BRIP1-geenin eksonien 12 ja 14 mutaatiomääritys munasarjasyövässä

Abstract

Tämä opinnäytetyö tehtiin Biomedicumissa Helsingin yliopiston Lääketieteellisen tiedekunnan Lääketieteellisen genetiikan osastolla Genomibiologian tutkimusohjelmaan kuuluvassa akatemiaprofessori Lauri Aaltosen johtamassa Kasvaingenomiikan tutkimusryhmässä. Opinnäytetyön tavoitteena oli tutkia, miten plasmanäytteistä peräisin oleva DNA soveltuu molekyyligeneettisiin tutkimuksiin ja määrittää BRIP1-geenin mutaatioita munasarjasyöpäpotilaiden plasmanäytteistä eristetystä DNA:sta.

Plasmasta pystyttiin eristämään odotusten mukaisesti melko vähän DNA:ta. Saadun DNA:n määrä ja laatu vaihtelivat kuitenkin erittäin paljon näytteestä riippuen. Tästä huolimatta suurimmasta osasta näytteitä onnistuttiin määrittämään BRIP1:n eksoneiden 12 ja 14 mutaatioita. Tutkimuksen onnistumisprosentti eksonin 14 alukkeilla oli 93 ja huomattavasti huonompi onnistumisprosentti 68 saatiin eksonin 12 alukkeilla.

Tutkimuksessa ei löytynyt uusia mutaatioita. Mutaatioiden löytyminen tästä materiaalista oli kuitenkin epätodennäköistä, koska tässä työssä tutkittiin vain satunnaisia yksittäisiä potilaita, joiden sukutaustaa ei tunnettu. Lisäksi mutaatiot ovat hyvin harvinaisia.

Päätelmänä tämän tutkimuksen pohjalta voidaan todeta, että satunnaisilta suomalaisilta munasarjasyöpäpotilailta ei löydy samoja perustajamutaatioita kuin espanjalaisilta tai islantilaisilta munasarjasyöpäperheiltä. On mahdollista, että mutaatio liittyy keskeisesti vain perinnölliseen munasarjasyöpäalttiuteen ja näin ollen geenin mutaatiot ovat erittäin harvinaisia yksittäisillä satunnaisilla potilailla. Mikäli tutkimusta jatkettaisiin, olisi syytä tutkia koko geeni eikä vain kahta eksonia, koska suomalaisten munasarjasyöpä voi johtua mutaatiosta BRIP1:n jossain toisessa eksonissa kuin islantilaisilla ja espanjalaisilla.

The research for this Bachelor's thesis was carried out at the Tumor Genomics Research group led by Academy Professor Lauri Aaltonen at Biomedicum Genome-Scale Biology Program at the Department of Medical Genetics at the Faculty of Medicine of University of Helsinki. The aim of this thesis was to examine how DNA extracted from plasma samples can be used in molecular genetics studies and analyze mutations in BRIP1 from plasma samples of ovarian cancer patients.

We were able to extract quite little DNA from plasma, as expected. The amount and the quality of DNA varied considerably depending on the sample. In spite of this it was possible to analyse most of the samples. The success rate of this study was 93 % with the exon 14 primers and lower with the exon 12 primers (68 %).

New mutations were not found in this study. However, discovering mutations was very unlikely, because we examined only samples from sporadic patients, whose family history was not known. Besides, mutations are very rare.

In conclusion, this research shows that the Finnish ovarian cancer patients do not have the same founder mutations as the Icelandic or Spanish ovarian cancer families. If this study was continued the entire gene should be examined because the Finnish ovarian cancer can be caused by mutations in some other region of the BRIP1.