Suhteellisen telomeeripituuden määrittäminen qPCR-tekniikalla
Lahtinen, Jenni (2011)
Lahtinen, Jenni
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2011
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2011100513510
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2011100513510
Tiivistelmä
Tämän työn tavoitteena oli määrittää DILGOM-aineistosta näytteiden suhteellinen telomeeripituus qPCR:n (kvantitatiivinen polymeraasiketjureaktion) avulla. Työssä käytetty DILGOM-aineisto (N = 4 300) on osa Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen (THL) FINRISKI-tutkimusta. Telomeerit ovat kromosomien päässä olevia DNA-pätkiä, jotka koostuvat toistuvista DNA-jaksoista (5´-(TTAGGG)n-3´) ja proteiineista. Telomeerit ovat elintärkeitä solun normaalille toiminnalle, ne esimerkiksi estävät kromosomien fuusioitumisen toisiinsa ja suojaavat toiminnallista DNA:ta. Joka kerta solun jakautuessa telomeeri kuluu hieman. Tämän ilmiön on ajateltu olevan tärkeä tekijä vanhenemisessa. Tässä työssä suhteellinen telomeeripituus määritetään verestä eristetystä genomisesta DNA:sta. Telomeeripituus saadaan määritettyä qPCR-pohjaisella menetelmällä laskemalla T/S-suhde määritettyjen telomeeri- ja yhden kopion geenin (hemoglobiinin beta-proteiinia koodaava geeni, HBB) arvoista. Kaikki qPCR-reagenssit testattiin ennen näyteajojen aloittamista. Näytteet kuivattiin optisille 384-qPCR-levyille, samaten kuin standardit ja kontrollit. Näytteet ajettiin qPCR:llä ja tulokset analysoitiin CFX Manager 2.0- ja PASW Statistics 18 -ohjelmilla. Analysoinnissa katsottiin muun muassa iän, sukupuolen ja DNA:n eristysmenetelmän vaikutusta ja merkitsevyyttä suhteelliseen telomeeripituuteen. Iällä todettiin olevan merkitsevä vaikutus telomeeripituuteen (p = 8,22 * 10-33). Sukupuoli oli myös merkitsevä tekijä (p = 0,045), vaikka merkitsevyys ei ollut yhtä voimakas kuin iän merkittävyys. DNA:n eristysmenetelmän todettiin olevan erittäin merkitsevä (p = 3,16 * 10-81).