Feasibility Testing for Sample Storage and Transport for Nucleic Acid Assays

Abstract

This study was conducted for Mobidiag Oy as part of their part of a project developing new technologies for potential products. The aim of was to develop stool sample tube for detection of pathogens by PCR method. Purpose was to develop a sample tube that inactivates the pathogens from the stool sample and stabilizes samples nucleic acids.

PCR is slowly becoming a norm, as concerns detecting pathogenic organisms. PCR is less time consuming and less expensive than traditional culture-based methods. It is highly precise method and it is becoming increasingly used for analysis detecting pathogens from stool and other biological specimen in clinical laboratories.

Feasibility testing of the sample tube was made by series of different methods to get data of the possible composition of the sample tube and its capabilities needed for the sample tube. Data gathered for sample tube in this study were: NA stability, nucleic acid binding, microbial inactivation, detergent optimization and inhibition testing.

Results gave some good candidates for composition of the sample tube and the compositions microbial inactivation attributes. NA stability testing is still ongoing to gather reliable data for the NA stability. Compositions also were found to inactivate pathogens, which is important attribute for sample tube. Gathered results of this study will be utilized for further developing the sample tube in the future.

Opinnäytetyö suoritettiin osana Mobidiag Oy:n projektia uusien tuotteiden kehittämiseen. Opinnäytetyön tavoitteena oli tutkia ja kehittää ulostenäyteputkea, jota voidaan käyttää patogeenien detektointiin PCR-metodilla. Tarkoituksena oli saada aikaiseksi näyteputki, joka inaktivoi patogeeneja ulostenäytteestä ja stabiloi näytteen nukleiinihapot.

PCR-metodista on tullut normi patogeenisten organismien detektoinnissa. PCR-metodi on vähemmän aikaa kuluttavaa ja halvempaa kuin perinteiset viljelmätestit. Se on myös hyvin tarkka metodi, joka on tullut kasvavasti merkittäväksi metodiksi patogeenien detektointiin ulostenäytteistä ja muista biologisista näytteistä kliinisissä laboratorioissa.

Näyteputken soveltuvuustestaus tehtiin suorittamalla erilaisia analyyseja, jotta saataisiin dataa näyteputken mahdollisesta koostumuksesta ja sen tarvittavista ominaisuuksista. Dataa näyteputkea varten kerättiin nukleeiinihappojen stabiilisuudesta, mikrobiologisesta inaktivaatiosta, detergenttien ominaisuuksista ja inhibition testauksesta.

Tulokset antoivat osviittaa näyteputken mahdollisesta koostumuksesta ja koostumuksen mikrobiologisesta inaktivaatiokyvystä. NA-stabiilisuustestaus on vielä kesken, joten tuloksia koostumuksen stabiilisuusominaisuuksista ei voida pitää luotettavina, mutta suuntaa antavina. Näyteputken kompositiot inaktivoivat myös patogeeneja, joka on hyvin tärkeä ominaisuus komposition kannalta. Opinnäytetyössä saatuja tuloksia voidaan käyttää hyväksi näyteputken kehittämisessä tulevaisuudessa.