Hyppää sisältöön
    • Suomeksi
    • På svenska
    • In English
  • Suomi
  • Svenska
  • English
  • Kirjaudu
Hakuohjeet
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.
Näytä viite 
  •   Ammattikorkeakoulut
  • Metropolia Ammattikorkeakoulu
  • Opinnäytetyöt
  • Näytä viite
  •   Ammattikorkeakoulut
  • Metropolia Ammattikorkeakoulu
  • Opinnäytetyöt
  • Näytä viite

Metsämaan mikrobien molekyylibiologinen tunnistus denaturoivan geelielektroforeesin (DGGE) avulla

Järvinen, Niina (2010)

Avaa tiedosto
NJ_151110.pdf (376.3Kt)
Lataukset: 


Järvinen, Niina
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2010
All rights reserved
Näytä kaikki kuvailutiedot
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2010111714637
Tiivistelmä
Tämän opinnäytetyön tavoitteena oli tutkia metsämaan humusnäytteiden mikrobilajistoa molekyylibiologisin menetelmin. Työ toteutettiin Helsingin yliopiston Ympäristötieteiden laitoksella Lahdessa. Humusnäytteet olivat pitkäaikaisesta lannoituskokeesta, jossa maaperää oli lannoitettu typellä, tuhkalla sekä niiden yhdistelmällä. Työn tarkoituksena oli tarkastella, vaikuttavatko eri lannoituskäsittelyt maaperän mikrobilajistoon. Tutkitut mikrobiryhmät olivat sienet, bakteerit ja ammoniakkia hapettavat bakteerit (AOB).

Metsämaan humuksesta eristetyistä DNA-näytteistä tunnistettiin sienet monistamalla polymeraasiketjureaktiolla (PCR) sienten 18S rDNA -merkkigeenin ITS-aluetta. Bakteerit tunnistettiin monistamalla 16S rDNA -merkkigeeniä. AOB:t tunnistettiin monistamalla 16S rDNA -merkkigeeniä proteobakteereille selektiivisillä alukkeilla nested PCR -menetelmällä. Monistetut PCR-tuotteet eroteltiin denaturoivalla gradienttigeelielektroforeesilla (DGGE). Erotetut DNA-jaksot monistettiin uudestaan ja sekvensoitiin Biotekniikan Instituutissa Helsingissä. Sekvenssit tulkittiin bioinformatiikan työkalujen avulla.

Kaikkien metsämaan mikrobiryhmien DGGE-analyyseissä onnistuttiin sekvensoimaan ja tunnistamaan eri fylotyyppejä. Parhaat tulokset saavutettiin sienten osalta. Bakteerien ja AOB:n osalta menetelmät kaipaavat vielä optimointia humusmaanäytteitä varten. Metsämaan mikrobilajistoissa havaittiin eroja eri lannoituskäsittelyiden välillä. Suurimmat erot olivat sieni- ja AOB-lajistoissa, joilla lajistot olivat kaikissa käsittelyissä erilaiset. Tulosten perusteella sieni- ja AOB-lajistot ovat herkimpiä lannoituskäsittelyiden vaikutuksille. Vähiten eroja lannoituskäsittelyiden kesken oli bakteerilajistossa.
 
Kokoelmat
  • Opinnäytetyöt
Ammattikorkeakoulujen opinnäytetyöt ja julkaisut
Yhteydenotto | Tietoa käyttöoikeuksista | Tietosuojailmoitus | Saavutettavuusseloste
 

Selaa kokoelmaa

NimekkeetTekijätJulkaisuajatKoulutusalatAsiasanatUusimmatKokoelmat

Henkilökunnalle

Ammattikorkeakoulujen opinnäytetyöt ja julkaisut
Yhteydenotto | Tietoa käyttöoikeuksista | Tietosuojailmoitus | Saavutettavuusseloste