Stool Samples DNA Extraction : Parkinson’s Disease

Abstract

The subject of the study was DNA isolation from stool samples in persons who are at risk to get Parkinson’s disease. The study was conducted at the University of Helsinki, Institute for Biotechnology at the DNA sequencing and genomics laboratory. This thesis is one part of the University of Helsinki Parkinson's disease study. The focus of this study was to isolate DNA from stool samples and to create a summary of the results of the data.

The University of Helsinki has collected 745 stool samples. The purpose was to randomize the stool samples first and then isolate the DNA. Isolated DNA samples were measured with a NanoDrop spectrophotometer apparatus to find out the DNA concentration of the samples. The theoretical part of the thesis includes information on Parkinson's disease and material handling. Based on an established protocol, DNA isolation was performed.

For the study, 745 pieces of stool samples were collected. The 745 stool samples were randomly divided into batches of 23 samples for DNA isolation. To each batch one blank for kit contamination control was added, for a total of 24 samples per isolation batch.

Based on the NanoDrop spectrophotometer result, the lowest result was 0.61 ng/µL and information will be the highest result was 26.6 µg/µL. Isolated DNA samples studies will continue by using PCR amplification, and will be samples sequenced, processed bioinformatically, and analyzed with statistical methods.

Opinnäytetyön aiheena oli DNA:n eristäminen ulostenäytteistä henkilöiltä, joilla on riski sairastua Parkinsonin tautiin. Opinnäytetyö tehtiin Helsingin yliopiston biotekniikan instituutissa DNA-sekvensointi- ja genomiikkalaboratoriossa. Tämä opinnäytetyö on osana Helsingin yliopiston Parkinsonin taudin tutkimusta. Opinnäytetyön prioriteetti oli DNA:n eristäminen ulostenäytteistä ja yhteenvedon tekeminen datan tuloksista.

Helsingin yliopisto on kerännyt 745 ulostenäytettä. Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli satunnaistaa ulostenäytteet ensin ja sitten eristää DNA:ta. Eristetyt DNA:n näytteet mitattiin NanoDrop-spektrofotometrilaitteella, jotta saatiin selvitettyä näytteiden DNA-pitoisuutta. DNA:n eristys tehtiin tunnetun protokollan mukaan. Opinnäytetyön teoreettinen osa sisältää tietoa Parkinsonin taudista ja materiaalien käsittelystä.

Tutkimusta varten on kerätty 745 kappaletta ulostenäytteitä, joita näytteet jaettiin satunnaisesti 23 kappaleen eriin DNA:n eristämistä varten. Kullekin erille lisätiin yksi nollanäyte kontaminaatiokontrollia varten, yhteensä 24 näytettä per eristys erä.

NanoDrop-spektrofotometrin tuloksen perusteella alin tulos oli 0,61 ng/µL ja korkein tulos oli 26,6 µg/µL. Eristettyjen DNA-näytteiden tutkimukset jatkuvat käyttäen PCR-monistusta, ja näytteet sekvensoidaan, prosessoidaan bioinformatiikan avulla ja analysoidaan tilastollisin menetelmin.