MYB gene expression in GIST cancer cell lines
Tervi, Anniina (2016)
Tervi, Anniina
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2016
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2016112817952
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2016112817952
Tiivistelmä
Opinnäytetyössä tutkittiin MYB-geenin ilmentymisen merkitystä GIST-syöpäsoluissa eli gastrointestinaalisen stroomatuumorin soluissa. Opinnäytetyö on osa Heikki Joensuun tutkimusryhmän GIST-kasvaimiin liittyvää laajempaa tutkimusta. Tavoitteena oli tutkia imatinib-lääkkeen sekä MYB small interfering RNA:n vaikutusta valituissa GIST 882- ja 48-solulinjoissa. Geenin ilmentymistä ja valittujen komponenttien vaikutusta tutkittiin proteiini- ja RNA-tasolla. MYB-geenin arvioitiin olevan voimakkaasti linkittynyt GIST-kasvaimissa oleviin muihin geeneihin kuten esimerkiksi KIT-geeniin. GIST-kasvaimiin liittyvien geenien merkityksen selvittämisen tavoitteena on tuoda uutta tietoa ja näkökulmaa kasvaimien alkuperästä. GIST-kasvaimien alkuperän selvitys on olennaista etenkin uusien ja tehokkaampien hoitomuotojen kehityksessä. Tutkimus pohjautuu aiempiin RNA-sekvensaatiosta saatuihin tuloksiin MYB-geenin ilmentymisestä GIST-syöpäsoluissa.
MYB:in ekspressoitumista, imatinibin vaikutusta ja MYB siRNA:n vaikutusta tutkittiin työssä lähtökohtaisesti proteiinitasolla. Proteiinitasolla tutkimisessa käytettiin SDS-PAGE western blotting menetelmää. RNA-tasolla samaa geeniä tutkittiin kvantitatiivisella Real-Time PCR:n TaqMan -menetelmällä. Käytettyjä GIST-solulinjoja viljeltiin ja ylläpidettiin koko työskentelyn ajan. Kasvatusmediaan lisättiin imatinib-lääkettä tai vastaavasti transfektoitiin solut MYB siRNA:lla. Tutkimus suoritettiin imatinibilla 24 ja 48 tunnin aikapisteissä sekä siRNA transfektiolla 48 tunnin aikapisteessä. Soluista tutkittiin rinnakkaisia näytteitä joko duplikaatteina tai triplikaatteina. Saatuja tuloksia verrattiin viljeltyihin hoitamattomiin kontrollisoluihin tai placebolla transfektoituihin soluihin.
Saadut tulokset osoittivat, että GIST-soluissa ilmentyy MYB-geeniä. Tulokset osoittivat myös, että GIST882-linjassa imatinib ja MYB siRNA alensivat MYB-geenin signaalia prote-iinitasolla sekä RNA-tasolla havaittavasti. Signaalin vaimeneminen nähtiin western blot-kuvissa selkeänä muodostuneen linjan häivenemisellä ja qPCR-tuloksissa numeraalisena pudotuksena. Pienen otannan vuoksi tutkimuksen tulokset ovat luonteeltaan suuntaa antavia, mutta antavat kuitenkin aihetta jatkotutkimuksiin MYB-geenin merkityksestä GIST-soluissa.
MYB:in ekspressoitumista, imatinibin vaikutusta ja MYB siRNA:n vaikutusta tutkittiin työssä lähtökohtaisesti proteiinitasolla. Proteiinitasolla tutkimisessa käytettiin SDS-PAGE western blotting menetelmää. RNA-tasolla samaa geeniä tutkittiin kvantitatiivisella Real-Time PCR:n TaqMan -menetelmällä. Käytettyjä GIST-solulinjoja viljeltiin ja ylläpidettiin koko työskentelyn ajan. Kasvatusmediaan lisättiin imatinib-lääkettä tai vastaavasti transfektoitiin solut MYB siRNA:lla. Tutkimus suoritettiin imatinibilla 24 ja 48 tunnin aikapisteissä sekä siRNA transfektiolla 48 tunnin aikapisteessä. Soluista tutkittiin rinnakkaisia näytteitä joko duplikaatteina tai triplikaatteina. Saatuja tuloksia verrattiin viljeltyihin hoitamattomiin kontrollisoluihin tai placebolla transfektoituihin soluihin.
Saadut tulokset osoittivat, että GIST-soluissa ilmentyy MYB-geeniä. Tulokset osoittivat myös, että GIST882-linjassa imatinib ja MYB siRNA alensivat MYB-geenin signaalia prote-iinitasolla sekä RNA-tasolla havaittavasti. Signaalin vaimeneminen nähtiin western blot-kuvissa selkeänä muodostuneen linjan häivenemisellä ja qPCR-tuloksissa numeraalisena pudotuksena. Pienen otannan vuoksi tutkimuksen tulokset ovat luonteeltaan suuntaa antavia, mutta antavat kuitenkin aihetta jatkotutkimuksiin MYB-geenin merkityksestä GIST-soluissa.