Virtsan Bakteerien Polku Kliinisen Mikrobiologian Laboratoriossa : blogipohjaista kertausmateriaalia Bioanalyytikko-opiskelijoille

Abstract

Virtsatieinfektiot ovat yleisiä lääkärin hoitoon johtavia sairauksia ja niiden diagnostiikkaa sekä seurantaa varten tehdään vuosittain yli miljoona virtsan bakteeriviljelyä. Kliinisen mikrobiologian laboratoriossa virtsan bakteerinäytteiden tutkiminen on keskeistä bioanalyytikkojen työn sisältöä.

Bioanalytiikan tutkinto-ohjelmaan kuuluu kliinisen mikrobiologian kurssiopintojen lisäksi viiden opintopisteen laajuinen kliinisen mikrobiologian harjoittelujakso keskussairaalalaboratoriossa. Kliininen mikrobiologia on bioanalytiikan erikoisala, joka tutkii mikrobeja sekä niiden ominaisuuksia ja sitä, miten ne aiheuttavat tauteja ihmisessä. Laboratorion tutkimusmenetelmien avulla tauteja aiheuttavat mikrobit pystytään tunnistamaan. Nykyaikaisen teknologian ja automaation yleistyessä mikrobiologian laboratoriossa suurin osa työtehtävistä tehdään vieläkin käsin, vaikka osa testeistä on siirretty analysaattoreille.

Opinnäytetyö on toiminnallinen kehittämistyö, joka tehtiin työn tilaajan Itä-Suomen laboratoriokeskuksen liikelaitoskuntayhtymän (ISLAB) ja bioanalyytikko-opiskelijoiden käyttöön. Kehittämistyön tarkoituksena oli tuottaa blogipohjaista itsenäisen opiskelun ja kertaamisen materiaalia virtsan bakteerien diagnostiikasta. Tavoitteena kehittämistyöllä oli auttaa opiskelijoita ymmärtämään kliinisen mikrobiologian tutkimusprosessia ja yhdistämään kursseilla aiemmin opittua teoriatietoa käytäntöön.

Opinnäytetyö koostuu kirjallisesta raportista ja tuotoksesta, joka on Savonian blogialustalla oleva kertausmateriaali käytettäväksi ennen kliinisen mikrobiologian harjoittelua ja sen aikana. Kehittämistyön aihe rajattiin koskemaan kliinisen mikrobiologian virtsanäytteiden analytiikkaa. Esimerkkeinä käytetään kolmea bakteeria: Eschericia Colia, Enterococcus faecalista ja Klebsiella pneumoniaea ja kahta keskeistä BioMérieuxin analysaattoria: Vitek®2 ja MALDI-TOF MS. Työssä kuvattiin näytteen tutkimuspolku kliinisessä laboratoriossa näytteen saapumisesta bakteerin tunnistamiseen ja antibioottiherkkyyden määrittämiseen. Blogipohjaista kertausmateriaalia voidaan jatkossa päivittää ja laajentaa lisäämällä siihen tutkimusmenetelmiä, analysaattoreita ja bakteereita.

Urinary tract infection is a common medically treated disease. Over one million bacterial samples are cultured every year for diagnosis of infection and recovery from the disease. Studying urine bacterial samples is essential part of the work in a clinical microbiology laboratory.

The degree programme of biomedical laboratory science contains an internship worth five credits in addition to the clinical microbiology course studies. The internship is performed in a central hospital laboratory. Clinical microbiology is a specialized field that studies microbes, their abilities and ways in which they infect humans. Using various clinical techniques pathogens can be identified in the laboratory. Despite advancements in modern technology and automation, most tasks are still performed by hand in a clinical microbiology laboratory but some have been shifted to automated analyzers.

This thesis was conducted as a functional development work for use of Eastern Finland Laboratory Centre Joint Authority Enterprise (ISLAB) and biomedical laboratory science students. The purpose of the development project was to produce blog-based material for study and revision about the diagnosis of urinary tract pathogens. The goal of the development work was to help students better understand the diagnosing process of clinical microbiology laboratory and make it easier for students to connect the theory learned on the course to practical work.

The thesis consists of a written report and a product which is the revison material situated on Savonia’s blog domain to be used before and during the clinical microbiology internship. The subject of the development work was defined to analysis of urine samples. Three bacteria and two BioMérieux’s analyzers are presented in this project. The bacteria are Eschericia Coli, Enterococcus Faecalis, Klebsiella pneumoniae and the analyzers are Vitek 2 and MALDI-TOF MS. In this work, the diagnosing path of urinary samples is presented from sample arriving to the laboratory to identifying the bacteria and determining its antimicrobial susceptibility. The revision material can be updated and expanded by adding research methods, analyzers and bacteria.