelman mukaisesti.
Opinnäytetyö tehtiin Luonnonvarakeskuksen agrobiotekniikkatiimissä molekyylibiologian laboratoriossa Oulussa.