Solunulkoinen DNA : Määritys verinäytteestä
Kallio-Koski, Tanja; Nyman, Elli (2020)
2020
All rights reserved. This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2020062419286
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2020062419286
Tiivistelmä
Nestebiopsia on lupaava, non-invasiivinen menetelmä syövän diagnosoinnissa ja hoidossa. Nestebiopsiasta eristettävissä olevan kiertävän, solunulkoisen DNA:n avulla voidaan mm. arvioida syövän levinneisyyttä ja kasvainsolujen mutaatiotyyppejä. Nestebiopsian sisältämistä biomarkkereista saadun tiedon avulla voidaan valita optimaalisin terapiamuoto syövänhoidossa.
Opinnäytetyömme empiirisen osuuden toimeksiantaja oli Pohjois-Pohjanmaan sairaanhoitopiirin, Oulun Yliopistollisen sairaalan Patologian osasto. Tutkimusaineistona olivat kahden, terveen, naispuolisen kontrollihenkilön verinäytteet sekä syöpäpotilailta eristetty solunulkoinen DNA. Terveiden kontrollihenkilöiden verinäytteistä eroteltiin plasma, johon tehtiin syöpäpotilaiden solunulkoisesta DNA:sta laimennossarja. Laimennossarjan näytteistä eristettiin solunulkoinen DNA ja määritettiin solunulkoisen DNA:n pitoisuudet.
Opinnäytetyömme tarkoituksena oli perehtyä nestebiopsiaan ja solunulkoiseen DNA:han ja testata valitulla menetelmällä, kuinka hyvin kaikki solunulkoinen DNA saadaan eristettyä ja kuinka puhdasta se on solunsisäisestä DNA:sta. Saadut tulokset osoittivat, että onnistuimme eristämään solunulkoisen DNA:n ja, että käyttämämme eristysmenetelmä sopii eristykseen myös solunulkoisen DNA:n määrän ollessa näytteessä vähäinen. Saamamme tulokset voivat auttaa optimaalisen solunulkoisen DNA-pitoisuuden määrittämisessä molekyylipatologisia menetelmiä varten ja tulevia tutkimuksia silmällä pitäen. Liquid biopsy is a promising, non-invasive method of diagnosing and monitoring cancer. With the information carried by cell free DNA, that is isolatable from liquid biopsy, it is possible to evaluate the distribution and different mutation types of tumor cells. The information gained from biomarkers in liquid biopsy can guide therapeutic decisions in oncology.
The thesis was assigned by The Northern Ostrobothnia Hospital District, Oulu University Hospital, Pathology Unit. The material of this thesis comprised of blood samples obtained from two healthy female control individuals and cell free DNA isolated from cancer patients. Plasma was separated from the blood samples and dilution series was made from the cell free DNA collected from cancer patients. Cell free DNA was isolated and the concentration levels measured from the samples of dilution series.
The purpose of this study was to examine the topics of liquid biopsy and cell free DNA in the literature and to test how well and purely cell free DNA is isolated with the chosen method. The results indicate that we managed to isolate cell free DNA and the method used apply even when the amount of cell free DNA is very minor. These findings can help in choosing the level of cell free DNA-concentration for methods of molecular pathology and upcoming research.
Opinnäytetyömme empiirisen osuuden toimeksiantaja oli Pohjois-Pohjanmaan sairaanhoitopiirin, Oulun Yliopistollisen sairaalan Patologian osasto. Tutkimusaineistona olivat kahden, terveen, naispuolisen kontrollihenkilön verinäytteet sekä syöpäpotilailta eristetty solunulkoinen DNA. Terveiden kontrollihenkilöiden verinäytteistä eroteltiin plasma, johon tehtiin syöpäpotilaiden solunulkoisesta DNA:sta laimennossarja. Laimennossarjan näytteistä eristettiin solunulkoinen DNA ja määritettiin solunulkoisen DNA:n pitoisuudet.
Opinnäytetyömme tarkoituksena oli perehtyä nestebiopsiaan ja solunulkoiseen DNA:han ja testata valitulla menetelmällä, kuinka hyvin kaikki solunulkoinen DNA saadaan eristettyä ja kuinka puhdasta se on solunsisäisestä DNA:sta. Saadut tulokset osoittivat, että onnistuimme eristämään solunulkoisen DNA:n ja, että käyttämämme eristysmenetelmä sopii eristykseen myös solunulkoisen DNA:n määrän ollessa näytteessä vähäinen. Saamamme tulokset voivat auttaa optimaalisen solunulkoisen DNA-pitoisuuden määrittämisessä molekyylipatologisia menetelmiä varten ja tulevia tutkimuksia silmällä pitäen.
The thesis was assigned by The Northern Ostrobothnia Hospital District, Oulu University Hospital, Pathology Unit. The material of this thesis comprised of blood samples obtained from two healthy female control individuals and cell free DNA isolated from cancer patients. Plasma was separated from the blood samples and dilution series was made from the cell free DNA collected from cancer patients. Cell free DNA was isolated and the concentration levels measured from the samples of dilution series.
The purpose of this study was to examine the topics of liquid biopsy and cell free DNA in the literature and to test how well and purely cell free DNA is isolated with the chosen method. The results indicate that we managed to isolate cell free DNA and the method used apply even when the amount of cell free DNA is very minor. These findings can help in choosing the level of cell free DNA-concentration for methods of molecular pathology and upcoming research.