Veriviljelyjen Streptococcus pneumoniae epäilyjen tunnistus AccuProbe-testillä
Daniar, Alan (2009)
Daniar, Alan
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2009
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-200912178174
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-200912178174
Tiivistelmä
Streptococcus pneumoniae eli pneumokokki on normaali nielun bakteeri, joka on yleinen taudinaiheuttaja.
Pneumokokki on aikuisilla neljänneksi ja lapsilla kolmanneksi yleisin veriviljelyistä löytyvä bakteeri.
Pneumokokki tunnistetaan positiivisesta veriviljelypullosta perinteisellä tutkimusmenetelmällä
muun muassa pesäkkeen morfologian, Gram-värjäyksen, katalaasitestin, alfa-hemolyysin, optokiini
herkkyyden, lateksin ja sappiliukoisuuden perusteella. Perinteisillä menetelmillä joskus ei voi tunnistaa
bakteerilajia, silloin se on määritettävä polymeraasiketjureaktio (PCR)-menetelmällä, joka ei ole nopea
ja se on työläs. Tällöin bakteerin tunnistus hidastuu. Korvaavaksi menetelmäksi on ajateltu Gen-Probe
Accu-Probe Streptococcus pneumoniae Culture Identification Test -tunnistustesti, joka on nopea testi
pneumokokin tunnistamista varten.
Työn tarkoituksena on selvittää Gen-Probe Accuprobe-hybridisaatiomenetelmän soveltuvuus veriviljelyiden
pneumokokkiepäilyjen osoittamiseksi suoraan veriviljelypullojen näytteistä. Työssä määritän
Gen-Probe Accuprobe-hybridisaatiomenetelmän spesifisyyttä ja sensitivisyyttä perinteiseen ja PCRmenetelmään
verrattuna. Tein opinnäytetyöni HUSLABin mikrobiologian vastuualueen bakteriologian
osastolle. Työni suoritin bakteriologian osastossa touko-heinäkuussa 2009.
Työn otos oli 74 potilaan veriviljelynäytettä, jotka oli testattu aikaisemmin perinteisellä- tai PCRmenetelmällä.
Otoksessa oli 39 pneumokokkipositiivista veriviljelypulloa ja 35 pneumokokkinegatiivista
veriviljelypulloa. Analysoin AccuProbe-menetelmällä näytteet. Pohdin menetelmän sensitiivisyyttä
ja spesifisyyttä cut off -rajan määrittämisen jälkeen positiivisten ja negatiivisten tulosten avulla.
Tuloksista ilmeni, että AccuProbella voidaan osoittaa suoraan veriviljelypullojen näytteistä pneumokokki,
vaikka valmistajan ohjeen mukaan voi käyttää bakteereiden pesäkettä. AccuProbe-menetelmä
havaitsi hyvin kaikki positiiviset ja negatiiviset näytteet. Oli vain yksi väärä positiivinen tulos.
Viridans-streptokokit ja pneumokokit ovat lähisukuisia, jolloin tarkan cut off -rajan asettaminen erottamaan
viridans-streptokokit ja pneumokokit ei ole mahdollista. Tulosten perusteella on muodostunut
korkea cut off -raja, mutta myös RLU-tulosarvo hämäräalue, jossa niiden kahden bakteerilajien erottaminen
vaatii lisää tutkimusta.
Pneumokokki on aikuisilla neljänneksi ja lapsilla kolmanneksi yleisin veriviljelyistä löytyvä bakteeri.
Pneumokokki tunnistetaan positiivisesta veriviljelypullosta perinteisellä tutkimusmenetelmällä
muun muassa pesäkkeen morfologian, Gram-värjäyksen, katalaasitestin, alfa-hemolyysin, optokiini
herkkyyden, lateksin ja sappiliukoisuuden perusteella. Perinteisillä menetelmillä joskus ei voi tunnistaa
bakteerilajia, silloin se on määritettävä polymeraasiketjureaktio (PCR)-menetelmällä, joka ei ole nopea
ja se on työläs. Tällöin bakteerin tunnistus hidastuu. Korvaavaksi menetelmäksi on ajateltu Gen-Probe
Accu-Probe Streptococcus pneumoniae Culture Identification Test -tunnistustesti, joka on nopea testi
pneumokokin tunnistamista varten.
Työn tarkoituksena on selvittää Gen-Probe Accuprobe-hybridisaatiomenetelmän soveltuvuus veriviljelyiden
pneumokokkiepäilyjen osoittamiseksi suoraan veriviljelypullojen näytteistä. Työssä määritän
Gen-Probe Accuprobe-hybridisaatiomenetelmän spesifisyyttä ja sensitivisyyttä perinteiseen ja PCRmenetelmään
verrattuna. Tein opinnäytetyöni HUSLABin mikrobiologian vastuualueen bakteriologian
osastolle. Työni suoritin bakteriologian osastossa touko-heinäkuussa 2009.
Työn otos oli 74 potilaan veriviljelynäytettä, jotka oli testattu aikaisemmin perinteisellä- tai PCRmenetelmällä.
Otoksessa oli 39 pneumokokkipositiivista veriviljelypulloa ja 35 pneumokokkinegatiivista
veriviljelypulloa. Analysoin AccuProbe-menetelmällä näytteet. Pohdin menetelmän sensitiivisyyttä
ja spesifisyyttä cut off -rajan määrittämisen jälkeen positiivisten ja negatiivisten tulosten avulla.
Tuloksista ilmeni, että AccuProbella voidaan osoittaa suoraan veriviljelypullojen näytteistä pneumokokki,
vaikka valmistajan ohjeen mukaan voi käyttää bakteereiden pesäkettä. AccuProbe-menetelmä
havaitsi hyvin kaikki positiiviset ja negatiiviset näytteet. Oli vain yksi väärä positiivinen tulos.
Viridans-streptokokit ja pneumokokit ovat lähisukuisia, jolloin tarkan cut off -rajan asettaminen erottamaan
viridans-streptokokit ja pneumokokit ei ole mahdollista. Tulosten perusteella on muodostunut
korkea cut off -raja, mutta myös RLU-tulosarvo hämäräalue, jossa niiden kahden bakteerilajien erottaminen
vaatii lisää tutkimusta.