Virtsanäytteiden automaattiviljely

Abstract

Opinnäytetyön toimeksiantajana toimi Päijät-Hämeen laboratoriopalvelujen liikelaitoksen yhtenä tulosalueena toimiva kliinisen mikrobiologian laboratorio.

Tämä opinnäytetyö oli kaksiosainen kehittämistyö, jonka tarkoituksena oli tutkia PREVI™ Isola-viljelyautomaatin(bioMérieux) soveltuvuutta virtsanäytteiden viljelyyn. PREVI™ Isola-automaattia verrattiin nykyisin käytössä olevaan manuaaliseen levitysmenetelmään. Tarkoituksena oli selvittää, saadaanko molemmilla menetelmillä samat löydökset ja määrälliset tulokset. Tavoitteena oli myös tarkastella viljelyjäljen luettavuutta sekä sen soveltuvuutta tarvittaviin jatkotesteihin.

Työn ensimmäisessä osassa pyrittiin luomaan laimennossarjojen avulla automaatilla viljellyille virtsanäytteille tulkintaohjeistus, jonka avulla työn toisessa vaiheessa voitiin vertailla eri menetelmillä viljeltyjä näytteitä toisiinsa. Työn toisessa vaiheessa oli tarkoitus selvittää, saadaanko maljanviljelyautomaatilla virtsanäytteistä samanlaisia tuloksia kuin manuaalisella menetelmällä. Näytteinä käytettiin partikkeliseulonnan perusteella jatkoviljelyyn siirtyneitä virtsanäytteitä. Virtsanäytteitä viljeltiin 200 kpl. Tuloksia tulkittaessa vertailu tehtiin vertaamalla automaatilla viljeltyjä maljoja manuaalisesti viljeltyihin maljoihin.

Yhteensä 155 (77,5 %) näytteessä saatiin molemmilla menetelmillä pitoisuudeltaan sama tulos. Yhteensä 45 (22,5 %) näytteessä automaattisen ja manuaalisen viljelytuloksen tulkinnat poikkesivat toisistaan. Näistä 14 (7 %) näytteessä havaittu ero tulkittiin merkittäväksi muuttaen mahdollisen virtsatieinfektion tulkintaa suuntaan tai toiseen. 32 % automaatilla viljellyistä näytteistä oli enemmän erillispesäkkeitä kuin manuaalisesti viljellyillä maljoilla. 66 % näytteistä saatiin molemmilla menetelmillä yhtä paljon erillispesäkkeitä. Vain 2 % näytteistä saatiin manuaalisesti enemmän erillispesäkkeitä kuin automaattiviljelyssä.

Tulosten perusteella voidaan sanoa, että molemmilla menetelmillä (PREVI™ Isola ja manuaalinen) saadaan samat löydökset sekä sama määrällinen tulos. Automaatin tuottama viljelyjälki on selkeämmin luettavissa kuin manuaalisesti viljellyissä maljoissa ja jatkotesteihin tarvittavia erillispesäkkeitä muodostuu riittävästi.

The client of this thesis was The Laboratory of Clinical Microbiology, which is the division of the The Commercial Enterprise of Päijät-Häme Laboratory Services. The Commercial Enterprise is underneath the authority of Päijät-Häme Social and Health Care Group.

This final thesis is a two-part development work. The main purpose of this study is to examine the suitability of PREVI™ Isola (bioMérieux) Automated Plate Streaker for urine sample culturing. The purpose of this study is to compare the results of processing urine samples with the PREVI™ Isola automated plate streaker to manual inoculation of plated media. The intent is to study if it is possible to get same findings and same quantitative result with both cultivation methods (PREVI™ Isola and manually). The purpose is to examine the readability of the streaking trail and its suitability for subsequent testing.

In the first part of this study, the purpose is to create an interpretation guideline for urine samples, which are cultivated with automated plate streaking, by using dilution series. The interpretation guideline is needed for comparing the cultivation results of both methods. In the second stage of this study, the purpose is to explicate is it possible to get from the urine samples similar results with the automated plate streaker as from the manual cultivation. The study material consisted of 200 urine samples, which are shifted for further cultivation on the basis of particle screening. In this evaluation, manual plate streaking was compared to the automated plate streaker.

The data illustrated that the equal quantitative result between manual and automated plate inoculation approaches was observed in 155 (77.5 %) of urine samples. In 45 (22.5 %) samples observed different quantitative result between the manual and automated plate inoculation. In 14 (7 %) samples of those different quantitative results were interpreted to be significant as it could change the diagnosis of urinary track infection one way or another. Regarding the number of isolated colonies the PREVI™ Isola method was superior to the manual method in 32 % cases. In 66 % cases the colony isolation rate was equal with both methods. Only in 2 % cases the colony isolation rate for PREVI™ Isola method was inferior to the manual method.

The results showed that it’s possible to get the same findings and same quantitative result with both cultivation method (PREVI™ Isola and manually). Automated plate streaker enables plate inoculation to be clearer to interpret and results in greater numbers of isolated colonies for subsequent testing.