Selektiivisten MRSA-agarmaljojen soveltuvuus koirien metisilliiniresistentin Staphylococcus pseudintermedius -bakteerin seulontaan: validointitutkimus

Abstract

Tämä opinnäytetyö toteutettiin yhteistyössä Helsingin yliopiston eläinlääketieteellisen tiedekunnan kliinisen hevos- ja pieneläinlääketieteen osaston kliinisen mikrobiologian laboratorio YESLAB:n kanssa. Opinnäytetyön tarkoitus oli vertailla neljän eri valmistajan selektiivisiä MRSA-agarmaljoja ja niiden soveltuvuutta koirien MRSP-seulontatutkimuksiin. Vertailututkimuksen tavoite oli löytää YESLAB:n käyttöön uusi selektiivinen MRSA-malja, joka soveltuisi käytössä ollutta maljaa paremmin MRSP:n tunnistukseen seulontanäytteistä. YESLAB:n käyttämän kromogeenisen Bio-Rad MRSA Select™ II -maljan rinnalla tutkittiin Oxoid Brilliance™ MRSA 2 Agar-, Tammer BioLab Chrom Agar MRSA- ja BD BBL™ CHROMagar™ MRSA II -maljojen soveltuvuutta MRSP:n tunnistukseen. Käyttöön valittava MRSA-malja oli myös validoitava koirien MRSP:n tunnistukseen.

Vertailututkimus koostui osioista A ja B, joista B piti sisällään alaosiot B1, B2 ja B3. A-osassa käytettiin mikrobikoostumukseltaan tuntemattomia koirien MRSA-MRSP-seulontanäytteitä ja B-osioissa tunnettuja bakteerilajeja ja -kantoja. Maljoille laskettiin herkkyys (sensitivity), spesifisyys (specificity) ja havaitsemisrajat (limit of detection). Kussakin vaiheessa arvioitiin myös maljojen yleisiä ominaisuuksia ja MRSP:n sekä ei-merkitsevien bakteerilajien kasvua maljoilla. MRSP:n tuli erottua valittavalta maljalta aiempaa selkeämmin ja nopeammin sekä vähentää seulontanäytteiden jatkotutkimusten tarvetta ja näin nopeuttaa tulosten valmistumista.

Vertailun tuloksena Oxoid Brilliance™ MRSA 2 Agar -malja todettiin parhaaksi maljaksi koirien MRSP-seulontaan. Oxoid Brilliance™ MRSA 2 Agar -malja todettiin herkimmäksi, spesifisimmäksi, nopeimmaksi ja selkeimmäksi kaikista neljästä maljasta. Toiseksi parhaiten MRSP-seulontatutkimukseen soveltui Bio-Rad MRSA Select™ II. Tammer BioLab Chrom Agar MRSA- ja BD BBL™ CHROMagar™ MRSA II -maljojen ei katsottu soveltuvan MRSP-tutkimuksiin. Tutkimukseen sisältyi useita epävarmuustekijöitä, jotka pyrittiin huomioimaan maljan valinnassa. Maljan valintaan vaikuttivat numeeristen tulosten lisäksi myös käyttäjäkokemukset. YESLAB otti Oxoid Brilliance™ MRSA 2 Agar -maljan käyttöön syksyllä 2021.

This thesis was conducted in collaboration with University of Helsinki’s Faculty of Veterinary Medicine’s laboratory of clinical microbiology (YESLAB). The purpose of this study was to compare four selective MRSA media from different manufacturers and evaluate their suitability for screening canine MRSP. The aim of this study was to find a new selective MRSA medium for YESLAB to use for detection and isolation of MRSP from canine samples. YESLAB used chromogenic MRSA medium (Bio-Rad MRSA Select™ II) for screening MRSP. Alongside of Bio-Rad MRSA Select™ II, three other media (Oxoid Brilliance™ MRSA 2 Agar, Tammer BioLab Chrom Agar MRSA and BD BBL™ CHROMagar™ MRSA II) and their abilities to detect MRSP were evaluated. Also, the selected medium had to be validated for screening canine MRSP.

As for methods, the study consisted of two parts, A and B, of which B consisted of subsections B1, B2 and B3. For part A MRSP samples that had an unknown microbial composition were used and known bacterial species and strains for part B. Sensitivity, specificity and limit of detection were determined for each medium. Overall features of the media and growth properties of MRSP and the non-significant species were evaluated throughout parts A and B. MRSP should grow faster and more distinguishable on the medium selected compared to Bio-Rad MRSA Select™ II. Use of the new MRSA medium should also minimize overall analysis time and additional procedures of the diagnostic process.

As a result of the comparison, Oxoid Brilliance™ MRSA 2 Agar is recommended for YESLAB for screening canine MRSP. Of all four media, Oxoid Brilliance™ MRSA 2 Agar was found to be the most sensitive and specific, but also the fastest and most explicit. Bio-Rad MRSA Select™ II was the second best suitable for screening MRSP. Tammer BioLab Chrom Agar MRSA and BD BBL™ CHROMagar™ MRSA II were seen unfit for screening MRSP. The study contained numerous factors of uncertainty which have been considered as possible. It was not only the numeric results that were considered in the selection of the medium, but also user experience. Since Autumn 2021 YESLAB has used Oxoid Brilliance™ MRSA 2 Agar for screening canine MRSP.