SLC1A1- ja JMJD2C-geenien assosiaatio autismin kirjoon suomalaisessa väestössä
Järvinen, Tarja-Tuulikki (2009)
Järvinen, Tarja-Tuulikki
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2009
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-200903041583
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-200903041583
Tiivistelmä
Aikaisemmissa tutkimuksissa oli havaittu, että kromosomissa 9p24 sijaitseva geeni SLC1A1 assosioitui pakko-oireiseen häiriöön. Kansainvälisessä autismin alttiusgeenien kartoituksessa kromosomissa 9p24.1 sijaitsevan geenin JMJD2C oli havaittu assosioituvan autismin kirjoon. Haluttiin tutkia, assosioituvatko nämä geenit autismin kirjoon suomalaisessa väestössä.
Työtä varten oli kerätty näytteitä suomalaisilta autismin kirjon henkilöiltä ja heidän lähisukulaisiltaan, ja näiden DNA eristettiin kokoverestä. Tutkimukseen valittiin 176 näytettä henkilöiltä, joilla oli joko varhaislapsuuden autismi tai Aspergerin oireyhtymä, ja kontrollina käytettiin näytteitä 200 tuntemattomalta luovuttajalta.
SLC1A1-geeni jakautuu 12 eksoniin, ja se koodaa
EAAT3-proteiinia, joka kuljettaa L-glutamaattia solujen sisälle neuroneissa. SLC1A1-geenin tutkimuksessa käytettiin perinteistä sekvensointia, ja mukana oli kuusi markkeria eksonien 4, 8 ja 10 alueelta ja läheisyydestä. JMJD2C-geeni jakautuu 21 eksoniin, ja se koodaa GASC1-proteiinia, joka säätelee geenien transkriptiota poistamalla kromatiineja pakkaavien histoniproteiinien metyyliryhmiä. JMJD2C-geenin tutkimuksessa käytettiin reaaliaikaista PCR:ää markkerille rs1340513, jonka oli aiemmissa tutkimuksissa havaittu assosioituvan autismin kirjoon. SLC1A1-geenissä 175 näytteelle ja 194 kontrollille ja JMJD2C-geenille 175 näytteelle ja 197 kontrollille laskettiin todennäköisyydet alleeli- ja genotyyppijakaumille yksilötason χ2-testillä, joka on assosiaatioanalyysimenetelmä, jossa tunnetaan yleisempien ja harvinaisempien alleelien määrät sairailla ja verrokeilla. Lisäksi käytettiin Fisherin tarkkaa testiä, joka soveltuu hyvin erityisesti silloin, kun laskennassa on mukana pieniä alleelimääriä. Testit suoritettiin R-ohjelmalla (The R Foundation for Statisical Computing), joka on maksuton tietokonekieli ja -ympäristö tilastollisille menetelmille.
Nollahypoteesina yksilötason χ2-testissä pidetään sitä, että assosiaatio alleelien, genotyyppien ja sairausstatuksen välillä on puhtaasti satunnaista, ja tilastollista
merkitsevyystasoa 0,01 pidetään tilastollisesti merkitsevänä, jolloin voidaan katsoa, että nollahypoteesi kumoutuu.
SLC1A1-geenin yksikään markkeri ei saavuttanut tilastollista merkitsevyystasoa 0,01, jolloin nollahypoteesi jäi voimaan eikä geeni assosioitunut autismin kirjoon.
JMJD2C-geenin markkeri alitti tilastollisen merkitsevyystason 0,01 alleelijakauman kohdalla. Todennäköisyydet markkerin alleelijakaumalle yksilötason χ2-testissä oli noin 0,0085 ja Fisherin tarkassa testissä noin 0,0065, jolloin nollahypoteesi kumoutui eli assosiaatio alleelien ja sairausstatuksen välillä ei ollut puhtaasti satunnaista. JMJD2C-geeni assosioitui autismin kirjoon myös suomalaisessa väestössä.
Työtä varten oli kerätty näytteitä suomalaisilta autismin kirjon henkilöiltä ja heidän lähisukulaisiltaan, ja näiden DNA eristettiin kokoverestä. Tutkimukseen valittiin 176 näytettä henkilöiltä, joilla oli joko varhaislapsuuden autismi tai Aspergerin oireyhtymä, ja kontrollina käytettiin näytteitä 200 tuntemattomalta luovuttajalta.
SLC1A1-geeni jakautuu 12 eksoniin, ja se koodaa
EAAT3-proteiinia, joka kuljettaa L-glutamaattia solujen sisälle neuroneissa. SLC1A1-geenin tutkimuksessa käytettiin perinteistä sekvensointia, ja mukana oli kuusi markkeria eksonien 4, 8 ja 10 alueelta ja läheisyydestä. JMJD2C-geeni jakautuu 21 eksoniin, ja se koodaa GASC1-proteiinia, joka säätelee geenien transkriptiota poistamalla kromatiineja pakkaavien histoniproteiinien metyyliryhmiä. JMJD2C-geenin tutkimuksessa käytettiin reaaliaikaista PCR:ää markkerille rs1340513, jonka oli aiemmissa tutkimuksissa havaittu assosioituvan autismin kirjoon. SLC1A1-geenissä 175 näytteelle ja 194 kontrollille ja JMJD2C-geenille 175 näytteelle ja 197 kontrollille laskettiin todennäköisyydet alleeli- ja genotyyppijakaumille yksilötason χ2-testillä, joka on assosiaatioanalyysimenetelmä, jossa tunnetaan yleisempien ja harvinaisempien alleelien määrät sairailla ja verrokeilla. Lisäksi käytettiin Fisherin tarkkaa testiä, joka soveltuu hyvin erityisesti silloin, kun laskennassa on mukana pieniä alleelimääriä. Testit suoritettiin R-ohjelmalla (The R Foundation for Statisical Computing), joka on maksuton tietokonekieli ja -ympäristö tilastollisille menetelmille.
Nollahypoteesina yksilötason χ2-testissä pidetään sitä, että assosiaatio alleelien, genotyyppien ja sairausstatuksen välillä on puhtaasti satunnaista, ja tilastollista
merkitsevyystasoa 0,01 pidetään tilastollisesti merkitsevänä, jolloin voidaan katsoa, että nollahypoteesi kumoutuu.
SLC1A1-geenin yksikään markkeri ei saavuttanut tilastollista merkitsevyystasoa 0,01, jolloin nollahypoteesi jäi voimaan eikä geeni assosioitunut autismin kirjoon.
JMJD2C-geenin markkeri alitti tilastollisen merkitsevyystason 0,01 alleelijakauman kohdalla. Todennäköisyydet markkerin alleelijakaumalle yksilötason χ2-testissä oli noin 0,0085 ja Fisherin tarkassa testissä noin 0,0065, jolloin nollahypoteesi kumoutui eli assosiaatio alleelien ja sairausstatuksen välillä ei ollut puhtaasti satunnaista. JMJD2C-geeni assosioitui autismin kirjoon myös suomalaisessa väestössä.