Arenavirusten polymeraasireaktio- menetelmän evaluaatio suomalaisessa aineistossa
Vaittinen, Eevaleena; Harinen, Petra (2019)
2019
All rights reserved. This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2019120925541
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2019120925541
Tiivistelmä
Arenavirus kuuluu Arenaviridae sukuun. Se on kooltaan 120 nanometrin kokoinen kaksijuosteinen negatiivissäikeinen RNA-virus. Toistaiseksi ainoa Euroopassa raportoitu arenavirus on lymfosyyttinen koriomeningiittivirus (LCMV). Suomessa on aiemmin tutkittu LCMV:n seroprevalenssia, mutta yhtäkään viruksen aiheuttamaa potilastapausta ei ole dokumentoitu.
Opinnäytetyön tarkoituksena oli suorittaa reverse transcription-PCR (RT-PCR) sekä geelielektroforeesiajo 974 potilasseeruminäytteelle. Tavoitteena oli evaluoida käytettyä menetelmää arenavirusten löytämiseen suomalaisilta potilailta otetuista näytteistä. Osaprojekti kuuluu suurempaan Helsingin ja Uudenmaan sairaanhoitopiirin (HUS) sekä Helsingin yliopiston (HY) yhteiseen tutkimusprojektiin. Opinnäytetyöhön kuuluva osaprojekti (RT-PCR ja geelielektroforeesiajot) tehtiin yhteistyössä HUS ja HY virologian laboratorioiden kanssa. Jatkotyössä geelielektroforeesityössä havaitut PCR-tuotteet sekvensoidaan käyttäen NGS-protokollaa, jossa sekvensointi tapahtuu PCR-alukkeiden adapterisekvenssien avulla.
Näytemateriaali oli kerätty 6/2018-11/2018 aikavälillä suomalaisilta potilailta, joilla oli epäilty keskushermostoinfektiota. Näytteitä oli yhteensä 974, jotka olivat peräisin 884 eri potilaasta. Osasta potilaista oli useampia seeruminäytteitä. Kaikista potilasseeruminäytteistä oli valmiiksi eristetty nukleiinihappo pääprojektin yhteydessä.
RT-PCR:n ja geelielektroforeesin jälkeen jatkoon valittiin yhteensä 57 näytettä, jotka olivat geelillä noin 500-800 emäsparin kokoisia. Tulosten perusteella voidaan olettaa, että RT-PCR soveltuu yhtenä osana arenavirusten diagnosointiin, mutta lisäksi tarvitaan muita tutkimuksia, sekä serologisia menetelmiä positiivisten tulosten varmentamiseksi.
Opinnäytetyön tarkoituksena oli suorittaa reverse transcription-PCR (RT-PCR) sekä geelielektroforeesiajo 974 potilasseeruminäytteelle. Tavoitteena oli evaluoida käytettyä menetelmää arenavirusten löytämiseen suomalaisilta potilailta otetuista näytteistä. Osaprojekti kuuluu suurempaan Helsingin ja Uudenmaan sairaanhoitopiirin (HUS) sekä Helsingin yliopiston (HY) yhteiseen tutkimusprojektiin. Opinnäytetyöhön kuuluva osaprojekti (RT-PCR ja geelielektroforeesiajot) tehtiin yhteistyössä HUS ja HY virologian laboratorioiden kanssa. Jatkotyössä geelielektroforeesityössä havaitut PCR-tuotteet sekvensoidaan käyttäen NGS-protokollaa, jossa sekvensointi tapahtuu PCR-alukkeiden adapterisekvenssien avulla.
Näytemateriaali oli kerätty 6/2018-11/2018 aikavälillä suomalaisilta potilailta, joilla oli epäilty keskushermostoinfektiota. Näytteitä oli yhteensä 974, jotka olivat peräisin 884 eri potilaasta. Osasta potilaista oli useampia seeruminäytteitä. Kaikista potilasseeruminäytteistä oli valmiiksi eristetty nukleiinihappo pääprojektin yhteydessä.
RT-PCR:n ja geelielektroforeesin jälkeen jatkoon valittiin yhteensä 57 näytettä, jotka olivat geelillä noin 500-800 emäsparin kokoisia. Tulosten perusteella voidaan olettaa, että RT-PCR soveltuu yhtenä osana arenavirusten diagnosointiin, mutta lisäksi tarvitaan muita tutkimuksia, sekä serologisia menetelmiä positiivisten tulosten varmentamiseksi.