GBA gene - Frequency of possibly pathogenic variants in Finnish population
Saarinen, Emma (2016)
Saarinen, Emma
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2016
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2016101315142
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2016101315142
Tiivistelmä
Työn tarkoituksena oli tutkia GBA-geenin mahdollisten patogeenisten varianttien yleisyyttä suomalaisessa väestössä. Pääkiinnostuksen kohteena oli Gaucherin tautia aiheuttavat variantit. Gaucherin tauti on yleisin lysosomaalinen kertymäsairaus maailmanlaajuisesti. Tauti periytyy autosomeissa peittyvästi. Gaucherin taudin aiheuttaa lysosomaalisen entsyymin, glukoserebrosidaasin puutos, joka johtaa substraatin, glukoserebrosidin kerääntymiseen imukudoksen elimiin aiheuttaen laajan kirjon erilaisia oireita. GBA-geenistä on tiedossa yli 200 mutaatiota, joiden tiedetään aiheuttavan Gaucherin tautia. GBA-geenin lähistöllä sijaitsee erittäin homologinen pseudogeeni, GBAP1. Pseudogeenin samankaltaisuus sekä läheinen sijainti aiheuttavat ongelmia tutkittaessa GBA-geeniä, koska pseudogeeni monistuu helposti sen yhteydessä.
Tämä opinnäytetyö suoritettiin Suomen molekyylilääketieteen instituutissa (FIMM) ja tehtiin osana projektia, jonka tarkoituksena oli pystyttää uuden sukupolven sekvensointipaneeli (next-generation sequencing, NGS) erilaisia sytopenioita aiheuttaville geeneille. Työn lähtömateriaalina käytettiin olemassa olevaa NGS-eksomidataa kolmesta eri kliinisestä projektista, jotka on tuotettu FIMM:ssä. NGS-data tutkittiin GBA-geenin varianttien suhteen, joista kiinnostuksenkohteena olivat jo tunnetut patogeeniset sekä mahdolliset uudet variantit. Löydökset validoitiin Sanger-sekvensointimenetelmällä, jotta saatiin selville, sijaitsivatko variantit toimivassa GBA-geenissä vai sen pseudogeenissä, GBAP1:ssa. Lisäksi Sequencing Initiative Suomi (SiSu) -projektin data analysoitiin tunnettujen patogeenisten varianttien osalta.
Validoinnin tuloksista huomattiin, että pseudogeenin läsnäolo vaikuttaa NGS-exomidataan ja voi aiheuttaa vääriä tuloksia analysoitaessa GBA-geeniä, jos analyysi tehdään ainoastaan NGS-datan perusteella. Tämän vuoksi GBA-geenin varianttien varmistamiseen on käytettävä GBA-spesifistä monistusta sekä sekvensointia.
Tämä opinnäytetyö suoritettiin Suomen molekyylilääketieteen instituutissa (FIMM) ja tehtiin osana projektia, jonka tarkoituksena oli pystyttää uuden sukupolven sekvensointipaneeli (next-generation sequencing, NGS) erilaisia sytopenioita aiheuttaville geeneille. Työn lähtömateriaalina käytettiin olemassa olevaa NGS-eksomidataa kolmesta eri kliinisestä projektista, jotka on tuotettu FIMM:ssä. NGS-data tutkittiin GBA-geenin varianttien suhteen, joista kiinnostuksenkohteena olivat jo tunnetut patogeeniset sekä mahdolliset uudet variantit. Löydökset validoitiin Sanger-sekvensointimenetelmällä, jotta saatiin selville, sijaitsivatko variantit toimivassa GBA-geenissä vai sen pseudogeenissä, GBAP1:ssa. Lisäksi Sequencing Initiative Suomi (SiSu) -projektin data analysoitiin tunnettujen patogeenisten varianttien osalta.
Validoinnin tuloksista huomattiin, että pseudogeenin läsnäolo vaikuttaa NGS-exomidataan ja voi aiheuttaa vääriä tuloksia analysoitaessa GBA-geeniä, jos analyysi tehdään ainoastaan NGS-datan perusteella. Tämän vuoksi GBA-geenin varianttien varmistamiseen on käytettävä GBA-spesifistä monistusta sekä sekvensointia.