DNA-näytteiden puhdistuksen automatisointi Biomek-robotilla

Abstract

Työssä käydään läpi polyetyleeniglykolipuhdistusprotokollan automatisointia Beckman Biomek NXp -pipetointirobotilla sekä pohditaan automatisoinnin vaiheita ja käyttäjäystävälli-syyttä, että turvallisuusaspekteja.

DNA-puhdistuksessa käytetty PEG-puhdistus on työläs ja hidas vaihe suorittaa käsin, minkä vuoksi protokolla pyritään automatisoimaan kyseisellä laitteelle. Työssä myös validoidaan eri valmistajien superparamagneettisia karboksyylihelmiä. Helmillä on keskeinen rooli PEG-puhdistuksessa DNA-fragmenttien sidonnassa.

Ohjelmoinnin ja helmien validoinnin jälkeen suoritettiin yhteensopivuusvalidointi. Tällä haluttiin varmentua helmien sopivuudesta automatisoituun järjestelmään. Työn aikana ilmeni DNA-näytteen selittämätön katoaminen, joka lopulta osoittautui olevan prosessin aikana jäänyttä reagenssia, mikä sai aikaan sen, että näyte näyttäisi katoavan.

This Bachelor’s thesis studies the automation of the polyethylene glycol purification protocol with the Beckman Biomek NXp pipetting robot as well as discusses the steps of automation and the user-friendliness of the security aspects.

The PEG purification used for DNA purification is a tedious and slow step by hand, which is why the protocol needs to be automated using a pipetting robot. The thesis project also validates the superparamagnetic carboxyl beads of different manufacturers. The beads play a central role in PEG purification by binding DNA fragments.

After validation of the programming and bead validation, compatibility validation was performed. The aim was to verify the suitability of the beads for the automated system. During the thesis project, an unexplained disappearance of the DNA sample occurred, which eventually turned out to be a residual reagent from the process making it seem as if the sample was disappearing