qPCR-menetelmän kehitys ihmisen enterovirusten tunnistamiseksi
Wikman, Kasper (2021)
2021
All rights reserved. This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-202104306482
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-202104306482
Tiivistelmä
Enterovirukset esiintyvät maailmanlaajuisesti ja ovat yleisimpiä hengitystieinfektioita aiheuttajia. Enterovirusinfektioista johtuvat oireet ja sairaudet voivat olla erittäin vakavia, heikomman vastustuskyvyn omaavalla hengenvaarallisiakin. Hengitysteitse leviävät kannat ovat jo osoittaneet kykynsä aiheuttaa vaikeasti hallittavia keuhkokuume-epidemioita Aasiassa, Euroopassa ja Pohjois-Amerikassa.
Tämä opinnäytetyö tehtiin Mobidiag Oy:lle osana tulevaa hengitystien virusten diagnostista testiä. Työn tavoite oli kehittää qPCR (kvantitatiivinen polymeraasiketjureaktio) -menetelmä kliinisesti merkitsevimpien ihmisen hengitystien enterovirusten tunnistamiseksi.
Työssä testattiin 23 eri singleplex entero-, rino- ja poliovirusreaktioseosta, joista kuusi valittiin jatkotesteihin. Jatkotestauksessa yhdistettiin yksi Rhino ja yksi Entero singleplex qPCR -reaktioseos eli tehtiin duplex qPCR -reaktioseos, jota testattiin kaikilla saatavilla näytteillä. Kuudesta duplex qPCR -reaktioseoksesta valittiin kaksi jatkokehittelyyn, Rhino/Entero AM2 ja Rhino/Entero AM4.
Tämä on alustava kehitystyö qPCR-menetelmälle. Kehitystyö jatkuu tämän työn jälkeen, ja valittu duplex qPCR -reaktioseos hyödynnetään osana laajempaa hengitystiepatogeenien tunnistuspaneelia, joka lopuksi käytetään hengitystiepatogeenien tunnistamiseen diagnostisella Novodiag®-testialustalla.
Tämä opinnäytetyö tehtiin Mobidiag Oy:lle osana tulevaa hengitystien virusten diagnostista testiä. Työn tavoite oli kehittää qPCR (kvantitatiivinen polymeraasiketjureaktio) -menetelmä kliinisesti merkitsevimpien ihmisen hengitystien enterovirusten tunnistamiseksi.
Työssä testattiin 23 eri singleplex entero-, rino- ja poliovirusreaktioseosta, joista kuusi valittiin jatkotesteihin. Jatkotestauksessa yhdistettiin yksi Rhino ja yksi Entero singleplex qPCR -reaktioseos eli tehtiin duplex qPCR -reaktioseos, jota testattiin kaikilla saatavilla näytteillä. Kuudesta duplex qPCR -reaktioseoksesta valittiin kaksi jatkokehittelyyn, Rhino/Entero AM2 ja Rhino/Entero AM4.
Tämä on alustava kehitystyö qPCR-menetelmälle. Kehitystyö jatkuu tämän työn jälkeen, ja valittu duplex qPCR -reaktioseos hyödynnetään osana laajempaa hengitystiepatogeenien tunnistuspaneelia, joka lopuksi käytetään hengitystiepatogeenien tunnistamiseen diagnostisella Novodiag®-testialustalla.